元武宗选拔大批年轻俊秀进入尚书省，其中多数是自己的亲信，命皇太子寿山负责尚书省。尚书省的权力很大，几乎取代了中书省，成为实际上的中枢机构。尚书省虽然行政效率很高，但却与中书省产生了尖锐矛盾，遭到许多元老旧臣们的反对，朝廷又出现了新的问题。
元武宗为了提高行政效率，遏止腐败，大刀阔斧地进行吏治改革。他颁发《省部纲纪》，规范官员的行为；实行封赠制，增强官员的荣誉感；提高官员俸禄，高薪养廉；加大惩罚力度，严厉打击腐败行为；在朝廷设立考功司，对各级官吏的政绩进行考核。这些改革举措大多数是好的，可惜元武宗在位时间太短，没有见到大的成效。
为了解决财政困难问题，元武宗采取提高盐价、征收酒税、增加富户税赋、改革货币、扩大海运等一系列措施。这些措施有利有弊，同样实施时间不长，没有起到多大作用。
由于元朝统治重心南移，原来的都城和林已经没有了战略意义，元武宗下诏，取消和林都城的地位，改为和林行省，后来改为岭北行省。元武宗又在河北修建了元中都，作为元上都、元大都的辅助城市。
元武宗尊崇儒学，将《孝经》翻译成蒙古文，刻版模印，下发全国，诏喻民众实行孝道。元武宗还下诏免除儒生的差役，提高儒生地位。
元武宗也崇尚藏传佛教，修佛寺、做佛事，出台了优待喇嘛的政策，不允许人们对佛教不敬。元武宗还崇尚优待道教，对于为他起名的张宗师，更是尊敬有加，封张宗师为大真人。
在元武宗时期，儒学、佛教、道教都得到较快发展。不过，元武宗却下令禁止了白莲宗。白莲宗是白莲教的前身。元武宗认为白莲宗不利于他的统治，下诏禁止了。后来，寿山取消了禁令。果然，在元末的时候，白莲教成为反元的急先锋，红巾军起义的领导者韩山童、刘福通、徐寿辉等人，都是白莲教的首领或者教徒。元武宗还是挺有远见的。
元武宗在对外关系上，采取了比较温和的政策。与高丽的关系十分密切，封高丽王为沈阳王；与安南的关系得到改善，双方不再为敌；与几个汗国保持友好往来，汗国仍然尊奉元朝为宗主国。
元武宗最受人诟病的改革措施，是实行封赠制，大肆进行封官进爵。元武宗标榜自己“溥从宽大”，也是为了笼络人心，打破了许多元朝过去的制度规定，封官、封王、赏赐达到前所未有的程度。可是，封赏越多，越容易引发争议，造成混乱。
元武宗不拘旧制，创治改法，出发点是好的，有些也见到了成效。可惜他在位时间太短，有些改革出现了问题，没有来得及修正和完善。寿山继位以后，几乎将改革措施全部推翻。元武宗的改革，成为元朝历史上昙花一现。不过，元武宗不循旧制、勇于改革的精神，还是值得肯定的。
元武宗最大的不良嗜好，是迷恋酒色。蒙古皇帝一般都喜欢喝酒，但像元武宗这样嗜酒如命的，却不是很多。元武宗经常彻夜痛饮，毫无节制，身边又美女如云，很快耗尽了身体。有大臣劝谏，元武宗一概不听，反而逼着大臣们喝酒。
公元1311年，只当了四年皇帝的元武宗，因酒色过度，一病不起，丢了性命，年仅三十一岁。
元武宗死后，他的弟弟寿山继位，被称为元仁宗。元仁宗又有新的治国之策，他搞起了汉化运动。
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