桓氏势力东山再起
谢安性情温和，他执政以后，并没有对桓氏势力进行清洗，两个家族之间虽然也有矛盾，但总体上能够合作共事。等到谢氏势力衰弱、朝廷混乱的时候，桓氏势力便再度兴起。这次桓氏势力兴起的代表人物，是桓温的儿子桓玄。
《晋书》记载，桓玄，小名叫灵宝，是桓温最小的儿子，而且是庶子。可是，桓温偏偏特别喜欢他，临终时让他继承了南郡公的爵位，当时桓玄只有五岁。桓温的其他儿子非常生气，企图作乱，但被手握兵权的叔父桓冲挫败。
桓玄七岁的时候，长得比同龄孩子高大许多，而且聪明过人。桓玄服丧期满，桓冲也离任扬州刺史，府中文武臣僚都来告别。桓冲摸着桓玄的头，指着臣僚们说：“这些人，都是你家的旧官属啊。”桓玄看着他们，不禁流下泪来，然后掩面痛哭。众人见他小小年纪，却如此伤感动情，都感到诧异，觉得他与众不同。
桓玄长大以后，相貌奇伟，神态爽朗，博通艺术，善写文章，很有才华。桓玄对他的出身和才华颇为自负，总认为自己是英雄豪杰。然而，由于其父桓温晚年有篡位迹象，朝廷怀有戒心，不敢重用他。桓玄到二十三岁的时候，才当了一个太子洗马，几年之后，又出任义兴太守。义兴就是现在江苏的宜兴。
桓玄认为自己才能颇高，当个太守是大才小用了，感觉很不得志，曾经感叹道：“父为九州伯，儿为五湖长”。于是，桓玄愤而弃官，回到他的封地南郡去了。
桓玄途中路过建康，按照礼节，去拜见执政的司马道子。司马道子设宴请他吃饭，在宴席上，司马道子喝多了，嘴上没有把门的，直愣愣地对他说：“你父亲桓温，晚年想做贼，你怎么看？”桓玄一听，吓得跪倒在地，汗流浃背，场面十分尴尬。众人赶紧打圆场，才没有让宴会不欢而散。从此，桓玄对司马道子怀恨在心。
桓玄到了南郡，住在江陵。江陵是南郡的治所，也是荆州的治所。桓温、桓冲兄弟曾经治理荆州多年，很有势力和威望，桓玄借助这个优势，招贤纳士，培植势力，专横一方，连荆州刺史都怕他。
荆州是个战略要地，司马道子忌惮桓玄，不想让他在荆州发展势力，便下诏任命他为广州刺史。广州地处偏远，对建康威胁不大。桓玄知道司马道子的用意，心里更恨他了。
公元398年，王恭起兵讨伐司马道子，桓玄积极参加。司马道子为了分化利诱，改任桓玄为江州刺史，桓玄很高兴。王恭被杀之后，桓玄就撤兵回去了。
公元399年，孙恩起义爆发，朝廷忙于调兵遣将，平息叛乱。得此良机，桓玄杀掉荆州刺史，夺取了荆州，然后招兵买马，扩大势力。朝廷忙于对付孙恩，也顾不上管他了。
公元400年，桓玄势力已大，便上表朝廷，要求担任荆州、江州两州的刺史，并都督荆、江、扬、豫等八州诸军事。这个时候，朝廷被孙恩起义搞得焦头烂额，没有办法，不得已同意了，先安抚下他再说。朝廷担心，如果桓玄与孙恩联合起来，那就不得了了。