袁崇焕成了辽东战场上最高的指挥官，手下有十五万军队，这些军队用来防御，还勉强可以，但要想收复失地，就相当困难了。当时最大的问题，是缺乏军饷，国家财力无法支撑辽东战争。
明朝的税赋不是很重，财政状况一直不太好。张居正推行一条鞭税制改革，国家财政收入大幅增加，可万历的三大征，几乎将国库掏空了，此后长期入不敷出。在崇祯时期，每年财政收入不到一千万两白银，而辽东战场的军费，每年就要花数百万两银子。
当时，朝廷既要对抗辽东的清军，又要围剿陕西农民起义，军费开支很大，财政无力承担。于是，崇祯皇帝下令，除了正常税赋之外，又增加了“辽饷”、“剿饷”、“练响”，每年可多征收数百万两白银。但此举进一步加重了民众负担，属于饮鸩止渴，使得农民起义更加高涨。
袁崇焕上任不久，就碰上了士兵闹事，他们已经四个月没有发饷了。袁崇焕费了好大劲，才平息了骚乱。袁崇焕对军费精打细算，减少了一百二十万两银子，但每年耗银仍然至少需要四百八十万两，朝廷经常欠拨军费。
袁崇焕务实，他见军费不足，军心不稳，暂时无法收复失地，便构建了关宁锦防线，对清军采取守势，同时与皇太极议和，企图稳定局势，等待时机。崇祯皇帝见袁崇焕没有收复失地的动作，反而与敌人议和，心中十分不满。
袁崇焕上任的第二年，手下大将毛文龙不听命令、假冒战功、贪污军饷，袁崇焕历数他十二条罪状，将其斩首。毛文龙是军队的高级将领，袁崇焕是没有权力杀他的。崇祯皇帝知道以后，对袁崇焕的不满又增加了几分。
公元1629年11月，皇太极亲率十万清军南下，袁崇焕急忙部署防御。可皇太极用兵诡诈，避开关宁锦防线，不出山海关，而是绕道向西，突破了长城隘口，直扑北京。
袁崇焕听说以后，大吃一惊，立即挑选精锐骑兵，日夜不停地回援北京。千里路程，袁崇焕只用五天时间就赶到了，总算抢在了清军前头。袁崇焕将兵马安置在广渠门外，自己进城去拜见皇帝。
崇祯皇帝立即接见了袁崇焕，慰劳他一番，赐他貂裘和御用食物。袁崇焕请求让兵马进城休息，崇祯皇帝却不同意，命令袁崇焕在城外指挥作战。
袁崇焕紧急在城外布阵，令祖大寿率主力正面迎敌，另外派两支部队为侧翼，并且准备好了炮队。
袁崇焕刚刚布阵完毕，大批清军就蜂拥而至。祖大寿率军奋力接战，身先士卒，勇不可挡。清军虽然人多，但远道而来，疲惫不堪，久战祖大寿不下，双方伤亡都很严重。在激战之时，两支侧翼部队突然杀出，清军不敌，纷纷后撤。袁崇焕抓住这个机会，立即用大炮猛轰，清兵死伤惨重，只得撤到远处安营。
袁崇焕在城外鏖战，城内却有人算计他。魏忠贤的余党王永光、高捷、袁弘勋等人纷纷上书，诬蔑袁崇焕，说他企图与清军议和，因此引清军前来，想逼朝廷与清军立城下之盟。与此同时，城内谣言四起，说袁崇焕拥兵纵敌，城外清兵是他引来的。谣言是皇太极散布的，他想施用反间计，除掉袁崇焕。
崇祯皇帝听了，半信半疑，但他对袁崇焕已经失望了。当初袁崇焕曾经夸下海口，说五年内收复失地，如今一年半过去了，袁崇焕不仅没有收复失地的举动，反而与皇太极议和，并且让清军打到了北京城下。因此，崇祯皇帝十分恼怒。
皇太极使用反间计，进行了精心谋划。清军抓住了两名宦官，把他们关起来，让几个清将在隔壁房间喧嚷，说已经与袁崇焕商定好了，近日就要里应外合，攻占北京城。清将故意让宦官听到，然后，又故意让宦官逃脱。宦官得到了袁崇焕通敌的重大机密，跑回去报告了崇祯皇帝。
崇祯皇帝大怒，把袁崇焕召进城去，投入监狱。当时，北京城外正在激战，领兵主帅却莫名其妙地身陷囹圄。
崇祯皇帝任命满桂统领城外明军，赐给他尚方宝剑。满桂领命，指挥明军继续作战，不幸阵亡。
清军围困北京数月，由于城池坚固，不能攻破，各路明朝援军陆续赶到，皇太极只好撤兵走了。
公元1630年8月，袁崇焕入狱九个月之后，崇祯皇帝以通敌和擅杀大将等罪名，下令将他车裂处死。袁崇焕享年四十七岁，正是可以大有作为的年龄。崇祯皇帝还抄了袁崇焕的家，但家中并无余财。《明史》说，当时，天下人都认为袁崇焕死得冤屈。
有的史书说，袁崇焕被凌迟处死，死得很惨。京城百姓不明真相，争相食其肉。《明史》没有这类记载。
崇祯皇帝冤杀袁崇焕，造成了严重后果，此后明朝再无良将，清军更加猖獗，多次侵入内地。有一次，清军铁骑南下，直入山东，连克三府、十八州、六十七县，掠夺人口三十余万。明朝将领拥兵观望，无一人敢于出战。
更为严重的是，袁崇焕冤死，使大批明军将士寒心。祖大寿闻知袁崇焕死讯，悲愤交加，带领手下部队北返，后来投降了皇太极。祖大寿是吴三桂的舅舅。后来，兵部尚书、辽东总督洪承畴也投降了清军。
崇祯皇帝冤杀袁崇焕，等于自毁长城。袁崇焕被杀十四年之后，明朝就灭亡了。
明朝不是直接被大清灭掉的，而是亡于李自成之手。李自成率领声势浩大的农民起义军，攻占了北京城，逼得崇祯皇帝上吊自杀，明朝就此灭亡。那么，李自成是个什么人物呢？