神奇宝贝#100:四天王科拿，冰之战斗
小智等人来到小橘子岛，适逢四天王之一的科拿小姐到岛上演讲。面对小霞极度崇拜的科拿，小智自负的认定也许自己能够打败科拿。于是科拿给不知天高地厚的小智上了一课…
神奇宝贝#101：尼多朗的恋爱故事
小智等人来到洋贝拉市，认识了椰米莉与赖而夫。这两人水火不容，可是所养的神奇宝贝，尼多朗与尼多兰却深深相爱。小霞坚持要撮合这两个相爱的神奇宝贝，可是她使用的办法却惹来反效果…
神奇宝贝#102：大平原的小磁怪
小智等人在大平原遇见了放牧小磁怪的佛得先生，并与其同行。刚好这时传来附近的城市停电的消息。急着前往供电的佛得先生遭到火箭队的阻扰，受伤无法前往。小智遂自告奋勇要带领小磁怪到城里…
神奇宝贝#103：地下道的怪物
小智等人掉入火箭队的陷阱，在地下道中遇到了神秘生物。小智急着想救妙蛙种子回来，可是因为蛮横的市长选举将近，竟然用水泥把地下道出口封起来。在在地下道内寻找妙蛙种子的小智等人与火箭队，他们会怎么样呢
神奇宝贝#104：柚子道馆类型格斗三比三
柚子岛的道馆训练家阿义对小霞一见钟情。在与小智的道馆挑战赛中，宣称要将胜利的成果献给小霞。但是杰尼龟出人意料的使出水炮绝招，粉碎了阿义的梦想…
神奇宝贝＃105：皮卡丘对抗喵喵
火箭队设计把皮卡丘抢过来。为了不让皮卡丘逃走，把皮卡丘跟喵喵绑在一起。可是谁也没想到，抓到皮卡丘以后，喵喵和皮卡丘却受到大比比鸟攻击，被叼走了。就这样，拯救皮卡丘和喵喵的两班人马开始行动…
神奇宝贝＃106：喷火龙，就决定是你了!
小智接受小英的挑战，拿出喷火龙对抗蚊香蝌蚪。喷火龙轻视小智等级太低，依然不肯听从命令。果不其然，这场战斗输得很难看，喷火龙也被冷冻光线给冻成冰块。小智日以继夜的照顾喷火龙，感动了喷火龙的心。第二天恢复健康后，喷火龙又和小智向小英的蚊香蝌蚪挑战，而且打赢了!
神奇宝贝＃107：灭火大战杰尼龟对抗卡咪龟
小智等人来到了蜜柑岛。杰尼龟灭火失败，还被卡咪龟消防队救了一命。小智暗到杰尼龟不甘心的样子，就央求让卡咪龟和杰尼龟比赛一场。这场比赛让卡咪龟和杰尼龟成了好朋友。当然，火箭队又跑来插花，浪费了大伙不少时间，差点赶不上去镇上救火
神奇宝贝＃108：燃烧吧!卡比兽!
小智等人来到香橘岛，因为海浪汹涌，不只无法离开，还面临了饥饿问题。岛上的人们也面临同样状况。好不容易期待的食物运到了，火箭队的人竟把食物夺走。卡比兽因而一改平日的温和，和驾驶机器人的喵喵决斗，把火箭队打到天上去....。
神奇宝贝＃109：接棒决斗!最后的道场!
橘子连盟之中，拥有最后一个道馆的岛屿，龙神岛为了得到琉璃徽章，小智要向最后一个道馆挑战了。道馆的规矩是派两个神奇宝贝做接力战斗。小智选择的皮卡丘和喷火龙一开始就自己人内斗，使得比赛陷入苦战。后来喷火龙几乎被打倒，皮卡丘才决定帮助喷火龙，两个一起团结起来打败琉璃子的神奇宝贝。
神奇宝贝＃110：鲤鱼王进化的秘密
很多的鲤鱼王聚集在一起，丹柑岛是鲤鱼王的进化与出生之岛。小建遇到来岛上进行观察的神奇宝贝观察家绿川，和绿川一同观察鲤鱼王。凑巧火箭队一伙人也跑到岛上来，想抓走鲤鱼王，成立暴锂龙军团。他们不只滥捕滥抓，还企图抓走皮卡丘，于是乌龙的大混战又展开了。
神奇宝贝＃111：蚊香蝌蚪和小霞
小智和小建吸入霸王花的麻痹粉病倒在床。无独有偶，火箭队的武藏也误吸霸王花的花粉。小霞寻找解毒的花王霸草时遇上火箭队的喵喵和小次郎，双方为了争夺花王霸草大打出手。
神奇宝贝＃112：胜利者杯，全员大对决
六vs六橘子连盟的胜利者杯决斗方式是六比六，利用六只神奇宝贝来决定。小智拿睡着的卡比兽跟大木博士换来一只肯泰罗。第一场皮卡丘获胜，第二场杰尼龟获胜，第三场的肯泰罗却打败了。接下来的乘龙，会有什么样的表现呢
神奇宝贝＃113：最后战斗快龙登场
胜利者杯的激烈战斗到下半场，勇次的快龙把小智剩下的神奇宝贝全部打倒，最后成了皮卡丘和快龙的对决。在皮卡丘临机应变的反击下，原本就已体力不支的快龙终于被打倒!
神奇宝贝＃114：再见了乘龙
得到胜利者杯之后,小智一行人坐在小乘龙的背上，忽然遇到一大群乘龙。小乘龙的妈妈也在其中。照理来说母子相会应该很感人，可是乘龙群却对小智等人及小乘龙非常敌视。原因是有盗猎集团专门在猎捕乘龙。打跑盗猎集团之后，与乘龙群化解歧视，小乘龙终于回到母亲的身边了。
神奇宝贝＃115：顽皮蛋大爆炸
小智和小霞等人来到凸橙岛想去出岛搭船回乡，却得知出岛太危险无法出航。遍地的顽皮蛋不时在爆炸，使得出岛的居民向外逃跑，当然也没有船只出航。小智等人遇到顽皮蛋，情况危急时，地鼠训练师强哥出来拯救，原来他是岛上居民请来去除顽皮蛋的……
神奇宝贝＃116：真新镇，我回来了
小智回家了,家里多了一个意料不到的人迎接他们。应该留在内木博士研究所的小刚不知出了什么事,对过去表现出不敢触及的异常态度。小霞推测小刚被内木博士甩了。这时火箭队又来攻击了,在大木研究所发生危机时,小茂出现了,他击败火箭队,还向小智挑战。
神奇宝贝＃117：宿敌对决,小智对抗小茂
小智的皮卡丘败给小茂的伊布。从大木博士口中得知小茂已经出发旅行到西部,向城都联盟挑战时,小智决定也要向城都联盟挑战。就在出发前的践别宴餐会上,火箭队出现了。跟平时一样,火箭队最后又被大家的神奇宝贝赶跑…