难民不断涌入安全区，再由安全区纷纷乘船离开。一船船粮食衣物运来，一船船难走，令士燮坐卧不安。交趾郡从事曲颢及已经恢复如常的士壹屡次劝说士燮出兵清剿安全区，否则民心尽失。士燮无奈叹惜：“不出兵，则民心渐失。出兵，则民心尽失。”最后，他只好派郡丞陈壬代表自己巡视各安全区，以示抚慰。
光和二年十一月，就在交州各方势力都以为杨明下一步将会挥军西向时，交州府却张贴公告，杨刺史不日即将乘战船逆珠水而上，应花延所邀，巡察苍梧郡广信。
同月，凉州刺史耿鄙留傅燮守武威城，亲率马腾等部下协攻韩遂叛军。所率凉州汉军乃乌合之众，汉羌混杂，离开武威才几天，先是羌人反叛，后来汉人也跟随。叛军杀死耿鄙，凉州汉军不战而溃，官兵四处逃散。
司马马腾，扶风郡茂陵人，乃伏波将军马援之后。其身高八尺多，容貌雄健，性格温厚贤明，英勇善战，深受羌汉士卒喜爱。马腾部千人，他令长子马超统前部，次子马休统后部，自率三子马铁统中军。兵变之时，唯其军营井井有条，士卒操练如常。
马超劝说：“父有非凡才干，今领兵在外，何不乘势自立，以保家卫民？”马腾听其言，纠集部曲，归拢叛乱汉军，自立为王。马腾派马超出使羌阳，与韩遂结盟。韩遂与马腾结为义姓兄弟。马腾率兵回攻武威城。缺兵少将的傅燮仍坚守十余日，终被攻破城池，傅燮不知所踪。占据武威郡的马腾军与金城郡的韩遂军遥相呼应，一时声威远扬。
十一月，马腾与韩遂约定共击张温授军。马腾父子率兵侵扰安定郡，威胁张温援军后部。韩遂命成公英率杨秋、李堪、张横三部监视陇西董卓军，自己率阎行及侯选、程银、梁兴、成宜、马玩七部出兵汉阳郡，攻击张温援军。张温、皇甫嵩不敌，退兵至右扶风坚守。因战事不顺，汉灵帝撤销了张温车骑将军职位，命其回京述职。随后，汉灵帝纳尚书卢植所言，对马腾实行招降纳叛，封其为武威郡太守兼营偏将军，又拜皇甫嵩为左将军，董卓为前将军。命偏将军马腾、左将军皇甫嵩、前将军董卓三路大军围剿韩遂。
李儒向董卓进谏：“韩遂势危，招降纳叛正在此时。”董卓依言，一方面派华雄、徐荣、樊稠率三万凉州铁骑在榆中击败成公英所率杨秋、李堪、张横三部约四万骑兵，威胁金城。一方面派李肃出使汉阳，劝降韩遂。
韩遂决定投靠董卓，以作缓兵之计，于是他致书向董卓求降，退兵回到金城郡。马腾也收兵退回武威郡，并致书向董卓示好。凉州境内一时无战事，竟出现了久违的和缓。皇甫嵩见状退兵回长安。汉灵帝升董卓为郎中，兼营凉州刺史。马腾在武威，韩遂在金城，二人休养生息。而董卓以刺史身份亲领陇西郡，另派郭汜占北地郡、李占安定郡、徐荣占汉阳郡、樊稠占武都郡。至此，凉州在名义上已经全部落入董卓的凉州铁骑统治下。