崇祯即位之初惩办魏忠贤阉党的案子是由阁臣钱龙锡办理的。当时御史高捷、史塟也名列阉党，其后以贿赂得免。后来，高捷、史塟得到吏部尚书王永光的推荐，遭到钱龙锡的阻挠。三人怀恨在心，得知袁崇焕与钱龙锡关系密切，就想借袁崇焕打击钱龙锡。在袁崇焕下狱的第五天，高捷和史塟就攻击钱龙锡，说其与袁崇焕相互勾结，杀死毛文龙，引敌入侵，是幕后人物，最后钱龙锡也被判死罪。
其后，另一阉党余孽周延儒任吏部尚书后，阉党势力大增。当时，具有东林色彩的除袁崇焕的座师韩爌外，还有钱龙锡、成基命、孙承宗和李标等。而阉党与东林党的斗争集中在袁崇焕身上。不久，温体仁取代周延儒成为内阁首辅。他与毛文龙是同乡，对袁崇焕极为痛恨。因温体仁行事不端，常常受到大臣攻击，他就向崇祯标榜自己是“孤臣”，不依附任何党派。对党争深恶痛绝的崇祯认为温体仁是中立派，对其言听计从。温体仁先后五次上疏，请求崇祯杀袁崇焕，以排挤韩爌和孙承宗等。他更联合阉党余孽，试图借袁崇焕案发动一个“新逆案”，把东林余党一网打尽，就罗织了袁崇焕的不少罪名，如假领军饷、恃功谋叛、自立为王、勾结后金、和谈通敌等等。
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袁崇焕案六（2）
兵部尚书梁廷栋曾与袁崇焕共事辽东，两人因性格不和，发生了一些矛盾。梁廷栋一直怀恨在心，此时他上疏请立斩袁崇焕，认为袁崇焕一死，“则逆奴之谋既诎，辽人之心亦安”。
而当时的京城百姓承平日久，受到此次惊吓，听信了袁崇焕勾结敌军的谣言，对袁崇焕恨之入骨，请求将卖国贼千刀万剐的呼声前所未有的高涨。这些都令崇祯逐渐坚定了诛杀袁崇焕的决心。当然，袁崇焕的屡次触犯龙威让崇祯帝如坐针毡，这才是崇祯下定决心除去袁崇焕的根本原因。平素最恨党派争斗的崇祯发现了阉党的阴谋和两党之争，一时大怒，下令限五天之内了结袁案。
袁崇焕蒙冤下狱时，不少大臣都为之呼冤。崇祯在平台下令逮捕袁崇焕时，70岁的礼部尚书成基命也在场，当即跪下叩头请皇上慎重，无奈崇祯坚持己见。孙承宗、祖大寿、王来光等等都上疏鸣冤。袁崇焕的一个部将何之璧带全家40余口申请，愿以全家入狱顶替袁崇焕。兵部职方郎中余大成上《剖肝录》极力为袁崇焕辩白。而平民百姓程本直与袁崇焕素昧平生，只因对其钦佩便拜其为师。此时，他写了一篇《漩声记》为袁崇焕辩冤，其中说：“举世皆巧人，而袁公一大痴汉也。唯其痴，故举世最爱者钱，袁公不知爱也；唯其痴，故举世最惜者死，袁公不知惜也。于是乎举世所不敢任之劳怨，袁公直任之而弗辞也；于是乎举世所不得不避之嫌疑，袁公直不避之而独行也。而且举世所不能耐之饥寒，袁公直耐之以为士卒先也；而且举世所不肯破之体貌，袁公力破之以与诸将吏推心而置腹也。……予谓掀翻两直隶，踏遍一十三省，求其浑身担荷，彻里承当如袁公者，正恐不可再得也。”他申请与袁帅同死，并说：“予非为私情死，不过为公义死尔。愿死之后，有好事者瘗其骨于袁公墓侧，题其上曰‘一对痴心人，两条泼胆汉’，则目瞑九泉矣。”崇祯帝成全了他，将他投入狱中，最后杀害。
主持袁崇焕案会审的，正是与袁有嫌隙的梁廷栋。他正好公报私仇，拟将袁崇焕夷三族，即要将犯人家族、母亲家族、配偶家族满门抄斩。兵部郎中余大成一直为袁喊冤，此时去威吓上司说：“袁崇焕并非真的有罪，只不过清兵围城，皇上震怒。我在兵部做郎中，已换了六位尚书，亲眼见到没一个尚书有好下场。你做兵部尚书，怎能保得定今后清兵不再来犯？今日诛灭袁崇焕三族，形成先例，清兵若是再来，您的尚书位子也要当心啊。”梁廷栋果真害怕，不敢独断，于是和温体仁商议设法减轻处刑，改为袁崇焕凌迟，家属充军。
崇祯三年（1630年）八月十六日，崇祯帝在平台召见大臣，宣布对袁崇焕的处置意见：“以袁崇焕托付不效，谋叛欺君，结奸蠹国。斩帅以践虏约，市米以资盗粮，既用东酋，阳导入犯，复散援师，明拟长驱。及戎马在郊，顿兵观望，暗藏夷使，坚请入城，致庙社震惊，生灵涂炭，神人共忿，重辟何辞。其家属本当依律正法，姑赦不论，妻子流二千里，安置福建，财产尽没入官。”
当天，由刑部侍郎涂国鼎任监斩官，将袁崇焕押往西市执行磔刑。他的罪名是“通虏谋叛”、“擅主和议”、“专戮大帅”，京城百姓对袁崇焕这个私通夷狄、引敌入京的最高军事指挥官恨得咬牙切齿，欲啖肉饮血而后快。刑场上人山人海，呼声震天，百姓齐声咒骂袁崇焕“奸贼”、“叛徒”。刽子手刚割下鲜血淋漓的肉就被蜂拥而上的群众抢去，或者以一文钱一块的价格买去，到手后就塞进嘴里大嚼特嚼，咽进肚里。刽子手剖开袁崇焕的胸膛，取出肠胃，发疯的群众互相撕扯，抢得一段就生吞下去。时人张岱在他的著作中描绘袁崇焕被杀的情形：“刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。”计六奇在《明季北略》中则写到：袁崇焕皮骨已尽，“心肺之间，叫声不绝，半日而止。”真是惨不忍睹。
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袁崇焕案六（3）
袁崇焕眼睁睁地看着自己倾注全部心血保卫的百姓在解恨地啖食自己的肉体，热泪横流。肉体的惨痛可以忍受，心中的惨痛却让他难以忍受。相传袁崇焕在临刑前还口占了一首诗：
一生事业总成空，
半世功名在梦中。
死后不愁无勇将，