土地改革，在中国现代历史上有两种，一是在大陆推行的急风暴雨式的土改，张文秀觉得不能采用，毕竟在明代，地主阶级力量最为强大，不能过分损害他们的利益，否则把他们推到自己的对立面，情况就会十分不妙的，李自成就是前车之鉴。还有一种土地改革，那就是蒋中正败退台湾后实行的土地改革，属于比较温和并且很成功的，张文秀决定实行台湾式的土地改革。
所谓台湾式土地改革，就是蒋中正退守台湾后，痛定思痛，在台湾掀起的土地改革。当时台湾也是由许多大地主控制着土地，佃农生活贫苦，租佃矛盾日益激化。而当时台湾由于接收了日本人留下的大量工厂，但却开工不足。于是政府制定“和平土改”计划，政府强制赎买地主的土地（地主可以保留一小份土地自耕）把他贱卖给农民，农民从政府买土地，其实是不用交现金的，只是在今后几年时间内向政府多交一点赋税来抵扣，这样，农民得到实惠，生产积极性大为提高，农业产量立马翻番。
而政府向地主购买土地，也多不是支付现金，而是把日本人留下的大量工厂的股份折价卖给地主，这样地主阶级向资本家过渡，这样地主也不会有太多的怨言，工业生产迅速得到恢复，台湾很快进入工业化，到了八十年代成了亚洲四小龙之首。
这样的土地改革，既能解放农民，又能照顾地主阶级，最重要的是使台湾转型，进入工业社会，非常值得身处十七世纪中叶的张文秀借鉴。但是张文秀没有日本人留下的工厂，没有什么可以给地主的。
但张文秀有矿啊，还有通往西番的商贸控制权。所以张文秀正式进行土地改革。首先，没收地主土地，无偿分给农民，地主可以保留一小块自耕地。被没收土地的地主，政府可以从三个方面补偿。一是可以从张文秀那里得到开采建昌府境内的矿产的许可，当然现在所有矿产都是飞虎军的，但这些地主如果要采矿，可以与官府合作，各占一半股份，政府在五年后将股份逐渐送给地主，这样，地主也算是得到了补偿。
二是可以从申请成为前往西番贸易的合法商人。现在张文秀基本控制了通往西番贸易的线路，所有想出关到西番去做生意的必须向官府申请登记，有官府配备的报保镖护送以防西番抢劫，这些保镖也是飞虎军的退役人员组成，一面护送，一方面监视商人是否叛变。私自出关者，杀无赦。所以现在能出关到西番去贸易，可是厚利啊。这些失去田地的地主，对于张文秀给他们一条发财的路子作为补偿，也不甚怨恨了。
另外，失去田地的地主，他们从商从工，张文秀都给予最大的优惠便利。
本来张文秀还准备把盐的行销大权让给这些地主，但最终还是舍不得。因为张文秀觉得还是后世二十世纪中国的食盐专卖专销制度比较好，由政府生产控、运送、行销一手包办，盐的利润完全由官府掌握。这样做还有一个好处，那就是能利用食盐加强对老百姓的控制。自己准备在每个县和乡镇都由设立最起码一家食盐专卖店，每个乡镇的老百姓只能到专卖店去买盐，并且每家买盐的数量根据人口而定，多买必须申请。这样，如果哪家突然收留了很多逆党奸细或者见不得光的人，食盐的消耗肯定会增加，多买盐就会引起官府的警觉，到时就可以一网打尽。这样做，其实就是限量供应，虽然对经济没有多大好处，却能维持稳定，加强对民间的控制。而在明末，最需要的就是秩序，不是财富。
要进行土地改革，需要各级官府的成立。于是张文秀大集手下的文武，正式宣布张献忠的诏命。然后，正式任命肖宏满为建昌府首任知府。肖宏满从永州一个小吏突然升任如此高位，成了封疆大吏，真是感激涕零，发誓为帅主效死命，同时庆幸去年九月没有向张献忠献殷勤，而是直接投靠张文秀，看来自己那一把完全赌对了。
建昌府治建昌城，把原来的五卫越西、宁番、建昌、盐井、会川全部改为县，从自己飞虎军中的文人中选拔担任五县知县，每个县都要修建坚固的城池（建昌县不用修建，因为建昌府依郭建昌县），建县衙、兵营，还要多建民房（主要是解决无房老百姓的住房问题，更是给以后招徕流民住的）。当然，各级政府现在最急迫的任务是土改。
这样，建昌府下辖五县一州（黎州、越西县、宁番县、建昌县、盐井县、会川县），州县下面设乡镇，农村设乡，集市和原来的守御千户所设为镇。乡镇下面设村，基本上以三十户至两百户为一村，以五到十村为一乡或镇。村官由村民推选，向乡长或镇长负责。乡和镇成立衙门，最高负责人为乡长镇长，正九品，乡镇衙门还设乡（镇）丞、乡（镇）尉两个官员职位，辅佐乡（镇）长，为从九品，分别负责政务和军务。乡（镇）丞由乡（镇）的乡老推选并由县政府批准，这样乡里父老也能参与政府管理，还能做官，想必会增加对飞虎军的归属感。而乡（镇）长和乡（镇）尉由上级政府任命。乡镇有驻军，数量少但可以确保维持秩序，镇压小股叛乱。乡镇驻军由飞虎军派来的士兵为骨干，以本地招募的民兵为主体，民兵也发饷。
历朝历代，朝廷只能控制到县一级的政府，对广大的乡镇农村对根本控制不了，张文秀有了前世的见识，当然会吸取经验，控制广大的农村，牢固控制政权。