谢琰在上年就曾经与起义军打过仗，把孙恩部队打得一败涂地，所以，他很是轻敌。这次起义军又卷土重来，当时谢琰正在吃饭，听说起义军到来，立即披挂上马，说消灭了叛军再回来吃。不料，起义军经过训练整顿，已经今非昔比了，谢琰出城迎敌，被杀身亡。
谢琰战死，朝廷大惊，急忙派高雅之等人领兵前去镇压。高雅之是刘牢之的女婿，也是东晋名将，结果仍然被起义军打败。朝廷无奈，只好使出杀手锏，又派刘牢之前去破敌。
孙恩对刘牢之心有余悸，觉得抢掠的财物不少了，便再度退入海岛。刘牢之部队没有船只，也不懂水战，只好望海兴叹。
又过了两年，孙恩率部第三次登陆，再攻镇海口。不料，刘牢之并没有回朝，而正在严阵以待，见起义军前来，立即给予迎头痛击。孙恩打不过刘牢之，只好再次撤回海岛。
后来，孙恩不甘心，第四次登陆作战。这次，孙恩想避开刘牢之，从海路进至京口，就是现在的镇江，企图直取建康。可没有想到，孙恩又遇上一个强大的对手，他就是刘裕。
刘裕是刘牢之的得力大将，骁勇善战，有勇有谋，很受刘牢之器重。刘牢之听说孙恩即将在京口登陆，急令刘裕率军前去支援。刘裕知道军情紧急，虽然路途较远，但不敢懈怠，日夜兼程，与孙恩的起义军同时到达了京口。
当时，刘裕军队经过长途跋涉，十分疲劳，而且敌众我寡。刘裕却毫不畏惧，大声激励将士，同时身先士卒，带头冲击孙恩部队。孙恩起义军队立足未稳，突然遭受攻击，顿时大乱，被杀和跳水溺死者不计其数。起义军遭受重大损失，刘裕也由此名声大振。
孙恩起义军遭此重创，退入海岛后，又因饥饿、瘟疫等原因，士兵死了一大半，再也无力登陆作战了。
公元402年，孙恩的部队仅剩数千人，孙恩见屡次战败，大业难成，损失惨重，愤懑不已，投海自尽。
孙恩死后，余部由他的妹夫卢循统领。卢循有文化，也有谋略，经过几年努力，起义军势力又恢复了。卢循率军多次登陆作战，攻打县城，杀死官吏，沉重打击了东晋朝廷。直到公元411年，卢循起义军才被朝廷彻底剿灭。
孙恩起义，主要依据的是海岛。因此，孙恩被称为“中原海寇之始”，为后世海盗活动提供了经验。后人常称海盗为孙恩，孙恩则成了海盗的代名词。
孙恩起义持续了十多年，给统治者造成沉重打击，动摇了东晋朝廷的根基，同时，也给桓氏势力东山再起创造了难得的机会。
桓氏趁着孙恩起义、朝廷焦头烂额的机会，举兵叛乱，攻入建康，杀了司马道子父子，颠覆了朝廷，敲响了东晋灭亡的丧钟。