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当时，关外已经全部被喀喇沁各部族所占领，袁崇焕只得驻守关内。不久，各部族归附，王在晋就命袁崇焕移住中前所，并管理前屯卫的事务，接着又命令他到前屯安置失业的辽人。袁崇焕当晚就带两个随从连夜穿过虎豹出没的丛林，四更时到达前屯卫，兵民无不骇然惊服，送他一个“铁胆”的外号。王在晋对袁崇焕十分倚重，提拔他为宁前兵备佥事。但袁崇焕却看不起王在晋，认为他没有远大的谋略，不完全服从王在晋的命令。到王在晋提出在关外不远的八里铺修筑重城时，袁崇焕认为这种做法不策略，应该在宁远筑城。两人意见相左，争论十分激烈。袁崇焕见难以说服王在晋，就越级向首辅叶向高报告。这在官场里实在是大忌。
袁崇焕案一（3）
叶向高难以决定，委派兵部尚书孙承宗行边考察。孙承宗（1563～1638），字稚绳，号恺阳，北直隶保定高阳人，万历二十三年（1595年）进士，是该科的榜眼，才华横溢又晓畅军事，被破格提拔为兵部尚书兼东阁大学士。孙承宗能入阁是由东林党领袖、御史左光斗推荐的，但他又能在东林党和阉党之间保持相对中立，被视为东林党的温和派。是年六月，孙承宗抵达山海关考察后，认为袁崇焕所见极是，与王在晋辩驳，王在晋始终坚持己见。孙承宗只好暂返北京，面奏天启帝弹劾王在晋“笔舌更自迅利，然沉雄博大之未能”。天启帝免去王在晋的职务，由孙承宗为督师，统领辽东军事。
孙承宗到任后，进行了一系列力度很大的人事变动，重用袁崇焕，着力修筑宁远城。
宁远位于山海关外200里，在锦州和山海关之间，扼辽西走廊咽喉。明前中期，关外的军事重地为广宁，广宁、辽阳失陷后，宁远就处于前线位置，背后即是山海关，战略位置大为凸显。孙承宗、袁崇焕派游击祖大寿兴工营筑，到天启四年完工，整座城池“高三丈二尺，雉高六尺，址广三丈，上二丈四尺”，成为一座固若金汤的关外重镇。远近难民纷纷涌入，人口大增，使宁远城成为远近闻名的乐土。同时，袁崇焕又在周围先后筑城数十座，练兵十余万，造甲百万，屯田五千顷。明朝的东北国防线向北推移了200多里。袁崇焕也因功劳被提拔为兵备副使。孙承宗对他极为赏识，委任甚专。天启四年（1624年），袁父病故。按传统，儿子应丁忧即守丧三年，袁崇焕屡次上奏回家守制，但朝廷以边关正急，命他素服办公。这种应该守丧而被迫放弃的情形，称为“夺情”。
袁崇焕在孙承宗的支持下，大刀阔斧进行改革，从天启二年到天启五年，短短三四年时间，使局势大为改观。随后他又派兵屯驻锦州、松山等要地，把边境又往北推进了200余里。后金见明军稳扎稳打，无机可乘，兼忙于整顿内部，四年间很少侵犯。
而此时东林党和阉党之间的斗争日益炽热。熊廷弼被弃市，杨涟、高攀龙、左光斗等东林人士被扫除殆尽。孙承宗也遭到弹劾，最后迫于压力不得不辞职。魏忠贤趁机派其党羽、兵部尚书高第出任经略。
高第，字登之，滦州（今属山西）人，万历十七年（1589年）进士，不但毫无方略，且胆小如鼠，以谄媚阉党得任兵部尚书，得知被任命为经略，吓得直哭。他认为关外肯定守不住，主张“各率重兵驻关，共图防守之策”，下令放弃关外所有城池，全线撤退到关内。袁崇焕见多年心血要毁于一旦，极力驳斥，说兵法有进有退，一退则锦州、宁远动摇，山海关就毫无保障，直接置于前锋，而且主动退守是示弱于敌，不战自溃。高第不顾这些，强令关外诸城守兵撤退。袁崇焕性格倔犟，抗命道：“宁前道当与宁（远）、前（屯卫）为存亡，如撤宁、前兵，宁前道必不入，独卧孤城，以当虏耳！”高第也拿他无法，只得尽撤其他城镇守兵，只留宁远、前屯卫两城。一时间，米粟辎重被弃者数十万计，难民哭声震天，死者塞道。袁崇焕见此，便请求回家守制，未获批准。没过多久，朝廷提拔他为按察使。
（bsp;这样，广阔的关外仅余两座孤城屹立。但谁也没想到，袁崇焕竟靠这两座孤城顶住了气势汹汹的后金军。
袁崇焕案二（1）
天启六年（1626年）正月，辽北地区天寒地冻，努尔哈赤见高第庸懦无能，便统兵13万，号称20万，西渡辽河，直扑宁远。二十三日，后金军抵达宁远城下。
当时，宁远守军不足两万，双方实力悬殊。消息传来，经略高第惊慌失措，吓得屁滚尿流，封闭关门，龟缩不动，绝不救援。京师大臣也知道宁远凶多吉少，兵部尚书王永光连连嗟叹。袁崇焕却慷慨激昂，写下血书：“区区宁远，中国存亡系之，失此不守，数年后吾族皆左衽矣。”激励将士誓死守城，同时将城外居民撤入城内，坚壁清野，又设重金悬赏奖励勇士，初步稳定了军心民心。
二十四日，努尔哈赤派人劝降，被袁崇焕骂回，遂开始攻城。后金军善于骑射野战，来势凶猛。袁崇焕待敌兵迫近，下令发射刚刚引进的西洋巨炮，又用石头火木向敌军猛砸。后金兵死伤甚重，努尔哈赤也被炮火余力击伤。后金兵连攻三日，袁崇焕率军民死守，战斗异常惨烈。战火中袁崇焕肩臂受伤，鲜血染红了战袍。将士劝他下城，他撕下战袍裹住伤口，继续指挥。此时正值严冬，袁崇焕的胳膊与血染的战袍被冻粘在一起。将士们见主帅誓死抗敌，争死效命，血战三天三夜，杀得金兵尸横遍野。努尔哈赤见力攻不下，最终不得不下令退兵。袁崇焕守卫宁远取得了令人瞠目结舌的胜利。这就是有名的“宁远大捷”。