简文帝只当八个月
桓温废掉司马奕，改立司马昱当皇帝，被称为晋简文帝。当时，司马昱已经五十三岁了，而且身居丞相高位，辅政多年，论名望和能力，确实比司马奕强得多。可惜，司马昱似乎没有当皇帝的命，他称帝只有八个月，就患病去世了。
《晋书》记载，司马昱，是晋元帝司马睿最小的儿子，他自幼聪慧，深得父亲宠爱。郭璞评价司马昱说：“振兴晋朝的，必是此人。”郭璞是两晋著名文学家和风水学家。
司马昱长大以后，满腹学问，尤其擅长玄学，喜欢清雅的谈论，权力欲望却不是太强，史称：“清虚寡欲，尤善玄言。”
司马昱两岁被封为琅邪王，八岁改封为会稽王；十四岁进入朝廷，任侍中、右将军；二十岁时升任抚军将军，兼领秘书监。司马昱忠于职守，做事认真，受到人们称赞。
司马昱二十五岁时，晋康帝司马岳病重，他的儿子不到两岁。辅政大臣庾冰建议，立年长的司马昱为帝。丞相何充反对，认为不符合父死子继的继承制度。晋康帝听从何充意见，把皇位传给幼子晋穆帝，褚太后临朝摄政。庾冰、何充死后，褚太后诏命司马昱辅政，总理朝中事务。
公元347年，桓温攻灭成汉，平定蜀地，权威日盛。司马昱担心桓温势力坐大，对朝廷不利，便请出名士殷浩辅政，与桓温抗衡。殷浩是个大学问家，精通玄理，酷爱《老子》，隐居十年，不出仕做官，志向高雅而久负盛名。可惜，殷浩只会清谈，没有治国才能，徒有虚名，不是桓温对手，最后被免官为民，内外大权都落到桓温手里。
司马昱是个正人君子，桓温对他很尊重。有一次，司马昱和哥哥司马晞同坐一辆车，在行进途中，马突然受惊，奔跑起来。司马晞吓得脸色苍白，想要跳车，司马昱却端坐不动，镇定自若。桓温对人说：“司马昱是个贤能之人。”
晋穆帝十九岁就死了，晋哀帝司马丕继位，不久因服丹药中毒而死，司马奕继位当了皇帝，司马昱升任丞相。司马昱作为三朝元老，始终尽心尽责地辅佐朝廷。当时，皇帝走马灯似地轮换，司马昱是正统皇族，又是辅政大臣，他如果有异志，占据皇位并非难事，可他并没有这个念头。可见，司马昱是没有野心的。
公元372年1月，桓温奏请褚太后同意，废掉司马奕，改立司马昱为帝。在褚太后批复的当日，桓温带领百官，去会稽王府迎请司马昱。司马昱在朝堂更换服装，戴平顶头巾，穿单衣，面向东方流涕，叩拜接受皇帝的印玺授带，登基为帝。桓温临时住在中堂，分派兵力屯驻守卫。
桓温扶立了简文帝，觉得功劳巨大，很想自夸表功一番，可是，简文帝每次见他，都流泪涟涟，弄得桓温十分尴尬，一句话都说不出来。
司马昱虽然当了皇帝，但大权仍然在桓温手里控制着。不过，司马昱毕竟辅政多年，年龄大，阅历和经验都很丰富，能够对桓温起到一定的制约作用。