伯颜的民族歧视政策，加剧了民族矛盾，引发社会动荡，河南、福建、广东、江西、四川等地相继爆发农民起义。伯颜对起义实行残酷镇压，甚至疯狂地提议，要把李、赵、张、王、刘五姓的汉人全部杀光。对伯颜这样丧心病狂的主张，连元文宗皇后都不敢支持他。
伯颜的倒行逆施，也引起许多朝廷大臣的不满和反对，包括一些蒙古族官员。伯颜的侄子脱脱，是一位有远见的政治家，当时在朝中任御史大夫，他多次规劝伯父，但毫无效果。脱脱清醒地知道，伯父的所作所为，是不会有好下场的，于是毅然站到了反对伯颜的行列中。
元惠宗已经逐渐长大，更加成熟，他不动声色，暗地里拉拢了一批朝廷官员，形成了自己的势力。元惠宗见脱脱富有正义感，又有才华，把他也拉了过来。脱脱成了元惠宗的重要谋士和助手。
元惠宗见伯颜越来越不得人心，而且如此胡为乱政，必会危害江山社稷，于是做好了各种准备，就要对他下手了。
而伯颜只知道专权跋扈，并无心计和能力，他丝毫没有意识到危险来临，反而认为自己的权力地位十分牢固，他的命令无人敢不听从。因此，伯颜多次向元文宗皇后建议，废掉元惠宗，由皇后的幼子继位。皇后犹豫不决。
公元1340年2月的一天，伯颜带人外出打猎。元惠宗见是个好机会，与脱脱等人商议之后，立即召集有关人员，按计划分头行动，拘捕了伯颜的亲信和死党，占据了朝廷重要部门。这个时候，元惠宗二十一岁，年轻英武，意气风发，他端坐在玉德殿镇定指挥，发号施令，颇有大将风度。
伯颜平时只会横行霸道，不会笼络人心，因而他的死党并不多，反对他的人倒不少。时间不长，一切都搞定了，元惠宗控制了朝廷。
完成部署以后，元惠宗召集朝廷百官，历数伯颜罪状，下发诏令，罢免伯颜的朝中职务，把他贬为河南行省左丞。同时，元惠宗任命了一批新的官员，由脱脱担任右丞相。天子威严，百官皆叩首遵旨，山呼万岁。从此以后，元惠宗掌握了朝廷大权，成了真正的皇帝。
等到伯颜打猎回来，一切都尘埃落定，死党被拘，众叛亲离，只剩下他孤家寡人了。直到这个时候，伯颜才知道了元惠宗的厉害，才明白了皇权至高无上的道理。可惜为时已晚，他只得灰溜溜地去河南上任。
一个多月之后，元惠宗觉得局势稳定了，又进一步采取措施，颁发诏令，罢免伯颜河南行省左丞的职务，把他流放到广东。伯颜又气又恼，走到半路上就病死了，终年六十一岁。
元惠宗掌握朝廷大权以后，开始清算父亲元明宗被害之事。其实，元惠宗早就知道父亲是被害死的，多年来隐忍不发，直到大权在握，才公开为父亲报仇雪恨。
元惠宗公布了元文宗的罪行，下诏毁掉太庙里的文宗室；褫夺元文宗皇后的尊号，不久将她赐死；把元文宗的幼子流放到高丽，途中将他杀害。
元惠宗完成复仇以后，跑到父亲墓前大哭祭告。元明宗终于可以瞑目了。
从以上情况来看，元惠宗很有心机，也很有能力。那么，他亲自掌握大权以后，干得怎么样呢？