前53年，“前三头同盟”之一的克拉苏在与帕提亚人的战争中被杀死，三头变成了两头。恺撒征服高卢，在罗马人心目中树立起巨大的威望后，庞培与###院的关系得到了极大的缓解。为了拉拢庞培，公元前52年，庞培被###院任命为罗马历史上第一位唯一的执政官。公元前49年，恺撒在罗马的代言人保民官安东尼预感到庞培及###院可能要对恺撒采取行动，与恺撒的另外两名亲信库里奥和卡西乌斯装做奴隶雇了一辆马车，逃到在高卢的恺撒那里。
针对安东尼出逃，###院在公元前49年1月8日和9日召开会议，批准了在全意大利征兵，授予庞培从国库和各自治市提款武装军队的权力。
恺撒听了安东尼等人关于罗马的形势报告后，于同年1月13日派遣一队精锐部队悄悄地占领了高卢进入意大利的第一个大城市阿里米努姆。恺撒也随后追赶上这支部这样，恺撒在阿里米努姆聚集起5000名步兵和300名骑兵的部队。
恺撒出兵攻占阿里米努姆的消息于1月16日传到罗马，###院召开紧急会议，商讨对策。会上，庞培提议###院和他必须离开罗马，他的意见得到了大家的认可。1月17日，庞培离开了罗马城，执政官和许多###也于第二日随其后离开了罗马城。他们一路奔逃，到达意大利东南的港口城市布隆迪西乌姆，从这乘船过海到了希腊。
恺撒率领的兵力虽然不多，但在沿途受到许多支持者的支援，将庞培派赶走。3月9日，恺撒率军队占领布隆迪西乌姆，至此，恺撒轻易地就占领了整个意大利。
由于船只都被庞培带走，恺撒没有船横渡亚得里亚海追击庞培，恺撒便又回到罗马。回到罗马后，恺撒并未像人们想象的那样对政敌大开杀戒，而是对政敌采取了宽大怀柔政策。他会见了西塞罗，希望他能够参加于4月1日举行的###院会议，但遭到拒绝。恺撒并未因此而对他进行任何惩罚。伊密利阿斯·雷必达被恺撒任命为行政长官，负责管理罗马城的事务。马可·安东尼被授予管理整个意大利军政事务的权力。恺撒作出一系列安排后，于公元前49年率6个军团兵力前往西班牙，攻打庞培在那里的驻军。
西班牙是庞培军队的大本营，庞培在此经营多年，共有7个军团的兵力，分别由庞培的部将阿弗拉尼乌斯、佩特雷尤斯和瓦罗率领。
恺撒首先攻击的地点是伊莱尔达，在这里阿弗拉尼乌斯和佩特雷尤斯率庞培军5个军团等候恺撒的到来。战争开始时，一场暴风雨使得洪水泛滥，桥梁被冲毁，恺撒军没了退路，并且粮草供应也中断了，恺撒处于明显的被动状态。但恺撒并未放弃，在一次战役中将阿弗拉尼乌斯所部包围。经过谈判，阿弗拉尼乌斯所部军队被遣散，而本人到巴尔干与庞培会合。而佩特雷尤斯所部在恺撒强大宣传攻势下，纷纷倒戈投奔恺撒，这一路军队不自溃。恺撒的下一个攻击目标就转向了瓦罗。