与此同时，魏忠贤奏请皇帝，或者假传圣旨，提拔了一大批亲信同党，阉党势力控制了朝廷。当时，魏忠贤的同党众多，著名的有“五虎”、“五彪”、“十狗”、“十孩儿”、“四十孙”等等。魏忠贤势力如日中天，无人能及。
魏忠贤利用朱由校喜欢做木匠活、不爱理政的特点，大权在握，把持朝政，凡是朝廷大事，都由魏忠贤做主。魏忠贤不会考虑江山社稷和民生福祉，只知道专横跋扈，作威作福，把大明王朝搞得一团糟。
魏忠贤大搞顺我者昌，逆我者亡。他派出东厂大批特务，监视百官和民众，实行白色恐怖。有人如果敢说魏忠贤的坏话，立刻就会被擒拿杀戮，甚至施以剥皮、割舌、凌迟等酷刑，被杀者不可胜数。人们在路上相遇，不敢说话，只能以目传意。
《明史》记载了一个故事，有四人在夜里密室内饮酒，有个人喝醉了，觉得夜深人静，又处于密室，胆子大了起来，痛骂魏忠贤，另外三个人都不敢吭声。不料，那人还没有骂完，东厂探子就闯了进来，把那人抓走了。第二天，那人被凌迟处死，而另外三人得到了赏钱。三个人都吓得魂飞魄散。
魏忠贤恣意威福，横行无忌。《明史》说，他每年外出多次，到处耀武扬威。每次出行，都要乘坐豪华车子，大批锦衣卫提刀相随，还带着厨师、优伶、百戏、奴婢等众多人员，总数不下万人，声势浩大，比皇帝出行还要威风。沿途官员遮道拜伏，高呼“九千岁”，甚至有人称呼“九千九百岁”，离“万岁”就差一点了。《明史》说，当时的人们，只知道有魏忠贤，而不知道有皇帝。
魏忠贤在各地的爪牙，争相为他颂德立祠，所建祠堂规模宏大，侵占了百姓许多田宅，百姓们谁也不敢吭声。有个叫陆万龄的读书人，为了巴结魏忠贤，甚至上书要求以魏忠贤配祭孔子，朱由校竟然同意了。这简直就是对圣贤的侮辱。
魏忠贤权势熏天，胆大妄为，连朱由校宠爱的张皇后都敢加害。张皇后是河南祥符人，有倾城倾国之貌。朱由校称帝的第二年，要选皇后，从全国初选的五千美女当中，选中了张皇后，可见她美貌绝伦。
张皇后不仅生得美貌，而且明达事理，很有智慧。她认为魏忠贤就像秦朝的赵高一样，是个阴险之人。于是，张皇后专门找来《赵高传》，向朱由校讲赵高的故事。朱由校默不作声。
皇帝和皇后身边都有魏忠贤的耳目，魏忠贤知道以后，对张皇后恨之入骨，开始进行陷害。魏忠贤令人散布谣言说，张皇后实际上是盗贼孙二的女儿，现在的父亲是她的养父，说得有鼻子有眼，企图动摇张皇后的地位。可是，朱由校并不相信。
魏忠贤一计不成，又施一计。张皇后怀了孕，有些腰疼，魏忠贤趁机派自己的亲信宫女为她按摩，致使张皇后流产，此后再也没有怀孕。
由于张皇后深受朱由校宠爱，魏忠贤屡次陷害张皇后，均未得逞。魏忠贤连张皇后都敢迫害，可见他无法无天到了何种地步！
魏忠贤为人残暴，心狠手辣，对反对他的东林党人进行残酷迫害，但东林党人并不屈服，表现出铮铮铁骨。