神奇宝贝#81：真新镇！新的出发！
小智回到真新镇以后,大木博士立刻为了奖励小智在比赛中的优异表现而在研究所召开宴会。这次火箭队又照惯例的出场了,原来他们想把宴会中出席的神奇宝贝全部抓走!于是宴会现场一片恐慌……
神奇宝贝#83：飞行船是不幸船？
小智等人为了替大木博士拿东西决定前往橘子群岛的岱柑岛。但是怎样去呢这个问题就考倒小智等人了。正好这时某家店在办抽奖活动,被小智凑巧抽中飞行船的机票。虽然有办法去岱柑岛了,可是任谁作梦也没想到,飞行船的服务员是火箭队…到底,什么样的旅行在等着他们呢
神奇宝贝#84：南国神奇宝贝与gs球
小智一行人好不容易抵达岱柑岛,在那南国艳日的阳光中,开始寻找内木博士的研究所。唯一线索在岛上的神奇宝贝中心,到了那里,被晒成黑铜色的乔伊出来迎接,带领小智等人到博士的研究所,找到博士与不可思议的神奇宝贝球。
神奇宝贝#85：拯救乘龙
小智等人在飞行船上睡着了,不知飞行船正向树叶一样开始下降。坠落到树林繁茂的岛上以后,小智等人到处找人求救,却一个人也没看到。这里是无人岛吗就在这么想的时候,一大团的观光客出现了。小智他们跟着观光客走,在观光船的港口看到到处都是"欢迎到碰柑岛"的招牌。就在观光地走着走着,小智看到被小孩子欺负的小乘龙的影子…
神奇宝贝#86：橘子联盟夏干道馆
小智等人来到夏干道馆向训练家敦美挑战。在竞赛的时候，火箭队又出来捣乱。在一场混乱后重新开始比赛，乘龙的表现出人意料，打败了绿箭龟。
神奇宝贝#87：消失的神奇宝贝之谜
亚马多和小三郎利用素利普的超能力，催眠金柑岛上所有神奇宝贝加以捕捉。小智为了救回皮卡丘，和君莎等人一起对抗素利普的超能力，处于劣势的小智等人会有何下场呢
神奇宝贝#88：『水晶大岩蛇』
小智一行人这次来到柑岛、发现正美漂流到海上的瓶中信、为了让哥哥得到灵感希望能够得知大岩蛇的消息、经过小智一行人的努力、终于让哥哥阿功找到大岩蛇、得到制作水晶制品的灵感。
神奇宝贝#89：粉红神奇宝贝之岛
小智一行人这次来到了罕见的平柑岛、岛上的神奇宝贝全部都是粉红色的、火箭队一行人自然不会放过这个千载难逢的好机会、在小智等人齐心协力之下将他们赶走、继续让粉红岛保持神秘、留给这些粉红神奇宝贝一个宁静的生存空间。
神奇宝贝#90：『化石盔化石的秘密』
小智三人意外的碰上一组采访化石盔化石的电视台工作人员、表示愿意帮忙、不信岛上老人田所先生的规劝：破坏小岛将会引发大灾难、谁知当化石盔一碰上红色的月光就复活了、小岛也因而沉没、好在他们及时做了竹筏、逃过一劫。
神奇宝贝#91：『跳吧！神奇宝贝豪华友轮』
小智一行人这次来到豪华友轮上、看到各种神奇宝贝说唱逗趣、煞是热闹、谁知又碰上武藏一行人来捣蛋、想要把神奇宝贝抢走、在大家奋力合作下、终于保住了轮船、也让凯儿和她的神奇宝贝雷丘关系更加亲密。
神奇宝贝#92：『再见了可达鸭，又来了哥达鸭？』
小智一行人这次来到真新镇岛上休息，认识了同样是水族类神奇宝贝收藏家的小桩，小霞和小桩提议拿自己的神奇宝贝较量一下，原以为可达鸭已经进化成了哥达鸭，原来是一场误会。
神奇宝贝#93：『航海的乔依，破浪前进吧』
小智一行人在海上遇到快速划着独木舟前进的乔伊、原来她在橘子诸岛上到处为神奇宝贝看病、却碰上火箭队的阻挠、最后在鲤鱼王进化成的暴鲤龙搭救之下、终于突破困境、实时为小海狮看病。
神奇宝贝#94：奈普鲁道馆雪山之战
有橘子群岛的奈普鲁岛上正中央耸立着一做雪山，奈普鲁道馆就在那上面。由于道馆留下的规定，小智只好硬着头皮爬上山。路上遇到的朋友小丹，自愿与小智一起爬山。这个道馆训练家隐瞒身份确认小智的能力以后，才提出和小智比赛的要求。这时火箭队出来捣乱，又照惯例的帮了小智倒忙。
神奇宝贝#95：大胃王比卡兽！大恐慌！
为了出场橘子联盟大赛，小智等人获得了第二个徽章。接下来要去的是第七个岛上结很多文旦的果实七岛。小智等人抱着轻松心情到岛上，却因为意外的事件被岛上居民奈奈当成了小偷。解开误会后，小智等人得知奈奈正在烦恼文旦小偷的问题。到底这个文旦小偷是谁？
神奇宝贝#96：幽灵船跟幽灵神奇宝贝
在橘子群岛旅行的小智一行人为了暂时休息，来到了斯达奇岛。在那里的海边神奇宝贝中心和大木博士连络后，知道正好在斯达奇岛近海发现的沉没船上有类似三百年前橘子连盟冠军奖杯的宝物。而那个奖杯就放在小智等人现在所在的斯达奇博物馆内。于是小智等人计画隔天一早就去观看，谁知火箭队已经听到这个消息…
神奇宝贝#97：喵喵之岛？
小智等人今天依然在橘子群岛旅行。跟踪他们的火箭队也是。火箭队一如往常老是被小智等人击败，可是这次喵喵飞走的方向跟武藏和小次郎不同。喵喵着陆的地方是神秘猫之岛，那里的岛民传说在白色满月的夜晚″喵喵神″会出现，而崇拜喵喵神像。岛民们把偶然掉到岛上的火箭队的喵喵当成传说中的喵喵神，开始祭拜…
神奇宝贝#98：飞天螳螂，战士的尊严
小智一行人来到马扣克岛，救了一只受重伤的飞天螳螂。原来他是憾卫头目之位失败被赶出来的老战士。火箭队来到岛上使用卑劣手段捕螳螂，老战士愤不顾身想回去救同伴，感动小智等人…
神奇宝贝#99：南方之岛，全员大集合
小智一行人来到无人岛，决定在那里休息一天。刚好火箭队也来到岛上渡假。这次火箭队利用大食花的睡眠粉，想把一行人迷昏后偷走神奇宝贝。谁知飞天螳螂跟喷火龙都没有睡着，还把大伙都吵醒…