北方爆发了红巾军起义，反过来给南方以巨大鼓舞，南方的许多起义军也打着红巾军的旗号，与北方红巾军遥相呼应，声势浩大，很快形成了燎原之势。
南方的红巾军，是由徐寿辉、彭莹玉组织发动的。徐寿辉很有政治头脑，他根据当时贫富悬殊的社会状况，响亮地提出了“摧富益民”的口号，得到了广大贫苦农民拥护，很快发展到百万之众，先后攻占湖北、湖南、江西等大片地区，建国称帝。
在红巾军起义的同时，不属于红巾军的农民起义遍布全国各地，最出名的是浙江方国珍起义和江苏张士诚起义。方国珍和张士诚都是盐贩出身，因不堪忍受官府欺压，被迫聚众起义。方国珍转战于浙东一带，给元朝统治以沉重打击。张士诚则率军攻占高邮、通州、常熟、苏州等地，建立了大周国，定都苏州。
红巾军分为南北两支，并没有隶属关系，但他们目标一致，互相声援，因而声势浩大，天下闻名。红巾军坚持斗争十几年，大小战斗数百次，对推翻元朝起到了决定性的作用。
在红巾军的队伍里，出了一位出类拔萃的人物，就是朱元璋。朱元璋出身贫寒，当过乞丐和和尚，后来参加了郭子兴领导的红巾军，因作战勇敢受到赏识，很快成为郭子兴的得力部将。朱元璋利用红巾军的旗号，发展个人势力，最终形成了一支很强的武装力量。
朱元璋胸有谋略，采取“高筑墙，广积粮，缓称王”的正确策略，同时广招人才，一批谋士武将聚集在他的周围。朱元璋后来灭掉其他起义军，统一江南，然后出兵北伐，推翻了元朝统治，建立了大明王朝。
元末农民大起义遍及全国各地，各族民众有数百万人参加，范围之广、人数之众，声势之浩大，在中国历史上是比较罕见的。
元末农民大起义的一个重要特点，是具有宗教背景，尤其在早期的联络、组织、号召和发动过程中，宗教发挥了极其重要的作用。
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