他们仔细研究英、美的法律程序，据理力争。又调阅了盟国的大量档案材料，从中搜寻证据。在茫茫的大海中，他们找到了一根又一根可以刺死战犯的钢针！一个日军部发给战区司令长官的“最机密”的命令：“兵士们把他们对中国士兵和平民的残酷行为说出来是不对的。”还有一件是苏联红军在缴获德国外交部机密档案库时，发现了纳粹德国驻南京大使馆发给德国外交部的关于侵占南京的日军暴行的一个秘密电报。在描述了日军在南京屠杀、强奸、放火、抢劫的普遍情况后，电报结尾是：“犯罪的不是这个日本人，或者那个日本人，而是整个日本皇军……它是一部正在开动的野兽的机器。”因为它来自法西斯阵营的内部，各国的法官们对它给予很高的作证评价，法庭需要详尽、具体和大量的人证和物证。这是雪国耻、报深仇的时机！中国检察官的首席秘书、33岁的裘绍恒向法庭提出了实地调查的请示。他说：“我当时不是国民党，也不是共产党，我只想到我是一个中国人，是一个律师，我要维护民族气节和法律的尊严，我要依法办事。”他带了两个美国人来到南京，和地方法院配合，取得大量实证。最后，他还带走了大屠杀的幸存者伍长德和金陵大学的一个美籍教授。
1946年4月29日，千瘦而矮小的松井石根，失去了当年骑着高头大马进入南京时的那种武威。他低着头，在身材高大的盟军宪兵的押送下，与其它甲级战犯一起站在被告席上，接受检察官的起诉。
起诉书包括3类一共55项罪状。与松井石根有关的达38项。回到狱中，他反复读了几遍，在这一天的《狱中日志》上，他写了这样的话：
“南京事件仍同余相关之主要问题，然亦指责其他众多人员为共同责任者，而对作个人不特别予以追究，实为奇事。将来欲作为所谓杀人问题另行审议乎？要知，起诉书所述之内容，纯系推断，至于将以何种证据追究责任，应视今后审判之进行予以判明。须为适时进行辩解而作准备。”
松井石根充满了幻想，也充满了优虑。他是老资格的大将，他在谋划：该如何为南京大屠杀辩解？
南京大屠杀的幸存者、受害者和目击者一个又一个地传唤到证人席上。松井石根惊愕了。金陵大学卫生院外科主任、美国医生罗伯特？威尔逊述说了他目睹的被日军杀伤的中国军民的惨象。约翰？梅奇牧师作为国际红十字会南京委员会的主席，从人道的立场控诉了日军杀人、强奸和抢劫的事实：
“日军占领南京后，就有组织地进行屠杀。南京市内到处是中国人的尸体。日本兵把抓到的中国人用机枪、步枪打死，用刺刀刺死。强奸到处都有发生，许多妇女和孩子遭到杀害。如果妇女拒绝或反抗，就被捅死。我拍了照片和电影，从这些资料上可以看到妇女被砍头和刺得体无完肤的情形。如果妇女的丈夫想救自己的妻子，她的丈夫也会被杀死……”
日军的暴行太多了！梅奇牧师滔滔不绝地讲了一百多件罪行。他回答了萨顿检察官的讯问，又和松井石根的辩护律师布鲁克斯唇枪舌剑地干了起来。
很明显，美国的布鲁克律师站在被告一边，他极力想宣告松井石根无罪，他提出一个又一个问题责难梅奇，然而梅奇说的都是他亲眼目睹的事实。梅奇牧师还述说了一段令堂堂“皇军”脸面扫地的丑事：
“一天夜里，一个日本兵竟3次闯进我的住宅，他的目的是想强奸藏在我家里的一个小女孩子，另外就是想偷一点东西。他进来一次，我就大声斥责他一次，但每次都是偷点东西走。为了满足他的欲望，最后一次，我故意让他在衣服口袋中掏去了仅有的60元纸币。他得到这笔钱后，便满足和感谢了我，然后一溜烟似的从我的后门窜出去了。”
审判席上的法官和旁听席上的群众哄堂大笑起来。他们耻笑这个日本兵丑态。
被告席上的战犯也失声笑了起来。松井石根被弄得啼笑皆非，一副尴尬的神态。
法庭里一片黑暗。一束强烈的光柱投射到白色的银幕上，日军在南京的令人发指罪行一一在人们的眼前出现了：一阵枪声。一片尸体。刀光一闪，滚落一颗带血的头颅！浑身鲜血的中国难民在颤栗。被刀刺死的婴儿……检察方面的证人证词和各种证据材料堆起来有一尺多高，仅听取证人证言和双方对质就持续了20多天。“南京安全区国际委员会”致日本大使馆的暴行报告、书信及《南京地方法院检察处敌人罪行调查报告》在法庭上一一宣读。虽然篇幅冗长，要把英文翻译成日文或者中文翻译成日文是非常麻烦的事情，但法官们很认真地倾听着，每天都有上千人参加旁听。广播电台每晚穿插着音乐，向日本人民搐送关于南京暴行的《这就是真相》的专题节目。
松井不服。为了否定这许多事实，他要从根本上推翻“侵略”这个罪名。他在狱中写了《对检察官季楠之意见书》。
在这份材料中松井石根为自己辩护说：“西方帝国主义侵略东亚的战争同我日本进行的日清、日俄战争是本质上完全不同的两种战争……东洋日本与中国之抗争，一方面应视为两国人民自然发展之冲突，同时亦可视为两国国民思想之角逐。盖中国国民之思想，最近半世纪间明显受欧美民主思想与苏联共产思想之感化，致东洋固有思想（儒教、佛教）发生显著变化，中国国内亦招致各种思想之混乱与纷争，乃至形成同日本民族纷争之原因。”关于南京大屠杀，他用一句话全盘否定：“季楠检察官所云对俘虏、一般人、妇女施以有组织且残忍之屠杀奸淫等，则纯系诬蔑，而超过军事上需要破坏房屋财产等指责亦全为谎言。”
松井石根的辩护词是多么冠冕堂皇。大日本帝国出动飞机、军舰和百万大军侵略中国，竟然是为了“帮助”中国“解决
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