元朝末期，元朝统治腐败衰落，社会矛盾集中爆发，各地起义此起彼伏，白莲教徒便成了反元的急先锋和骨干力量。著名起义领袖彭莹玉、韩山童、刘福通、徐寿辉、明玉珍等人，都是白莲教的首领或信徒。
白莲教对推翻元朝起了重要作用，功不可没。朱元璋建立明朝以后，忌惮白莲教势力，严厉进行禁止，但白莲教仍然不断发展，在明清时期持续活跃，直到封建社会结束，白莲教才逐渐消失。
在反元斗争中，与白莲教同样起着重要作用的，还有明教。明教的正式名称叫摩尼教，是公元3世纪波斯人摩尼创立的二元论宗教。大约在唐朝的时候，摩尼教通过新疆传入中国内地，吸收了道教等民间信仰，得到较快发展，到宋朝时翻译为明教，逐渐形成了一股不小的宗教势力。
明教的核心教义认为，世界从一开始，就存在着光明与黑暗的斗争。明教崇尚光明，反对黑暗，战斗性比较强，屡有反政府之举，因而经常用来作为造反的工具。北宋方腊、南宋钟相起义的时候，都曾经利用过明教的势力。
在元末农民大起义中，明教与白莲教联合起来，以“明王出世”号召民众起来造反。韩山童的儿子号称“小明王”，朱元璋建国号为明，都与明教有关系。不过，朱元璋在统一天下之后，在禁止白莲教的同时，也取缔了明教，致使明教逐渐衰落消失了。
与白莲教、明教共同反元的，还有弥勒教。弥勒教产生于南北朝时期，由一个叫傅大士的汉人创立。傅大士是浙江义乌人，一生未曾出家，以居士身份修行佛道。
弥勒教主要宣扬“弥勒佛下凡救世”，在元末农民大起义中，不少团体打着这个旗号，聚众造反。河南赵丑厮起义，就以“弥勒佛当有天下”为号召，揭开了元末大起义的序幕。
元朝皇帝多数缺乏治国能力，不懂得引导、利用宗教，对宗教基本上采取放任不管的态度，结果宗教被农民起义所利用，形成了强大力量，摧毁了元朝统治，也显示出了宗教的巨大能量。所以，切不可忽视宗教的力量。
在元末农民大起义中，有一个僧人发挥了重要作用，他就是南方红巾军领袖彭莹玉。