张居正似乎心胸不够宽阔，肚子里不能撑船，他没有采取措施化解矛盾，反而态度强硬，毫不妥协，对反对他的官员进行打击，有的遭贬，有的免官，有的入狱或被流放。张居正在朝中树立了一批对立面，为死后遭到清算埋下了祸根。
张居正在推进改革和主理朝政的同时，还受李太后之托，尽心竭力地管教万历小皇帝。不过，张居正对万历过于严厉，致使让他产生了逆反心理。万历皇帝长大以后，开始亲政，张居正对他的管教仍不放松，列出太祖皇帝祖训四十多条，让他每天背诵。万历表面上不敢违背，心里却十分反感和厌烦。
公元1582年年初，张居正患病。万历皇帝拿出很多金钱为他治病。张居正病了四个多月，没有起色，感觉不久于人世，便推荐潘晟、梁梦龙等十余人，说他们可以担当大任。万历把张居正的推荐书贴在内宫屏风上，表示重视。万历皇帝还令朝臣一齐斋戒，为张居正祈祷增寿。这个时候，万历的态度和做法，属于正常。
到了六月，张居正病逝，享年五十八岁。万历皇帝为之辍朝，下诏以九坛进行祭祀。追赠张居正为上柱国，谥号“文忠”。张居正活着的时候，已经得到了太傅、太师的尊号。
张居正死后不久，有些大臣上书，指责他的错误。万历多年被张居正严厉管教，此时产生了报复心理，他令亲信太监张诚秘密调查。
张诚为人狡诈，曾经受过冯保压制，怀恨在心，于是，他详细奏报了张居正与冯保相互勾结、骄横恣肆的事情，真的假的都有。张诚知道万历贪财，还不怀好意地说，二人贪污敛财，家中宝藏超过了皇宫。万历皇帝听了，果然很动心。
万历下令拘捕了冯保，从他家中抄出了大量金银珠宝。冯保被发配到南京孝陵种菜，不久死在了那里。
万历见从冯保家里搜出了大量钱财，认为张居正家里财宝肯定也不少，便借大臣攻击张居正之际，下诏剥夺了张居正的上柱国、太师封号。张居正临终前推荐的大臣，不仅没有得到重用，反而被贬职削官。
万历派张诚带领锦衣卫赶到荆州，去抄张居正的家。荆州官员事先得到通知，锁闭张居正的家门，家人逃进空房里躲避。等到张诚赶到的时候，已经饿死了十多人。
那么，从张居正家里搜出多少东西呢？《明史》没有记载，应该是不多。因为锦衣卫拷打张居正的长子张敬修，追问财产哪里去了。张敬修受不了酷刑，胡言乱语，说有三十万两黄金，藏在几个亲戚家里，结果没有。张敬修怕再被拷打，一狠心上吊自杀了。
见万历皇帝对张居正下了手，有些朝臣胆子大了起来，告发张居正的越来越多。后来，万历皇帝下诏，削去张居正所有的官衔品级和荣誉称号，把他的罪行公布天下。万历皇帝甚至说，张居正论罪应当剖棺戮尸，姑且宽免。
令人不解的是，万历在张居死后不久就大肆清算，那个一直为张居正撑腰的李太后，为何不发一言？这个时候，李太后只有三十七岁，正值壮年。不知道李太后是管不住儿子了，还是不想管？
《明史》记载说，李太后没有去管张居正，却过问了冯保被发配之事。万历敷衍着说：“冯保没有大错，只是受张居正牵连，儿过一阵子就把他召回来。”万历皇帝把母亲糊弄过去了。
张居正死了以后，他的改革措施大部分被废除，朝政混乱，明朝便江河日下了，许多人又怀念起了张居正。后来，万历皇帝的孙子明熹宗为张居正平反，恢复了他的官爵谥号。
万历皇帝从小受到李太后、张居正、冯保的严厉管教和监督，犹如“三座大山”。三个人都是好意，一心想把皇帝培养成明君。可是，万历皇帝却感觉像被大山压着一样，有些喘不过气来。
现在好了，张居正死了，冯保被驱逐，李太后也不管儿子了，“三座大山”被消除，万历皇帝顿时感到浑身轻松。他对张居正、冯保进行清算，发泄了心中怨气，然后，亲自处理政务，打算干出个样子，给母亲和大臣们看看。
明朝经过张居正十年改革和治理，社会稳定，经济发展，财政充裕，国力强盛，于是，万历皇帝连续发动了宁夏之役、播州之役、朝鲜之役，宣扬了国威，巩固了疆土，史称万历三大征。但是，战争耗费了大量人力和财力，明朝便开始衰落下去了。
万历三大征其中之一，是朝鲜战役，这是明朝援助朝鲜抗击日本侵略的战争。