经过详细的调查和计算，除了李起风早期编制的六镇外，全国共有旗兵、绿营、勇营、防军、练军、团练等各种各样的军队八十多万人，这个结果把李越吓了一大跳。不是经过这次中俄之战后，还保留有这么庞大的数字。后世即使像美国那么强的国力，他的常规陆军好像也不过一百多万人。更何况在生产力远远落后的今天。这么沉重的包袱，难怪中国的百姓会那么苦。
清朝的军制大致可分为兵、勇、丁三个层次。兵即是朝廷的常备军，数额、编制、薪金都有定制的“经制兵”；勇即是官府出饷临时招募“官勇”，有事时编练为“勇营”，无事时则遣散；丁即是散处与各地的团丁，是朝廷允许的地方团练武装，也就是官绅组织的“民兵”。
其中旗兵、绿营、练军属于朝廷常备军，旗兵总兵力共约13万人，又分为“禁旗”和“驻防八旗”两种。凡入“禁旗”者皆是满族子弟，主要负责拱卫京师；“驻防八旗”则是汉军八旗、蒙古八旗、满州八旗都有，分驻各省及重要城镇。
绿营则是当初满清入关时收编的汉兵发展而来的，后来招募的也都是普通汉族子弟。因为所用的旗子颜色是绿的，所以称为绿营。绿营编制以营为单位，设管带一人，每营500人。绿营原本是清朝主要的国防力量，但在太平天国战争后被全面淘汰，现在只剩下不到10万人。
至于练军，它是由绿营发展而来，又与绿营不同，所以清廷只能让各地官府招募“勇营”以对抗太平军，却没想到却发挥了出人意料的奇效，湘、楚、淮三军就是“勇营”的典范。在太平天国战争结束以后，清廷对一些绿营开始进行改造，以湘军将领和湘军营制对绿营加以编练。具体做法是从直隶绿营中抽调精壮加以训练，操演完毕仍回原地驻防。因为这些军队既不是原来意义上的勇营，也不是原来意义上的绿营，故定其名为“练军”。他们战斗力比绿营稍强，但在编练过程屡次受清廷的干预，成效甚微，腐败习气如故。他们约有15万人左右，集中在东北和京畿附近。
李越觉得讽刺的是，这近四十万常备“兵”竟然不是主要的作战力量。历次战事，包括这次中俄之战，主要战力反而是低人一等的“勇”字头的兵最为勇果。
湘军、淮军、楚军这些在镇压太平天国起义中立下赫赫战功的部队都是“勇营”，他们表现优异，取得了与绿营相同的的地位，成为清廷对内镇压对外御悔的唯一武力。
不过这一部分武力有个特点，就是掌握在汉族官员手中，这使得清廷极为不放心，到太平天国战事结束后，其大部分被裁撤，像当年足足有四十万精锐的湘军现在已不足十万人。
当然也并非所有的“勇营”都像湘军那样，淮军和楚军由于李鸿章、左宗棠的关系保存了下来，淮军现在有二万万大军由于李越为了削弱李鸿章的势力而作的，楚军也有六万人马。他们分别驻防各地，取代趋于瓦解又恢复无用的绿营。而他们的地位和拿的军饷这时候其实已经和绿营一样，因此楚军和淮军这样升级的“勇营”不再称为“勇营”，而改称“防军”。
在“勇”以下就是大清军队最低层的“丁”，他们大约有20万人左右。在中法之战中出过力的桂军、滇军就属于“团丁”的阶层，不过在后世的记录中，这些代表大清军队最低层的团练武装似乎比那些高高在上的八旗子弟兵要强悍得多。
新编的大清陆军共四十五个师，其中旗兵变为十二个师，除了驻守京畿的四个禁卫师，其余分别是正红、正黄、正白、正蓝、镶红、镶黄、镶蓝、镶白各一师；
再然后是，湘军六个师，淮军五个师，楚军六个师，桂军四个师、蒙古骑兵师六个师。
这四十个师，加上原来的李起风的六镇军，就构成了新编的大清陆军。绿营、练军和大部分的团练转为地方保安部队或开到边疆去进行军屯。新编的大清陆军的只留下了76万人，李越倒想像后世那样一个国家动辄几百万的军队，但这无疑是痴人说梦。历史上到一次世界大战爆发前，意大利的常备军都还只有25万，以中国的工业水平甚至连这76万新军三分之一的弹药消耗都制造不出来。在这样的条件下，这么多军队已经是中国能承受的现代军队的极限。
后世对这次军事改革的评价是“其效不彰，其例可援”。在这次改革中，有大量不尽如人意的地方，尤其是已经基本丧失战斗力的八旗兵大部分被保留了下来，而且像义务兵役制等问题也没有解决，但他毕竟开了中国近代军事变革的先河，其中的一些章程，如：士兵年龄必须在十七岁到二十八岁之间，身高必须在五尺（大约1.65米）以上，有抽烟、赌博、等恶劣作风问题的官兵一律淘汰以及将士兵的资料严格的登记造册等等，对提高军队的战斗力还是起了积极的作用，在这次改革中，李越他甚至仿效西方制定了一部《大清步兵操典》。
李越立下规矩，改编后的番号是活动的，军饷也是按等级发，番号一到十的师排在第一等，现在只有6支部队，乃是由李起风新建六镇改编而来的六个主力师，他们代表第一流的王牌主力师。全师人数达到1。8万人。只要番号排在后面的师战斗力能超过，就可以取代他们的番号，即便只是赶上的战斗力，也可以得到前十的番号。
在李越看来，军人就应该有不服输的劲头，为此他特地空出了四个番号。
但李越这么做，不但激励番号排在后面的部队，同样也刺激了排在前面的六镇新军。即使在几十年甚至于百年后的，帝国陆军拥有了几百个主力野战师，但前十的番号依然只有六个师。李越恐怕没有想到他今日之举，为这个国家培养了六支多么恐怖的部队。
除了一到十的番号，第十一往后的番号也是不固定的，他们虽然定位上不如前面的部队，但也代表甲等的主力野战师。如此别别扭扭，好像新媳妇嫁人一样把军制改了也实在是无奈之举。李越自然知道礼亲王世铎、奕匡他们死抱着那些不能打仗的军队有什么用。在他们手里，军队就像个生钱的机器，吃空额、走私鸦片、倒卖枪炮、贩卖人口几乎无恶不作。不过现在要解散旗兵，李越还真拿不出这笔遣散费。现在四十五个师中，只有李起风带去新疆是六镇的现在六个师装备了新式枪炮。其余的各师也有少量装备新式的步枪，只有旧式的俄国炮。
所以李越忍了下来，他的做法是不与落后势力作正面冲突，而是去培养先进势力，让先进势力逐步壮大，让先进的势力去击倒落后的势力。这种做法几乎贯彻于方怀的一生中，包含了他在军事、政治、文化等各个领域的改革。他等的是一个彻底铲除这些毒溜的机会。
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