方孝儒未被灭十族
朱棣进入南京之后，对忠于建文帝的朝廷官员进行疯狂屠杀，传说方孝儒被灭了十族。在封建社会里，最高的刑罚是灭九族，而方孝儒却被灭了十族，由于事情离奇，所以流行很广，不少人都信以为真。然而，从《明史》记载来看，并没有那么回事。
方孝儒，浙江宁海人，出身官宦之家，祖上四代都是名儒。他的父亲叫方克勤，曾经担任山东济宁知府，为官清廉，却因为空印案被冤杀。《明史》把方克勤列入《循吏传》第二名。
方克勤死了以后，家境衰落下来，变得十分贫穷。方孝儒素有大志，仍然克服困难，勤奋读书，后来拜名士宋濂为师，通晓儒学经典，学识渊博，成了远近闻名的大学者。
方孝儒在三十多岁的时候，已经天下闻名了。朱元璋把他召进宫廷，授予教授之职，给皇家子弟讲学。方孝儒讲学十分认真，从早到晚，不知疲倦，培养了大批学生，其中大多数是皇族和大臣们的子弟。方孝儒在宫中讲学多年，因此，他的学生满天下。
建文帝在当皇太孙的时候，自然也得到过方孝儒的教导，他即位以后，任命方孝儒为翰林侍讲。建文帝对方孝儒十分尊重，国家大事常常征询他的意见。于是，方孝儒与黄子澄、齐泰一起参与朝政，方孝儒还负责起草诏令、檄文。不过，三个饱读诗书的大儒，却抵不过一个会打仗的朱棣，最后，朱棣获得胜利，从侄子手中抢走了皇位。
公元1402年农历6月14日，朱棣兵进南京，命诸将把守城门及皇城，控制了京师。朱棣下令逮捕黄子澄、齐泰、方孝儒等五十多名忠于建文帝的朝廷官员，称他们是奸臣，同时张榜安民，维持城中秩序。
6月17日，朱棣拜谒朱元璋的陵墓，自己宣布即皇帝位，成为明朝第三位皇帝，年号“永乐”，被称为明成祖。
朱棣举兵南下的时候，姚广孝曾经对他说：“方孝儒是天下名士，您如果攻占了南京，方孝儒必不肯投降，请不要杀他。如果杀了方孝儒，就会断绝天下的读书人。”朱棣点头答应了。
由于这个前因，所以，朱棣虽然把方孝儒列为奸臣，逮了起来，却没有为难他，而是令人把他带到大殿，想要劝降，并让他起草即位诏书。
《明史》记载说，方孝儒人还没有走到大殿，哭声就传了过来，只见方孝儒衣衫不整，披头散发，一路号哭，悲恸之声响彻大殿。
朱棣从座位上走下来，来到方孝儒身边，安慰他说：“先生不要自己苦自己，我只不过是效法周公辅佐成王罢了。”周公曾经忠心辅佐年幼的侄子周成王，在历史上留下贤名。
方孝儒停止了哭泣，质问道：“成王在哪里？”朱棣说：“他已经自焚死了。”方孝儒说：“为什么不立他的儿子为帝？”朱棣回答：“他的儿子尚小，百姓们愿意有年长的君主。”方孝儒又问：“那为何不立他的弟弟呢？”
朱棣有些不耐烦了，说：“这是我们朱家的事情，你不用管。”令左右拿纸笔来，递给方孝儒，说：“诏告天下，非先生起草的诏书不可。”
方孝儒愤怒地把纸笔扔到地上，说：“死就死吧，诏书我是不会写的。”方孝儒又大哭起来，并且边哭边骂，大骂朱棣是乱臣贼子，篡权夺位，大逆不道。
朱棣终于大怒，不顾姚广孝的嘱咐，下令将方孝儒凌迟处死。方孝儒大义凛然，慷慨赴死，时年四十六岁。
方孝儒临死前作绝命词：“天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用犹。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求。呜呼哀哉兮庶不我尤。”《明史》记载了此词全文。
方孝儒死后，他的学生廖镛、廖铭兄弟俩，将方孝儒的尸体殓葬于聚宝门外的山上。廖镛兄弟是开国功臣廖永忠的孙子。
闻知方孝儒惨死，他的亲属悲痛欲绝。妻子郑氏和儿子方中宪、方中愈上吊自杀，两个女儿投秦淮河而死，一家人死绝了。
方孝儒有兄弟三人，哥哥叫方孝闻，早已病故。弟弟叫方孝友，受牵连被杀，临死前也赋诗一首。方孝孺家族其他人没有被杀的，但许多人被流放。
《明史》还记载说，过了一百八十年以后，万历皇帝下诏，赦免方孝儒家族被流放人员的后代。方孝儒已无子嗣，但他叔叔方克家的后代却人丁兴旺，其他人的后代也不少。据官方统计，方孝儒家族后代仅在浙江、江西、福建、四川、广东的，就达一千三百多人。