儿子也要多加关心。英宗见到襄王所上二书，才知冤枉了襄王，乃召见襄王，与之促膝而谈。此后，英宗很后悔杀了于谦等人。
英宗复辟后，立即大肆封赏夺门功臣。徐有贞爵封武功伯，以兵部尚书兼大学士入阁预机务。石亨进爵为忠国公，太监曹吉祥被赐予锦衣卫世职。其他在政变中有功的官员，也分别被封为侯、伯或加官晋俸。投机者在宫廷政变这场政治豪赌中，成了最大的赢家。
这些政治投机分子当政伊始，马上就露出了丑恶的嘴脸。其中石亨、曹吉祥、徐有贞三人，依仗夺门迎复之功，最为骄横跋扈。
英宗因徐有贞有才，对其十分宠信。石亨、曹吉祥十分怨恨，日夜图谋打击徐有贞。此二人使用离间计，使英宗疏远了徐有贞，后又唆使言官弹劾他“图擅威权，排斥勋旧”，致使徐有贞被逮入狱，贬为民，发配边疆。徐有贞被免后，石亨、曹吉祥更加招权纳贿，肆行无忌，不断被人告发。石亨后来也被逮入狱，于天顺四年（1460年）病死于狱中。石亨完蛋后，曹吉祥惶惶不可终日，认为自己与石亨同功，石亨既败，自己绝不能独全；于是，渐蓄异谋，结死党，阴谋废掉英宗，于天顺五年（1461年）七月事败，被凌迟处死。
于谦案五（4）
天顺八年（1464年）正月二十六日，英宗驾崩，太子朱见深继位，改年号成化，大赦天下。于冕、于康等也获释归钱塘老家，上疏为其父申冤平反。不少大臣上奏于谦确系冤死。成化帝遂降旨旌表于谦功勋：“卿以俊伟之器，经济之才，历事我先朝，茂著劳绩。当国家之多难，保社稷以无虞。惟公道而自持，为权奸之所害。在昔先帝已知其枉，而朕心实怜其忠，故复卿子官，遣人谕祭。呜呼！哀其死而表其生，一顺乎天理；厄于前而伸于后，允惬乎人心。用昭百世之名，式慰九泉之意。灵爽如存，尚其鉴之。”遂为于谦昭雪，恢复于谦生前原有官爵，将于谦故宅改为“忠节祠”，成化帝御笔题词。成化二年（1466年），皇上又钦派大臣赴钱塘三台山祭奠于谦，刻碑铭文。
成化帝崩后，孝宗朱祐樘继位，降旨为于谦赠谥诰祠额，谥于谦“肃愍”，额曰“旌功祠”，并为于谦雕塑铜像，每年春秋两次祭祀。嘉靖年间，又将于谦侑享于功臣庙，与开国功臣刘基等并祭。万历年间，以“肃愍”谥号不能彰显于谦忠贞功德，改谥号为“忠肃”，子孙世袭。
于谦冤案到此得以完结。此后的明朝皇帝和清朝皇帝都对于谦墓祠有所修缮，使于谦的功绩更为世人晓知，得到世人的尊重爱戴。
于谦以令人仰止的功德气节，惨遭屠戮，于谦的功绩和精神却永驻人间，万代景仰。当时及其后的不少文人为其作诗赋咏。万历年间，钱塘人孙高亮为于谦事迹感动，作纪实小说《于少保萃忠传》四十回，开了当代人为当代人写小说的先例。
于谦墓在杭州三台山，宋代冤死的著名大将岳飞之墓在杭州栖霞岭，南北遥对。不少人的诗作或联对将于谦与岳飞并列。如杨鹤的对联：
千古痛钱塘，并楚国功臣，白马江边，怒卷千堆雪浪；
两朝冤少保，同岳家父子，夕阳亭里，心伤两地风波。
明末浙江鄞县人张煌言，号苍水，力主抗清复明，曾与郑成功联合，率兵攻清。他对于谦十分敬仰，曾作“日月双悬于氏墓，乾坤半壁岳家祠”联。他被捕后，也期望死后能被埋葬于西湖边：
梦里相逢西子湖，
谁知梦醒却模糊。
高坟武穆连忠肃，
添得新祠一座无？
张煌言就义后，后人就将其葬在杭州南屏山南麓，并建“张苍水祠”，与岳飞、于谦号称“西湖三杰”。