朱元璋雄才伟略，自然知道这个问题的严重性，为此，他采取了一些必要的限制措施。一是规定藩王的兵力最多不能超过一万五千人，这样少的兵力，是难以对抗中央政府的；二是藩王不能管理封地内的民政事务，朝廷另派大臣进行管理；三是藩王之间、藩王与大臣之间，不得私自来往，防止他们相互勾结；四是藩王不得私自离开封地，无诏不准进京，甚至朱元璋死的时候，一些藩王都没有进京奔丧。
更重要的是，朱元璋制定了严格的继承制度，规定皇位只能由长子朱标这一支往下传承，其他藩王都没有继承皇位的资格。这一条相当重要，实际上是断绝了其他藩王争夺皇位的念头。朱元璋认为，限制其他藩王继承皇位，他们便不会犯上作乱了。
朱元璋信心满满，他自信通过采取这些措施，既能让儿子们为大明江山效力，又能防止他们抢班夺权。当时皇太子朱标，年富力强，经验丰富，仁义贤能，威望很高，如果不出意外，大明王朝是不会出问题的。
然而，人算不如天算，偏偏出了意外，皇太子朱标过早离世。朱标死后，按照朱元璋制定的继承制度，皇位只能由朱标的儿子继承。
朱标有五个儿子，长子朱雄英，只活了八岁就死了，次子朱允炆成了事实上的长子。
朱允炆自幼聪明好学，熟读儒家经书，为人谦恭，温文尔雅，很得朱元璋欢心。朱允炆还特别孝顺，在父亲患病期间，他昼夜侍侯，不离开一步。父亲死后，朱允炆日夜哭泣，不肯吃饭，消瘦不堪。朱元璋看着心疼不已。
朱元璋对朱标过早逝世深感悲伤，见孙子如此仁孝，心里便想立他为皇太孙，将来继承大位。不过，朱允炆只有十六岁，性格不够坚强，把大明江山交给他，朱元璋感到有些不放心。
有一天，朱元璋上朝，提起太子朱标之事，禁不住又痛哭起来。大臣刘三吾劝谏道：“人死不能复生，请陛下节哀，善保龙体。现在当务之急，是按照陛下制定的继承制度，册立皇太孙，以安人心。”
刘三吾是湖南茶陵人，学识渊博，为人正直，乃当世大儒。在他七十三岁的时候，朱元璋慕名召他入朝，任翰林学士。朱元璋对刘三吾非常尊重，见他年老，上朝时赐他座位，不让他站着。
听刘三吾一说，文武大臣们纷纷附合。当时，朱标已死数月，朱元璋的其他儿子觑觎皇位，有的蠢蠢欲动，人心确实有些不稳。大臣们都对朱标有着深厚感情，于是一致赞同刘三吾的意见。
朱元璋见群臣意见一致，便下了决心，在朱标病逝半年以后，册封朱允炆为皇太孙，明确了他继承人的身份。
朱元璋担心皇太孙年轻柔弱，驾驭不了那些骄横强悍的武将们，第二年便借蓝玉案之机，诛杀了一公、十三侯、二伯等二十多名功臣宿将，株连杀掉一万五千多人，为皇太孙执政扫除了障碍。
可是，对朱允炆皇位构成威胁的，不仅仅是这些功臣宿将，还有朱元璋的儿子们。朱元璋的儿子们身为王爷，有地盘、有军队、有势力，而且年龄大、资历深，明显处于强势，实际上对皇位的威胁更大。
朱元璋对外人毫不留情，杀人不眨眼，可对待自己的儿子，他是下不了狠心的，显得有些无能为力。朱元璋知道燕王朱棣有能力、有野心，可朱棣十分小心谨慎，没有一点过错，朱元璋毫无办法。
也许朱元璋内心深处有自己的盘算，即便儿子们篡权夺位，那仍然是老朱家的天下，并不可怕。
朱元璋对儿子们不能来硬的，只好采取软的一手，教育儿子们从江山社稷出发，维护朱允炆的地位。公元1396年，朱元璋专门制定了诸王拜见皇太孙的礼仪制度，要求所有的王爷，不管是叔叔辈，还是爷爷辈，都要对皇太孙行君臣大礼，以提高朱允炆的权威。
公元1398年，朱元璋驾崩，享年七十一岁。朱元璋在临终之前，仍然不放心皇太孙，密令女婿梅殷辅佐他。朱元璋这个举动，应该是让梅殷提防燕王朱棣，否则的话，用不着密令。
朱元璋专门留下遗诏，说：“皇太孙允炆英明仁孝，受天下拥戴，应继承皇位。内外文武大臣要齐心辅佐，以使天下安定。”
朱元璋还对自己的后事做了交待，说：“丧礼祭祀所用之物，不要用金银；孝陵的山水保持原貌，不要改变；天下臣民哀悼三天即可，以免影响嫁娶之事；诸王留在封地，不要到京师奔丧。”
按照朱元璋的安排，朱允炆顺利继位称帝，年号建文，成为明朝第二任皇帝，史称建文帝。这个时候，建文帝二十二岁。
人们都认为建文帝年轻柔弱，可是，让人没有想到的是，建文帝登基不久，就雷厉风行地干了一件大事，引发天下震动。