《物种起源》虽然俘获了一批生物学家的芳心，比如著名植物学家胡克很快就向达尔文投降；而曾与达尔文数度通信交流的哈佛大学教授格雷也立即对达尔文投怀送抱，并用一种极其巧妙的方式在美国引进了生物进化思想；德国、法国也都相继作出了积极的反应，似乎是一片欣欣向荣的景象。但总的情况却不容乐观，大部分生物学家仍持观望和保留的态度，一些其他领域的科学家，虽然享有盛名，却因为对生物学的了解不是很深刻，所以对达尔文的理论几乎是批声一片，其中就有达尔文的老师塞奇威克和导师享斯罗，甚至是好朋友赖尔也反对他的观点。
比较有影响的反对来自电磁理论的奠基人麦克斯韦(jamesmaxwell)和英国物理学的开山鼻祖开尔文(lordkelvin)，他们都是胡子很长头脑很聪明的重量级人物，因为在物理科学领域的巨大成就而受尽尊宠，在当时享有无可撼动的权威地位。其中开尔文用地球散热的速度推算出地球年龄只有两千多万年左右，最多不超过一亿年，如此短的时间不足以支持生物如蜗牛般慢腾腾的进化。基于开尔文巨大的名声，达尔文无言以对。他自己由于物理知识的缺乏，对地球年龄的估算基本上都是猜测，看不出有任何科学依据。面对开尔文的这一计算结果，达尔文却异常坚定地声称：“我确信将有一天将会证明地球的年龄比开尔文的古老得多。”同时又暗中咒骂开尔文是一个“讨厌的幽灵”。但正是这个幽灵，最终和达尔文一道被安放在威斯敏斯特教堂牛顿墓的旁边。
现在已经知道伟大的开尔文计算结果是错误的，他忽略了地球内部放射性元素的作用，所以低估了地球冷却的时间，同时也大大低估了地球的年龄。
更严酷的批评来自哲学界和宗教界，他们指进化论是“粗野的哲学”和“肮脏的福音”，并把进过教会学校的达尔文比喻为一个“魔鬼牧师”，甚至当成是“欧洲最危险的人”。重压之下，以至于剑桥大学图书馆禁止借阅此书。
一时间风萧萧兮易水寒。
也有相当一批教会人员站出来支持达尔文，不过他们采取的是和稀泥的调和手法。这种理论在美国特别流行，他们认为进化论与上帝并不冲突，正是上帝创造了能够自我发展的原始生命形式，甚至进化的策略也是上帝制定好了的，这样一来，进化论就成了第二因，与上帝互不侵犯。而且，这样一搞，上帝反而轻松了许多，他不必一个一个费心费神地去制造万种生灵了，他只需要制定一个生物发生和进化的原则就行了。可能有的时候还插手修改一下进化过程中出现的小错误，比如搞死一大批恐龙之类的小事情。
而在保守的英国，受过正统教育的牧师们仍然出离愤怒，因为《物种起源》是对《圣经》中描述的过程的全盘否定。这样一搞大家就不相信上帝了，而一旦人们开始怀疑《圣经》，那人生的一切都将失去意义。在虔诚的教士们看来，生物进化理论将颠覆整个世界的伦理与道德。
在这种气氛下，科学与宗教的冲突已不可避免。
《物种起源》刚一出版，赫胥黎就写论文宣传和支持达尔文，并利用在皇家研究院演讲的机会公开支持进化论。而此时另一批人，比如威尔福伯斯（samuelwilberforce）已经开始和很多人一道写文章攻击达尔文了，动物学家欧文(richardowen)更是发表了一篇言辞激烈的论文对达尔文大加鞭挞，在剑桥哲学学会上对达尔文众攻，唾沫喷了一会场。达尔文根本没有还手之力。
欧文虽然长得很丑而且生性冷漠，但这并不妨碍他成为著名的动物学家和地质学家。他自小痴迷于动物解剖，并为此而享有盛名，一共发表了六百多篇解剖学论文，其学术成就与名重一时的居维叶有的一拼。正是他发现了始祖鸟，也正是他把一种大家都没见过的化石命名为“恐龙”，出版有经典巨著《论脊椎动物解剖学》及其他一大批专业作品。可惜这个人的道德品质并不能如其学术成就那样让人尊敬，经常做一些迫害同事及偷窃别人研究成果的工作，大大削弱了他作为一个重要学者的影响力。
但对他影响更大的，恐怕还是与赫胥黎的论战。