彭莹玉培养了许多得力弟子，比较出名的有：况普天、邹普胜、赵普胜、李普胜等人。他们都是普字辈门徒，后来成为红巾军的重要将领，征战沙场，屡立功劳。有的后来投靠了朱元璋，成为明朝开国功臣。
公元1351年，北方的韩山童、刘福通利用修治黄河、民众不堪重负的机会，聚众造反，起义者头裹红巾，被称为红巾军。红巾军公开打出恢复大宋的旗号，人数多达数十万，声势浩大，震动中原。
彭莹玉闻之大喜，遂与徐寿辉、邹普胜等人商议，在蕲州举行起义。起义者也头裹红巾，号称红巾军，与北方红巾军遥相呼应。彭莹玉经过十多年的传教，教徒遍布各地，成为起义骨干。南方受元朝压迫很重，反元大旗一举，民众群起响应，使起义军很快拥有了百万之众。
起义军攻城略地，占领了湖北、湖南等大片地区，建立了政权，国号大宋。彭莹玉一生以反元为已任，不慕权力富贵，他扶持徐寿辉称帝，自己担任了军师。
起义军占领两湖以后，分兵东进，攻打江西、浙江、安徽等地。彭莹玉率弟子赵普胜、李普胜等人，兵渡长江，连克繁昌、铜陵、池州、安庆等地，夺取千古名城杭州，又攻占徽州，威震江南。
元朝朝廷大惊，派重兵征讨起义军，战斗十分激烈。经过激战，元军又夺回了杭州、徽州，但起义军仍然控制着芜湖、广德、淳安等地。
公元1353年，彭莹玉率部攻占了瑞州。不料，大批元军赶到，包围了瑞州城。起义军由于用兵分散，彭莹玉所带的兵力不多，只好奋力守城。元军让彭莹玉投降，遭到彭莹玉厉声痛骂。
瑞州之战打得十分惨烈，彭莹玉和起义军将士全部战死。元军破城后进行屠城，城中男女老幼全被杀光。
彭莹玉壮烈牺牲，他的部下和弟子们继承他的遗志，继续与元朝浴血奋战。
在元末农民大起义中，最强的一支起义力量，是韩山童组织发动的红巾军。