新任兵部尚书张缙彦上疏不同意派遣太监的做法。他说：“一时添内臣十员，不惟物力不继，抑且事权分掣，反使督抚藉口。”朱由检对此仍然听不进去。
二月二十八日，朱由检诏天下诸镇兵入援勤王，又命廷臣对战守事宜献计献策。其实在正月，朱由检就想征调宁远总兵吴三桂入援，但吴三桂西援，实际上无异于拱手将辽东最后一镇让给清兵。由于内阁中反对意见较大，直至二月底，吴三桂始终未见动静。大学士陈演、魏藻德怕担责任，当朱由检把蓟辽总督王永吉、巡抚杨鹗、吏科都给事中吴麟征请调吴三桂入卫疏给陈、魏二人看时，两人愕然，不敢应对。回来时他们说：“上有急，故行其计，事定而以弃地杀我辈，奈何。”后来，两人商议让吴三桂之父吴襄去皇帝面前说：不必放弃关外土地，他儿子领军回来照样可以打败农民军。
崇祯皇帝要大臣们献计，但没有谁能拿出可行的计策。而都御史李邦华、右庶子李明睿又向崇祯皇帝密陈南迁。李邦华请太子先到南京，“一系天下之望”。李明睿则坚请崇祯皇帝南迁。朱由检内心认定南迁也是一个没有办法的办法，但在外表上并未充分显示出来。很显然，南迁则意味着北方的失守，他实际上是希望大臣们合力劝请他体面地离开北京。
崇祯皇帝对阁臣们说：“祖宗辛苦百战，定鼎此土，贼至而去，何以责乡绅士民之城守者，何以谢失事诸臣之得罪者，且朕一人独去，如宗庙社稷何？如十二陵寝何？如京师百万生灵何？逆贼虽极猖，朕以天地祖宗之灵，诸先生夹辅之力，或者不至此。如事不可知，国君死社稷，义之正也。朕志决矣。”此语似乎还存有侥幸心理。清兵几次进围北京，不是都没有攻破吗？他自信都城守备有余，援兵四集，“灭贼”还是有戏的。大学士蒋德进言：“太子监军，乃万世计。”朱由检不以为然地说：“朕经营天下十几年，尚不济，孩子家作得甚事。”
崇祯皇帝一面表示反对南迁，一面让天津巡抚冯元飙收集漕船，待命直沽口，作南迁之用。为了减轻自己的压力，他暗示大学士陈演率百官固请，陈演不干，害怕他日担劝驾南迁的罪名。陈演此人，“庸才寡学”，但善于逢迎。首辅周延儒罢后，崇祯皇帝最宠信的就是他了，所以朱由检曾单独对他说：“此事要先生一担。”陈演仍默然不语。既无所筹划，又不愿充当崇祯帝设计的角色的陈演，见事难有为，便上疏称“赞理无效”，请告病回家。在其罢相前一天，朱由检失望而无奈地对他说：“朕要作，先生偏不要作。”不久，蓟辽总督王永吉上疏力言陈演之罪，请置之典刑。陈演进宫辞行，声言自己罪当死。朱由检拍案大骂道：“汝一死不足蔽辜。”陈演被吓得踉跄而出。
三月一日，大同总兵姜举城投降农民军。代帝亲征的李建泰飞章上奏：“贼势大，不可敌，愿奉太子南下。”朱由检在平台召见百官，出示李建泰奏疏，大学士范景文等极言此计可行。兵科给事中光时亨起而反对，斥南迁为邪说，认为“不杀(李)明睿，不足以安人心!”大臣遂不敢公开议论南迁之事了。也有人乘机说：“皇上自然守社稷。”朱由检为了顾全皇帝的面子，摆出一副从未赞许南迁的模样，说：“国君死社稷，朕将焉往？”“朕志已定，毋复多言。”表示他哪儿也不去，要与京城共存亡。具有讽刺意义的是，正是这位高唱坚守、反对南迁调子的光时亨，在农民军进攻京城之时，率先投降。朱由检问大家有何妙计，群臣默然无语。他由此得出的结论是：“朕非亡国之君，诸臣尽为亡国之臣。”
初六，李自成部攻陷宣府，监守太监杜勋投降。十五日，明总兵唐通、监军太监杜之秩以居庸关献降于农民军。大学士李建泰也在保定跪倒在农民军的脚下。大顺军对京城形成了包围之势。
与此同时，崇祯皇帝部署京城防守，决意进行最后的挣扎。三月二日，命内监及各官分守北京九门，襄城伯李国桢提督城守，勋戚一齐上阵。城内实行宵禁，昼夜巡逻，严缉奸细。十日，因外饷不至，太仓久虚，下令各官捐赀助饷。太监王永祚、王德化、曹化淳各捐5万两，大学士魏藻德捐了500两。崇祯帝也顾不得自己九五之尊，向皇亲、太监讨起钱来。他派太监徐高去向嘉定伯、周皇后之父周奎求捐，诏云：“休戚相关，无如戚臣，务宜倡自10万至5万，协力设处，以备缓急。”周奎说：“老臣安得多金？”徐高一边哭，一边哀求，周奎还是那两个字：“没有。”后来勉强捐了1万两。太监王之心最富，崇祯帝面谕劝捐，王之心捐了1万两。后来，农民军攻陷京城，进行拷饷，王之心出现银15万两，周奎出现银53万两。孰不知，覆巢之下安有完卵？明亡了，多金又有何用？崇祯帝的劝捐引来一片怨声。有的太监题诗墙壁，称“此处不留人，自有留人处”。有的太监甚至给农民军通风报信，另谋明主。奉命戴罪守城的太监曹化淳还阴阳怪气地说：“(魏)忠贤若在，时事必不至此。”朱由检传谕收葬魏忠贤遗骸，曹化淳并不领情，暗地里却串通来日开门投降。
三月十六日，崇祯皇帝召对文武百官，商讨对策。面对行将到来的灭顶之灾，大臣束手无策。朱由检面对此景，为此不禁潸然泪下，诸臣也跟着哭泣，一时哭声震禁内。正在这时，昌平失守的消息传来，君臣大惊失色。回到宫中，驸马都尉巩永固对皇帝说：“能走就快走吧。”一副无可奈何的模样。
十七日，农民军围攻北京城。原来布置的城防兵力，已失去抗衡能力。城内从大臣到百姓，都在设法求生，三大营也溃降。北京内外城堞应有15.4万余个登陴守御的明兵，结果只有羸弱五六万人和小太监数千人。大太监曹化淳、王化成饮酒作乐，心怀鬼胎，襄城伯李国桢漫无主张。明守军向城外放空炮，或挥手让农民军避开再射击。朱由检见势已无可挽回，决定突围出奔。他“仰天长号，绕殿环走，拊脑顿足，叹息通宵，大呼内外之臣误我，误我!”接着崇祯帝命驸马都尉巩永固，以家丁护太子南下。巩永固连忙叩头说：“亲臣不准藏甲，我岂敢拥有家丁!”两人只有相向而泣。这时，投降李自成的太监杜勋带来书信，请崇祯皇帝三思，及早“逊位”，朱由检没有接受。
十八日，大顺军驾飞梯攻西直、平则、德胜诸门。由少年组成的“孩儿军”攻城勇猛，守军或逃，或降。“孩儿军师孩儿兵，孩儿攻战管教赢；只消出个孩儿阵，孩儿夺取北京城。”下午，太监曹化淳开彰仪门，农民军一涌而入。太监王廉急忙禀告崇祯皇帝，朱由检不无纳闷地问：李国桢所练之兵，在哪儿？王廉说：“陛下哪里有兵，唯速走。”太监张殷劝皇帝投降，被一剑杀死。至此，朱由检才命人分送太子、永王、定王到勋戚周奎、田弘遇家。然后，把袁妃和周皇后叫来，连呼左右进酒，一口气饮了几十杯。他不能眼看自己的嫔妃落入敌人之手，于是挥剑向袁妃砍去，袁妃应声倒下。皇后急返坤宁宫，自缢身亡。长平公主在一旁痛哭不已，朱由检悲叹道：“汝奈何生我家？”一剑砍去，公主挥臂遮挡，右臂被砍断，昏倒在地。接着，朱由检又杀了幼女昭仁公主及几个嫔妃。
明朝末代皇帝完全失去了理智，但此时此刻，他更想求生，便再次换上便服，准备出城。他没有忘记，第一次微服私访，是在崇祯元年(1628年)为了考察京城民情及城守情况。那时，他刚即位不久，踌躇满志，而这一次，却是为了活命。只得换上普通百姓的便装，混在宦官中间，出东华门，到朝阳门，假言王太监奉命出城，但守门士兵坚持天亮后验明再放行。太监们试图夺门，却被守门军人放炮轰走。朱由检无奈，只好派人去负责城守的戚国公朱纯臣家。朱纯臣的家人说朱纯臣赴宴未归。不得已，他又赶到安定门，因门闸沉重，怎么也打不开，求生的路被彻底堵住，只好返回皇宫。
十九日天刚破晓，太监王相尧在宣武门投降，大顺军将领刘宗敏的军队浩浩荡荡开入城中。守卫正阳门的兵部尚书张缙彦、朝阳门的朱纯臣也先后开门迎降，北京内城落入农民起义军之手。朱由检得知后，亲自在前殿鸣钟召集百官，可是，钟声再响，也没召来一人。于是，他与宦官王承恩登上煤山寿皇亭。这里曾是他检阅内操的地方，而今却成了他要去面见列祖列宗之所。此时此刻，他只想早点死，早点离开这绝望的尘寰。他脱下黄袍，在衣襟上愤然写道：“朕凉德藐躬，上干天咎，然皆诸臣误朕。朕死，无面目见祖宗，自去冠冕，以发覆面。任贼分裂，无伤百姓一人。”随后他赤足轻衣，乱发盖脸，与王承恩相对，上吊自杀。朱由检做梦也不会想到他会葬身于农民战争的汪洋大海之中，真有点死不瞑目。
北京城并没有因为崇祯皇帝之死而带来多少悲哀的气氛。百姓们张灯结彩，摆香设案，张贴“大顺永昌皇帝万岁!万万岁!”、“永昌元年，顺天王万万岁!”等标语，热烈欢迎农民军的到来。李自成头戴毡笠，身穿青布衣，骑着杂色黑马，在数百名骑兵的护卫下，威风凛凛，开进京城，经承天门进驻皇宫。李自成给明朝的历史画了一个句号，抑或是一个大大的惊叹号!
农民军在宫中搜查几遍都没有找到皇帝，于是，李自成悬银万两，令献出崇祯皇帝。两天后，人们终于发现了这个僵死的国君。次日，大顺军将其与周皇后的尸棺移出宫禁，停在东华门示众。四月初，大顺政权派人将他与周皇后草草葬入昌平县田贵妃的墓穴之中，这就是明十三陵中的思陵。