孙恩起义动摇根基
地方刺史举兵叛乱不久，民间又爆发了孙恩农民起义。起义前后持续了十多年时间，沉重打击了东晋统治者，动摇了东晋朝廷的统治基础，这是东晋灭亡的关键因素。
《晋书》记载，孙恩是山东临沂人。永嘉之乱的时候，孙氏家族渡江南迁，居住在浙江绍兴。孙氏家族属于平民，在南方是低下阶层。
孙氏家族世奉五斗米道。五斗米道始创于东汉，是道教起源的重要一支。孙恩的叔父孙泰，做过五斗米道的教主，教徒广布南方。傻皇帝晋安帝即位以后，朝廷无道，刺史兴兵，局势混乱，百姓民不聊生，孙泰便想发动教徒，趁乱起义。不料事情泄露，孙泰被官府诛杀。孙恩逃入海岛，聚集上百人，伺机复仇。
公元399年，司马道子父子觉得朝廷兵力不够，下令强行征调三吴一带的民众入伍，发往北部戍边。老百姓生活贫苦，早就不满朝廷的横征暴敛，这一下更是激起了民愤。孙恩抓住这个机会，令教徒四下煽动，号召起义，很快纠集了数万人，扯旗造反了。
孙恩率领起义军攻占上虞，杀了上虞县令，接着，占领了会稽，一时间声势大振，官军望风而逃。当时，会稽郡、吴郡、吴兴郡、义兴郡、临海郡、永嘉郡、东阳郡、新安郡八郡全都反了，民众纷纷响应，杀掉官吏，加入起义军。孙恩的起义军很快达到数十万人。
孙恩见此情景，不禁喜形于色，高兴地对众人说：“大事成了，过几天，咱们就能穿着朝廷的官服，住到建康城里去了。”
然而，孙恩缺乏政治远见，也没有才干，他的队伍，就是一群流寇。起义军每到一处，除了杀死地方官吏之外，还抢劫财物，烧毁房屋，甚至砍伐树木，填埋水井，形成一片恐慌。
另外，孙恩出身于社会底层，对世家大族特别仇恨，王家和谢家首当其冲，王谢子弟被杀了不少。起义军烧杀抢掠，许多大户人家被杀光、抢光、烧光，给社会造成了严重破坏。
朝廷见孙恩势大，派刘牢之率兵前去镇压。孙恩知道刘牢之厉害，担心打不过他，便对部下说：“看来，咱们去不成建康了，不过，咱们割据浙东这个地方，也能做个勾践。”
刘牢之果然厉害，他率领的北府兵训练有素，而且身经百战，孙恩的乌合之众根本不是对手，一触即溃，死伤严重。刘牢之大军很快收复了会稽等地，横扫三吴。孙恩只得拼死抵抗，步步后退，一直撤到钱塘江以南。
刘牢之却不肯罢休，迅速渡江，紧追不舍。孙恩听说刘牢之渡江而来，尴尬地对部下说：“看来，割据浙东也不行了。不过，被刘牢之打败，就算逃走，也没有什么丢人的。”孙恩带着他剩余的部队，以及所掳掠的民众，共二十余万人，出海逃到舟山群岛一带。
过了两年，孙恩在海岛经过修整，恢复了实力，再次登陆作战，很快攻占镇海口，进入余姚，占领上虞，接着，进军邢浦，兵临会稽城下，其势如暴风骤雨。
当时据守会稽城的，是东晋名将谢琰。谢琰是谢安的次子，从军多年，屡立战功，在著名的淝水之战中，谢琰与堂兄谢玄共同领兵抗敌，因功被封为望蔡公。