后来，云南境内少数民族发生叛乱，朝廷又命史万岁率军征伐。云南路途遥远，情况复杂，史万岁一路跨溪越涧，克服了水土不服、疾病流行等困难，不远万里，深入敌境，所到之处，无城不摧，先后消灭叛族部落三十多个。叛军抵挡不住，请求投降。朝廷同意了，但要求叛军首领到长安去。
叛军首领心怀二志，不愿意去长安，便用金银财宝贿赂史万岁。史万岁一时贪财，没有让叛军首领入朝，把他放走了。不料事发，史万岁只好将所得金银财物全部沉入江底，销毁了证据。因史万岁平定南方有功，杨坚没有追究，升任他为上柱国。
没有想到，第二年，云南再次发生叛乱。杨坚的儿子杨秀上书，弹劾史万岁受贿纵敌，致使边患又起。杨坚命人调查，情况属实。杨坚大怒，责骂史万岁，说：“我原以为你是个良臣，没想到成了国贼。”
杨坚想杀了史万岁，多亏高颎等人请求，才免于死罪，削官为民。杨坚最痛恨贪污受贿之人，从此对史万岁产生了很坏的印象。
如果史万岁从此为民，也可能会得到善终，可是，后来杨坚想彻底征服突厥，又重新起用了他。史万岁在突厥名声很大，他率军征讨，不用打仗，一报名号，突厥人就闻名而逃。史万岁为征服突厥又立下了赫赫战功，官职爵位得以恢复。
史万岁与杨素关系不好，杨素便设计陷害他。杨坚想废掉太子杨勇，让次子杨广代替，因而很忌讳大臣们与杨勇来往。杨素抓住杨坚的这个心理，每当杨坚问史万岁在干什么，杨素都撒谎说，他在杨勇那里。果然，杨坚听了，对史万岁更加不满意，甚至有些恼怒了。而史万岁遭到小人算计，却浑然不知。
史万岁率军征讨突厥的时候，由于杨素从中作梗，对许多将士封赏不公。将士们不服，有几百人到朝廷喊冤。史万岁素来爱护士兵，也为士兵们鸣不平。史万岁对将士们说：“我去把你们的功劳报告给皇上，事情一定会得到解决的。”
史万岁入朝拜见杨坚，陈述将士们的功劳，认为杨坚一定会秉公处理的。不料，杨素小人早在杨坚面前进了谗言，说喊冤的人是史万岁唆使的。所以，杨坚不仅不听史万岁的陈述，反而对他厉声斥责。
史万岁性情耿直，见皇上不辨是非，不讲道理，也十分生气，他据理力争，慷慨激昂，当场与杨坚争辩起来。
杨坚见史万岁竟敢冒犯皇威，龙颜大怒，喝令武士，棒打史万岁。史万岁并不屈服，更不求饶，继续抗争。杨坚大发雷霆，令武士将史万岁活活打死。可怜战功赫赫的一代名将，没有死在战场上，却惨死于皇威之下。
史万岁死后，杨坚有些后悔，但为了皇帝尊严，还是下诏罗列了史万岁许多罪名。老百姓和将士们听说史万岁死了，不管是认识的还是不认识的，全都痛哭流涕。
后人对史万岁给予高度评价，唐代追封古代名将六十四人，宋代追封七十二人，史万岁都名列其中。
史万岁因为性情耿直，冒犯了皇威，被活活打死在朝堂之上，而另一个功臣名将贺若弼，却是因为爱发议论，管不住嘴巴，也遭遇了不测，死于皇帝权威之下。
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