脱脱还主持修撰了《宋史》、《辽史》、《金史》，为史学发展做出了重要贡献。
“脱脱更化”实行了四年，革除了伯颜时期的一些弊病，朝政为之一新，对挽救元朝危局产生了积极作用，脱脱被人们称赞为“贤相”。不过，由于元朝已经积重难返，脱脱不能改变元朝的衰落走势。
公元1344年，脱脱有病，辞去右丞相职务。不久，马札儿台被人弹劾，获罪流放甘肃，脱脱为照顾父亲，随父同行。父亲病故以后，脱脱回到京师。这时，元惠宗对脱脱信任度降低，只让他负责东宫事务。
在此期间，元惠宗先后任命阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只等人为相，这几个人虽不是奸臣，但能力有限，解决不了日益尖锐的社会矛盾，偏巧又发生了严重灾荒，民不聊生，各地起义此起彼伏，元朝危机进一步加剧。
公元1349年，面对日益严重的社会危机，元惠宗再次任命脱脱为右丞相，希望靠他挽救危局。可是，元朝已经满目疮痍、千疮百孔，脱脱也无力回天了。
由于多年矛盾积累，又遇严重天灾，南方和中原一带正在酝酿大起义。脱脱对这个问题认识不足，认为不会出大事，再加上忙于治理黄河水患，因而没有采取措施，结果爆发了大规模的红巾军起义。
元惠宗十分不满，把脱脱召去，怒斥道：“你说天下无事，如今盗贼蜂起，你有何良策？”脱脱无言以对，汗流浃背。
公元1352年，起义烽火愈烧愈烈，脱脱无奈，只好亲自率军平乱。脱脱打败了徐州的红巾军，但无法平息遍布各地的起义烽火。
元惠宗对脱脱愈加不满，一些蒙古贵族也借机诋毁诬陷。公元1355年，元惠宗下诏，将脱脱革职，流放到云南。
这个时候，元惠宗已经由贤明变为昏庸了，他宠信奸臣哈麻。哈麻诡计多端，他与脱脱不合，担心他日后会再次复出，便处心积虑想置他于死地。
哈麻多次向元惠宗进谗言，要求处死脱脱，元惠宗没有答应。哈麻干脆派人给脱脱送去毒酒，假称皇帝圣旨，让脱脱自尽。脱脱无奈，悲愤地饮毒而死，年仅四十二岁。
一代大有作为的政治家，竟然死于奸臣之手。脱脱一死，元朝再无起色，很快就灭亡了。
奸臣哈麻也没有好下场，罢官以后，被仇家用乱棍打死。
脱脱冤死，许多人为他鸣不平。公元1362年，监察御史张冲等人上书，要求为脱脱平反。元惠宗同意了，下诏恢复脱脱所有的官职爵位，予以平反昭雪。
脱脱凭一已之力，是无法支撑即将倒塌的元朝大厦的。