拉马克根据自己的理论，还反对物种的概念，他认为物种只是一个人为的概念，事实上并不存在。因为根据用进废退理论，所有的生物应该存在连续的不可分隔的联系。之所以现在看上去似乎很多物种独自成形，与其他物种有明显的外形区别，那是因为我们没有收集足够的标本来填补物种与物种之间缺欠的链条。在世界的某一个角落，必定存在着这些模棱两可的动物。所有物种收集齐备以后，就可以看出生物是一个一连串连续的过渡形态联结在一起的整体。
不知道拉马克有没有听说过中文的“腐草化萤”这个成语，反正他也相信简单生物是可以从无机物中演化出来的。这是一种朴素的生命起源思想在作怪，毕竟，谁看到肉上无端生出蛆虫来，可能都会有类似的想法。这种想法后来被巴斯德用(louispasteur)的曲颈瓶实验彻底否定掉了。
拉马克还相信，既然所有物种都是一个连续变化的过程，那么，也就无所谓生物灭绝现象，他认为所有的物种都没有灭绝，而只不过是从一个物种转变成了另一个物种而已。这种说法挺有意思，现在公认鸟类正是恐龙的一支转变而来的。当然，这两个概念之间有着巨大的差异，并不能证明拉马克的物种转变理论是正确的，地质史上存在物种大灭绝现象已是不争的事实。
当然，人们之所以提起拉马克，往往是因为他“用进废退”的生物进化理论，这是一个相当具有迷惑力的理论，一度曾十分流行，甚至对达尔文的理论形成了不小的威胁。就算是到了现在，也仍然没有彻底退出历史舞台。在拉马克的理论中，目的就是动力，两者是合而为一的。而根据达尔文的理论，进化不需要目的，也没有目的，这是两个理论之间的重大分歧之一。就好像是百米赛跑，拉马克手下的所有运动员都是认准了百米终点用力冲去，他们有明确的目的，所以也有强烈的动机，跑起来很快。而达尔文的运动员呢，跑起来也很快，但与拉马克的运动员不同，达尔文的运动员全部被蒙上了眼睛，然后任由他们向四面八方乱跑，只有凭运气跑到终点的运动员是赢家，其他人全部被淘汰。
在达尔文的理论中，自然选择是进化的主要动力，甚至可能是唯一动力。而在拉马克理论中，动物的“”和“意志”成为重要的动力，比如长颈鹿特别想把脖子长长一点，于是就真的长长了，这就是“意志”的力量。
人文学者们希望拉马克的理论是正确的，这样，人的意志，特别是善良的意志就会引导人类走向更美好的明天，甚至是天堂。所以他们非常排斥冷冰冰的毫无社会责任感的自然选择理论。后面会谈到社会进化的问题，如果有喜欢人文学科的朋友们加入到这个讨论中来的话，无疑会把这个讨论搅得一团糟。
而纯正的进化理论，必须把这种力量排除在外，因为对动物的“意志”的依赖，一不留意，就会滑向“神的意志”，有变为自然神学的危险。所以，拉马克和达尔文的共同点在于，都承认物种是变化的，也就是所谓“进化”。但在如何进化上，两者不可调和。
为了反驳拉马克的理论，作为达尔文理论的坚定支持者，德国著名动物学家魏斯曼(augustweismann)开展了一个有趣的实验。他养了一批老鼠，然后坚持不懈地把每一代的老鼠的尾巴都切下来，一直连续切了二十多代。结果发现，老鼠后代尾巴的长度并没有受到影响，重新生下来的小家伙们仍然一个个拖着长长的尾巴，据此，魏斯曼否定了拉马克的“获得性遗传”理论。
其实这个有趣的实验的设计是错误的，老鼠的尾巴是被“切掉”的，这根本不是环境造成的，也就是说，老鼠并没有不“需要”这个尾巴，而这个被切掉尾巴的悲剧也不能称为“获得性”，那只能是“强加性”。
但这个错误的实验的结论却是正确的，那就是“获得性”并不能遗传。为了全面驳倒拉马克，使自己的理论给人以更深刻的印象，魏斯曼还提到了中国妇女的裹脚现象，中国妇女们绵延万里的裹脚布并没有让后代的脚变得更小一点。其实还有一个更有力的证据魏斯曼没有想到，那就是处女膜一代一代地被顶破，但女人们仍然保留着那一层小小的膜，在这件事上，没有遗传发生。
反对者们提到了铁匠和他们的儿子的故事：铁匠因为天天打铁，所以肌肉都相当发达；但是，没有证据表明，铁匠的儿子们的肌肉也因此变得发达，铁匠辛辛苦苦打铁弄出来的一身好肌肉并没有遗传下去。除非子承父业，儿子们继续打铁。
随着达尔文理论的出现，拉马克遭到了越来越多的批评。最严重的困境在于，如果获得性遗传是那么有效的话，人类就会出现大量残疾人，由于战争等各种原因，缺胳膊断腿的悲惨故事实在是太普遍了。而且，还有一个更严重的问题，衰老算不算是获得性呢？如果是，岂不是小孩一生下来就成了小老头了么？
这个问题问得虽然有些无赖，但却是击中了拉马克的要害。