陈宁为人凶狠，经常用烙铁烧人，人送外号“陈烙铁”，名声很差。陈宁没有得到朱元璋的重用，感觉怀才不遇，心生不满，于是极力鼓动胡惟庸谋反。
开国功臣陆仲亨、赵庸、费聚等人领兵在外，镇守一方。他们整天吃喝玩乐，沉溺酒色，荒废军务，受到朱元璋惩戒。胡惟庸把他们拉拢过来，令他们在外边收集兵马，联络对朱元璋有怨恨的人，积蓄力量，等待时机，准备造反。
胡惟庸同时招揽了魏文进等一批亡命之徒，让他们跟随自己左右，以备随时效命。胡惟庸派亲信林贤，出海勾结倭寇，与他们商约起事日期。林贤当时领兵驻扎在海边，负责防御倭寇，他利用这个有利条件，反而与倭寇相勾结。
胡惟庸还丧心病狂，竟然派元朝旧臣封绩去联系北元，请他们出兵相助，自己愿意向北元称臣。胡惟庸甚至让李存义去鼓动李善长，想拉他一块造反。李善长没有同意，但也没有劝阻，更没有揭发，而是任其所为。
对胡惟庸的这些阴谋活动，《明史·胡惟庸传》有着详细记载。
右丞相汪广洋也依附了胡惟庸，两人关系密切，朱元璋很生气。公元1379年，朱元璋借外国人来进贡而中书省不报皇帝之事，下令赐死了汪广洋，并惩罚了胡惟庸和中书省的官员。胡惟庸感觉处境大为不妙。
恰在这时，又发生了一件意外之事。胡惟庸的儿子坐马车奔驰，结果掉下车来摔死了。胡惟庸大怒，杀了驾车人。
朱元璋听说以后，把胡惟庸召去，冷冷地说：“你无故杀人，该当何罪？”
胡惟庸见朱元璋神情严峻，知道大事不好，赶紧叩头认罪，说愿意拿出一大笔钱来，赔偿驾车人的家属。
朱元璋嗔怒道：“自古以来，杀人者偿命，哪能这么简单？”
胡惟庸见朱元璋起了杀心，也只得横下心来，准备造反。胡惟庸赶紧让陈宁、涂节联络自己的人，做好各种准备。
朱元璋既然对胡惟庸起了疑心，肯定早有防备。涂节见真的要造反，害怕起来，向朝廷告了密。朱元璋当机立断，将胡惟庸等人逮捕入狱。
公元1380年，当了七年丞相的胡惟庸被诛杀。因为胡惟庸造反还没有发动起来，他联络其他人的事情也没有完全暴露，所以牵连的人并不多，被处死的朝廷大臣，只有陈宁、涂节等少数人。
从《明史》记载来看，朱元璋平定胡惟庸谋反，过程十分简单，波澜不惊。可是，此事让野史写起来，就曲折复杂多了。野史中有一个“云奇告变”的故事，流传很广。
野史说，胡惟庸想要造反，杀害朱元璋，便在家中埋伏重兵，然后骗朱元璋说，他家井里涌出醴泉，这是大明的祥瑞。朱元璋很感兴趣，立即前去观望。
朱元璋走到西华门，快要到达胡惟庸家了，突然，有个人气喘吁吁地跑来，一把抓住朱元璋车马的缰绳。来人因为跑得急，大张着嘴，喘着粗气，却说不出话来。来人名叫云奇，是一名小太监。
侍卫们误认为是刺客，立即蜂拥向前，刀枪齐下。云奇顿时倒在血泊之中，但至死仍然紧抓着缰绳不放，而且手指一直指向胡惟庸家的方向。
朱元璋感到蹊跷，便登上西华门城楼，向胡惟庸家眺望，只见胡惟庸家里刀枪林立，有重兵埋伏，这才知道胡惟庸要造反，于是逮捕处死了他。
故事虽然曲折动人，但“云奇告变”的故事不是真的，历史上也没有云奇这个人。
朱元璋处死胡惟庸以后，下令废除了丞相职务，撤消了中书省，朝廷事务由六部分别办理，直接对皇帝负责，皇权得到进一步加强。
丞相一职是春秋战国时期设立的，为百官之首，处于一人之下、万人之上的崇高地位。长期以来，历代朝廷都存在着皇权与相权的矛盾，因此，东汉、隋朝和唐宋时期，多数时候都不设丞相，到元朝时期又复置了丞相一职。这样，丞相职务存在一千六百多年，断断续续，朱元璋把它彻底废除了。这是朱元璋对行政体制的一个重大变革。
朱元璋杀掉胡惟庸，废除了丞相制，因此，有人认为，胡惟庸案实际上是皇权与相权的斗争，胡惟庸是冤枉的，后世对胡惟庸案存在着很大的争议。
但从《明史》记载来看，胡惟庸确实是利欲熏心，欲图谋反，咎由自取，罪有应得，并不冤枉。《明史》还把胡惟庸、陈宁等人都列入了奸臣传。
当时，朱元璋处理胡惟庸案，还是比较理智的，只处罚了少数人，没有牵连过多，更没有滥杀功臣。不料，过了十年以后，风云突变，胡惟庸案又被翻了出来。这一次，朱元璋就凶相毕露，大开杀戒了。这是为什么呢？