废立皇帝之后，董卓又对何太后看不顺眼，认为她有碍自己在朝廷上下自由行动和树立威信。于是，董卓又大会群臣，向大臣们熬落太后所谓的罪行，说她如何如何逼迫婆母永乐皇太后(灵帝刘宏的母亲)，以致皇太后忧虑而死。这种违背婆媳常理，不讲孝顺礼节的教法，应当受到严厉惩处。之后，董卓便责令何太后迁居永安宫，不久，董卓又借故杀死少帝刘辩，毒死何太后。通过对中央政权最高阶层人员的更换和处理，整个东汉政府几乎完全受制于董卓：皇帝的废立、朝臣的任免、重大政策的制定，都由董卓说了算。此时，野心极度膨胀的董卓，已经目空一切。
长期统兵打仗的董卓深深体会到：要想征服百官，控制朝廷，必须先得掌握强大的军事后盾。初到洛阳时，董卓部属的兵力不超过三千人，为了一开始就给洛阳造成一种强烈的军事威慑影响，他每隔四五天就命令所部晚上悄悄溜出洛阳，第二天早上，再浩浩荡荡开进洛阳，战鼓震天，旌旗招展，俨然千军万马源源不断。包括朝廷官员在内的所有洛阳人们，都被董卓如此强大的实力所吓倒，不敢有丝毫越轨行为。
虽然假象能暂时迷惑人，但终会被人识破。董卓此举当然只能是权宜之计，稍稍调整后，他便开始采取实际行动，以扩充兵力，收揽兵权。大将军何进被张让伏杀后，他的部曲将领吴匡对何进的弟弟何苗(时任车骑将军)怨恨很深，认为何苗存心不肯与何进合作，而且还怀疑他与张让勾结，共同对付何进。吴匡念何进平日对自己有恩，发誓要杀死何苗，替何进报仇。他发动手下士兵，告诉他们说：“是车骑将军何苗勾结张让杀死了大将军，我们一定要替大将军报仇!”于是，便联合董卓的弟弟董敏，共同攻杀何苗。何苗死后，董卓坐收渔翁之利，不费一兵一卒收编了何进、何苗的部队。
控制中央政权，掌握洛阳卫戊军队的兵权极为重要，董卓便具体部署，派心腹大将吕布杀掉执金吾，接收全部京城防卫部队。从此，董卓不仅控制大量常规部队，而且还掌握着洛阳的直属部队，完全具备了左右朝政的军事基础。
董卓掌权后，国家制度朝令夕改，反复无常，严重阻碍了整个国家政权机器的正常运转。其中，他颁布的法律刑罚尤为混乱无度，不成体统：对普通老百姓往往实施严刑酷法，而对亲信家族，则违法不究，一切都取决于董卓个人的意志。
初到洛阳时，董卓手下虽然也集结了一批心腹亲信，但是，要在庞大的中央官僚体系中纵横捭阖，单靠这些人是远远不够的。况且当时朝中许多有一定势力和影响的官僚，根本就不服董卓。对此，董卓在玩弄权术的过程中，暗中培养爪牙，广为收罗亲信，用拉拢、诱惑、排挤等手段打击和陷害一切于己不利的势力和集团。
董卓除了在中央各部布置亲己势力外，还通过任命太守、刺史等手段安插地方爪牙。这样，董卓通过层层安置耳目，基本上已经控制了中央和地方的主要政治力量，只要是不满他的官员稍有动作，他便毫不留情地予以彻底铲除，杀鸡骇猴，威慑朝野。
卫尉张温曾担任太尉，素来对董卓飞扬跋扈、野蛮残忍的行为极为不满。董卓也视张温为眼中钉，为了除掉这一心头大患，董卓便在朝中散布谣言，诬蔑张温与袁术长期勾结，对抗朝廷。不久，便以“莫须有”的罪名，笞杀张温。在董卓的淫威逼迫和阴谋陷害下，他的竞争对手和朝中许多忠义之臣，不是被逼迫出逃，就是被铲除消灭。