而这一系列的“铁腕改革”在后来被杜鲁门归功于对日本实施核打击的战争决策。实际上在杜鲁门入主白宫之前，他并没有与罗斯福总统有过太过深入的协作，以至于耗资巨大的“曼哈顿计划”计划，杜鲁门和美国大众一样一无所知。因此当杜鲁门从“曼哈顿工程”的负责人―格罗夫斯将军口中得知整个计划已经接近完成之时，这位只在第一世界大战中指挥过一个国民警卫队炮兵连的总统将是何等的手足无措。
最初，美国政府仅为“曼哈顿工程”确定了两个原则：一、是造出的原子弹供给军队使用；二、是要在德国人之前造出原子弹。可以说对于这种具有毁灭性威力的武器无论是杜鲁门的前任经验还是世界其他国家的情报都不可能给出任何的帮助。为此在1945年4月25日，杜鲁门上任两周之后，美国陆军部长史汀生便不得不建议这位新科总统任命一个特别委员会，以研究这种武器爆炸后在政治、军事和科学方面将会产生什么影响。
1945年6月1日，特别委员会向杜鲁门总统建议，一旦具备条件，就立即使用原子弹对付敌人。在奥本海默的领导下，科学家们通力合作，终于在1945年7月初制成了三颗原子弹，它们的代号分别是“大男孩”、“小男孩”和“胖子”。但是此刻对日本实施的海上封锁和大规模常规轰炸已经使日本的战争潜力枯竭。杜鲁门甚至已经从破译出的日本电报得知，从1945年6月开始，东京政府内就有人准备投降，只要美国保留天皇的位子，本土决战并非不可避免。在不断了解了核武器的工作原理和威力之后，杜鲁门曾一度对于是否应该使用这种武器而产生了犹豫了起来。不过此时一切都已经进入了无法逆转的倒记时，美国战略空军开始了对b－29型战略轰炸机的改装，同时又集中509大队千余官兵从事投掷原子弹的各项准备工作。
但是在距离柏林10公里的德国历史名胜―波兹坦的采茨利霍夫宫举行的波兹坦会议却坚定了杜鲁门的信心和勇气。面对傲慢而霸气的苏联领导人斯大林以及那席卷了整个东欧的共产铁骑，西方世界第一感到了深深的战栗。曾经不可一世的英国首相丘吉尔此刻已经沦为了会议的附庸。面对苏联和战后欧洲格局上的颐指气使，杜鲁门开始意识到美国和苏联不再存在共同敌人和利益，因此他在政策方针上明显有抗衡苏联的倾向。这位外交政策上经验不足、但策略上老练的总统预感到，同斯大林和苏联的冲突不可避免。他希望，通过展示美国的优势来避免不久之后同苏联的冲突升级。因此，在1945年7月，对日本使用原子弹已经如箭在弦，也许只有日本政府中有人能冲破军部的阻开启无条件投降才能打破这一自动机制。
7月24日，波茨坦会议中杜鲁门决定进行最后的尝试，他以非正式方式向斯大林随口提到：“美国已拥有一种具有空前毁灭性能的新式武器。”即便是在同盟状态之中美、苏两国的情报机构仍彼此刺探着对方的底线，苏联的最高当局没有理由不知道“曼哈顿工程”和美国的核武器进展。但是斯大林却态度冷漠地回应到：“那就能好好利用它来打击日本吧！”。鉴于斯大林的这种冷淡态度，杜鲁门不得不决定使用原子弹，希望借助核爆的威力能够震慑住战胜德国之后处于极端亢奋之下的苏联。为此杜鲁门在自己1945年7月25日日记中写道：“不是希特勒或者斯大林那伙人率先研制出了这种炸弹，真是世界的福气。”
7月30日，杜鲁门总统发布命令：鉴于日本政府拒绝接受无条件投降，美军可在8月3日以后，在天气许可的条件下，立即在日本的广岛、小仓、新和长崎四城市中选择一个目标，投掷特种炸弹。随后1945年8月6日，代号为“小男孩”的原子弹投到了广岛。伴随着黑色的蘑菇云，杜鲁门再次发表声明，要求日本政府尽快接受《波茨坦公告》，以免再遭原子弹打击。但广岛的悲剧并没有使日本政府立即同意接受“无条件投降”。由于当时日本国内的通信系统几乎处于瘫痪状态，加之主战派一直潜心准备在本土决战，日本当局向人民隐瞒了美国人使用核武器的消息，甚至没有在日本的最高决策会议上讨论广岛遭到原子弹轰炸的问题。8月9日上午，日本最高战争指导会议正激烈讨论是否接受《波茨坦公告》以结束战争，10时58分，代号为“胖子”的原子弹被投到了长崎。
战后很多西方的人文主义者曾一度谴责过杜鲁门当时所作出的决定，甚至他的妻子―伊丽莎白.贝丝.弗吉尼亚.华莱士也因此而离开了他，但是在公开场合，杜鲁门都未曾因此而进行过忏悔。当美国的“原子弹之父”奥本海默受到杜鲁门总统接见时，情不自禁地哭着说：“我们的手沾满了鲜血”。杜鲁门也轻松地回答：“不要紧，可以洗掉的。”在杜鲁门的后半生，他曾多次为自己的决定辩护：投掷这两颗原子弹结束了对日战争，并因此拯救了“成千上万名美国士兵”。但是午夜梦回，这位虔诚的“浸礼会”（注1）教友又是否听到过那十万日本平民在地狱中的哀鸣，或许永远无人可知。不过杜鲁门却一直将这次难得的人生经历看成一次命中注定的洗礼和试炼。他甚至认为每一任美国总统都应该体会一些自己当时的心情―“唯有毁灭过世界，你才会更好的珍惜明天。”杜鲁门在有关自己的“总统秘卷”的结尾如此写到。
但是随着苏联在比预期中快的情况下，成功研发原子弹，并在1949年8月29日进行了首次试爆，从而促成了大战后的军备竞赛。双方不断加强膨胀的核武库很快便令核战争变成一场变相的自杀行动。但是杜鲁门总统的继任者―五星上将―德怀特.戴维.艾森豪威尔却很欣赏杜鲁门的建议。作为军人，艾森豪威尔崇尚“平时多流汗，战时少流血”的演习和训练。而在他的任期之内，大规模报复战略和战争边缘政策更令美国在冷战的轨道之上越驶越远。为了能使美国政府和军队能够适应大规模的常规战争以及最终引发的全球热核战争，艾森豪威尔将杜鲁门的“核战体验”理论演进为了“核战初夜”理论―利用现代化的指挥系统和电子沙盘模拟战争的整个过程。不过艾森豪威尔时代的“核战初夜”模拟大多时候都是以苏联军队在中欧地区的装甲突击开始到美国全面战略轰炸并最终引发核对攻以美国最终在核战中获胜而结束。
而面对自己的继任者―第35任总统约翰.菲茨杰拉德.肯尼迪，艾森豪威尔在离开白宫之前，还特地为这位富有明星气质的后生晚辈安排了一出欢迎节目。当肯尼迪入主白宫的第一周，他便被五角大楼突然接入地下指挥中心，亲自指挥一场针对“苏联进攻”的反击作战。巧合的是在艾森豪威尔所设下的剧本之中便假设了苏联在刚刚爆发社会主义革命的古巴部署中程弹道导弹并在短时间内打击美国东海岸的情节，这一设定竟意外的与2年之后在加勒比海地区震惊世界的“古巴导弹危机”如出一辙。“当我们预见了最坏的结局之时，我们便无所畏惧。”肯尼迪在有关他的“总统秘卷”中如此写道。据说肯尼迪一直认定是艾森豪威尔这位沙场老将为自己上了至关重要的一课，为他最终能顺利的挺过“古巴导弹危机”储备了信心。
因此肯尼迪将“核战初夜”作为美国总统期满后的一种交接仪式予以保留了下来。每一个位总统在卸任之前负责制定详细的核战剧本，然后交由五角大楼进行全程模拟。继任的总统则在毫不知情的情况下进入核掩体，利用电话和无线电指挥着外部世界那场子虚乌有的战争。而此后的历任总统几乎无一例外的参与过那一场场几可乱真的核战争。
“我还真以为这个世界已经毁灭了呢！”约翰.歌斯特微笑着与自己的前任―迈克.李亲切的拥抱在一起。“或许那一天并不遥远。”即将离开美国总统这一岗位的迈克.李却多少有些惆怅。“我想是时候进行最后的交接了，关于‘总统秘卷’和‘狄安娜计划’……”松开怀抱，迈克.李再一次说出了那个关系到美国乃至整个世界未来的神秘名词―“狄安娜计划”。
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注1：浸礼会（baptistchurches）―又称浸信会，基督教新教主要宗派之一。十七世纪上半叶产生于英国以及在荷兰的英国流亡者中。当时属清教徒中的独立派。反对给儿童行洗礼，主张教徒成年后方可受洗，且受洗者须全身浸入水中（象征重生），称为“浸礼”，故名。浸礼会抵制抽烟、酗酒、跳舞等行为，并主张独立自主，反对国教和政府对地方教会的干涉。该教派在美国主要分布于北美地区，著名的洛克菲勒家族即信奉该教派。