率领手下残兵败将逃回法萨卢，恺撒率军追踪而至。庞培又逃到了列斯堡岛的米提列涅同妻子科尔涅利娅会合后，乘船前往埃及。埃及国王托勒密十三世的父亲正是在庞培的支持下登上王位，庞培认为，他一定会受到欢迎，但庞培一上岸后，即被埃及人杀死，并将其头颅割下。
公元前51年，埃及国王托勒密十二世病故，他临死前留下遗嘱，让托勒密十三世(时年10岁)和他的姐姐克列奥帕特拉七世(时年19岁)一起共同治理国家。当时埃及的情况是太监波廷和军队总司令阿希拉专权，他们拥立托勒密十三世，将克列奥帕特拉七世排挤出埃及。克列奥帕特拉七世不甘心于失败，她先到雅典后又到叙利亚招兵买马，准备攻回埃及。正是在这种情况下恺撒追击庞培到了埃及。
恺撒到达埃及后，托勒密十三世向恺撒献上了庞培的头颅。恺撒看起来并不是十分高兴，他颇为感慨地说：“假如在法萨卢胜利的不是我，而是庞培，那么，现在你们献上的不是庞培的首级而是我的。”恺撒根据托勒密十二世的遗嘱来调解托勒密十三世姐弟的关系，希望两人能共同治理埃及。因为克列奥帕特拉七世听说恺撒来到亚历山大城，也从叙利亚回到埃及，用她的美色迷倒了恺撒，使恺撒在她们姐弟的争斗中站在了她的一方。
恺撒的这一举动招致在埃及握有实权的波廷等人的不满，他们从外地调来2万大军，将恺撒及其率领的两个军团的罗马军队包围在埃及王宫附近。
恺撒劫持托勒密十三世作为人质，将部队撤到法洛土岛上。战斗中，波廷被俘并被杀死。但罗马军队在攻打法洛土岛附近的一座大桥时损失惨重，恺撒也不得不泅水逃命。后来，由于罗马援兵的及时赶到，恺撒才转败为胜。托勒密十三世在逃跑时船沉死去，克列奥帕特拉七世成为埃及的唯一国王。
公元前47年3月27在经过4个多月的战斗后，恺撒获得了胜利，第一次以征服者的身份进驻埃及首都亚历山大。
进占亚历山大后，恺撒同比他年轻30岁的克列奥帕特拉七世的情人关系公开化，他们在一起风流快活，恺撒完全忘记了朝政。但不久，传来小亚细亚上的本都国国王米特拉达特斯六世之子发动起义的消息，于是，恺撒惜别温柔的情人克列奥帕特拉，率军出征小亚细亚。战斗只进行了5天，起义就被平息，恺撒征服了整个小亚细亚。对于此场战争，恺撒在给罗马###院的战报上只用一句话来概括：“我来了，我看到了，我征服了。”这一句话成了后世表达不可一世态度的千古名句。这是公元前47年夏季的事情。
正当恺撒征战小亚细亚之时，从罗马传来驻守坎佩尼亚的恺撒王牌军团发生兵变的消息。于是，恺撒在结束在小亚细亚的战争后，便率军回到了罗马。随着恺撒的到来，兵变很快就被平息，恺撒又在准备北非之战。
在北非的庞培派首领是庞培的岳父西庇阿，在法萨卢战役失败后，西庇阿经由希腊重镇科塞拉到了北非，与在那里的庞培派军队会合，共同反对恺撒。公元前46年冬，恺撒率军队在北非登陆，与西庇阿率领的80000大军在北非的塔普索斯发生战斗。结果，恺撒军大获全胜，西庇阿兵败自杀。接着，恺撒又率军进攻庞培派在北非的最后一个堡垒乌提卡，乌提卡守将小伽图见不能抵挡，便自杀身亡。至此，北非全部落入恺撒之手。战后，恺撒回到了罗马，在那里他受到了热烈的欢迎。
公元前46年12月，从北非凯旋后不久，恺撒不得不踏上他的最后一次征程出征西班牙，庞培的两个儿子格涅乌斯·庞培和塞克斯图斯·庞培，以及庞培部将拉频努斯在法萨卢和北非战败后，率领残兵败将来到这里，策动恺撒派驻在这里的两个军团发动叛乱，西班牙总督被赶走。