二人知道大势已去，无可奈何，只好泣拜司马睿，出城逃命去了。刁协途中被杀，刘隗则投奔了北方后赵政权。
司马睿派使者去石头城，对王敦说：“你如果想当皇帝，我就把皇位让给你，何必动刀兵呢？”司马睿又命百官去石头城见王敦，劝他息兵入朝。
这个时候，王敦还不敢公然篡位，于是，他让司马睿任命他为丞相，封他为武昌郡公，然后，得意洋洋地进了建康城。
王敦虽然当了丞相，但却不是当丞相的材料，他只会领兵打仗，对朝廷政务一窍不通。另外，他这丞相当得也不光彩，几乎没有人从心里服他，就连王氏家族内部，他也摆不平。王导就不与他合作，而是冷目以对。
有一次，王敦埋怨王导，说：“不跟着我干，差点被灭族吧？”王导抢白他说：“如果被灭了族，你就是罪魁祸首，看你死后有何面目去见列祖列宗。”王敦无言以对。
王敦的堂弟王棱，也多次责备王敦，说他不该举兵犯上，差点祸及全族，惹得王敦恼怒，派人把他暗杀了。王敦觉得在建康心情不爽，不久回到了老巢武昌，在外地遥控朝廷。
王敦之乱，把朝廷搞得乱糟糟的，皇帝颜面也丧失殆尽，司马睿忧愤成疾，一病不起，很快就病死了，终年四十七岁，当皇帝只有五年。他的儿子司马绍继位，被称为晋明帝。
晋明帝确实很明智，他知道王敦终究是个心腹大患，便悄悄做着铲除王敦的准备。王敦也忌惮晋明帝，知道他有勇有谋，当初就想废了他的太子之位，但大臣们一致反对，结果没有得逞。王敦知道晋明帝迟早会对他下手，也在悄悄做着篡位的准备。
王敦有个喜欢的侄子，叫王允之，两人王敦在一起。有一天夜里，王允之喝多了酒，早早躺下了。王敦认为他喝醉了，不避讳他，与几个心腹一起，密谋篡位之事，却被王允之听得一清二楚。
第二天，王允之赶紧告诉了父亲王舒。王舒一听，知道事情重大，立即带着他去报告了晋明帝，让晋明帝早做防备。这表明，王敦叛乱，即便在王氏家族内部，也是不得人心的。
公元323年，王敦率军由武昌移至姑孰，为篡位做准备。王敦军队控制了扬州、荆州、徐州等重镇，直接威胁建康。
公元324年，王敦再次举兵反叛，意图篡位。不料王敦染病，便任命兄长王含为元帅，率五万大军，水陆并进，逼近建康。
晋明帝早有防备，命王导为大都督，率苏峻、庾亮、温峤等将领攻击王含。王导试图劝降王含，王含不听，晋朝军队便对王含发动攻击，结果把王含军队打得大败。
王敦没想到王含兵败，心中恼怒，病情加重。王导趁机散布消息，说王敦已死，并组织王氏家族的人，大张旗鼓地为王敦发丧，结果造成王敦军队人心溃散。王敦听说以后，怒不可遏，连气带病，真的死了。
王敦一死，自然树倒猢狲散。晋军乘胜进兵，很快把王敦的残余势力消灭干净。王含被王舒杀死。王敦被掘墓戮尸，砍下首级示众。为期两年的王敦之乱，终于被平息了。
王敦的所作所为告诉人们：凡是私欲膨胀、野心勃勃，都逃脱不了失败的命运，注定是没有好下场的。
东晋建立之初，有位著名将领雄心勃勃，举兵北伐，企图收复中原，他就是闻鸡起舞的祖逖。