到了八月二十一日，张献忠过生日，汪兆龄极尽奢华，把老张哄得十分受用。八月二十二日，所有不投降的官员都要处决，张文秀求老张先把沈云祚留下来，现在沈云祚虽然不投降，但自己一定能软化他，不如先留给自己，等调教好了以后再还给老张。老张虽然不太愿意，但现在还得考张文秀给自己修历书，也就答应了。
张献忠要称帝的消息已经传开了，蜀府宗室已经完全不相信张文秀所说的李朱平栎为帝的鬼话，所以纷纷出逃。老张大怒，下令大索朱明宗室，最后发现大慈寺藏了不少宗室。一经审问，发现大慈寺和尚还送了很多宗室出城逃亡，其中就有进士朱平伊（万历以后宗室也可以科举）。现在东窗事发，住持上吊，其余和尚被砍。
突然从绵州传来战报，闯将马科击败了大西军，老四能奇身受重伤。张献忠大怒，命令汪兆龄和张文秀留守成都，自率王尚礼、张能第等大军五万亲征。还吩咐，命令各地学子到成都参加新朝会试。
汪兆龄不知道是不是故意的，老是拿着一些文书来请张文秀定夺，烦得要死，张文秀最后恳求老汪不要来烦自己。可老汪屡教不改，说是张献忠吩咐的，自己不得不从。
在这烦闷的一个月时间里，也有两件事比较开心，一就是吴继善帮张文秀找到了躲起来的耶稣会士利类思和安文思。原来吴继善也是一个天主教徒，这两位耶稣会士在保护人原大学士刘宇亮死后在成都的日子就不好过，多亏吴继善尽力维护，才勉强在成都立足。利类思是意大利人，有丰富的天文知识；安文思是葡萄牙人，是个机械工程师，对造炮还是比较在行的。两人在大西军进攻成都前就逃到了绵州刘宇亮家里，没想到前脚刚到绵州，后脚龚完敬就带着大西军来了。两人连夜爬出绵州，准备乘船出川到南京，但是所有的水路都被大西军封锁。无奈，两人只得跟着数百教徒逃亡到离成都三四百里的雅州天全山。
吴继善在投降大西后，马上就通过教徒了解到二人逃到雅州，连忙派人把他们请回来。张文秀让何大化安排利类思去修历书，安文思直接到自己飞虎军中去跟造炮工匠多交流交流。并让何大化警告安文思以后见到了张献忠不要乱说飞虎军的事情，比如自己军中有很多可以造红夷大炮和野战炮的工匠。
还有一件事，就是自己得到了一个锦衣卫百户黄甲苗。老黄四十多岁，对四川官场民间非常了解，对刑罚、侦察等非常在行。可惜这样的人才在崇祯年间不太受重用，特别是那些士大夫们对锦衣卫很反感，时时打压。所以他对大明没什么感情，大西一来就投降了，可惜的是，由于投降的时候，大西既没有把他归到文官系统，所幸也没有归类到武官（不然就被砍了），而是归类到吏员类别里。也是汪兆龄拿文书给自己看的时候，张文秀无意中看到的，连忙把他找来，发现他十分适合当个情报主管，马上叫他去李森的亲卫队，主持情报工作。
到了九月底，张献忠得意扬扬的回来了，还带了一些投降的绅衿。张文秀首先恭贺老张打跑了马科，收复了川北。然后让孟儒望把新造好的浑天仪和编修完成的《大西历法》献给老张。老张听孟儒望介绍浑天仪的功用，啧啧称奇，然后又翻了翻《大西历书》，连声称好。
好消息说完，也得说坏消息了。在八月底，蜀王之侄镇国将军朱平鼎在黎州（今汉源县）正式起兵反对大西。朱平鼎被立为“蜀王”，从成都逃回来的曹勋被任命为副总兵，统领诸将，乡宦范文光为监军道，刘道贞为兵部职方司主事，程凤翔为监纪官，联合四川行都司指挥使丁运选，大渡河掌印千户沈云龙、黎州土司马京、兴宫庄千户李华宇等势力，在雅州绅矜傅元修、唐默等人的接应下袭击雅州，气焰嚣张。