苻坚早就想灭掉前燕，只是忌惮慕容垂，如今没有了劲敌，苻坚在第二年就灭亡了前燕。慕容暐、慕容评等人都做了俘虏，苻坚没有杀他们，而是授予他们官职。苻坚十分仁义，很少杀人，却留下了不少后患。
苻坚统一北方以后，召集众臣，商议向江南进兵。许多大臣反对，慕容垂却极力赞同。这个时候，慕容垂已经有了二心。苻坚没有看出他的用心，反而赞许说：“与我共定天下者，独卿而已”。结果，苻坚兵败淝水，前秦崩溃。
慕容垂等的就是这个机会，在淝水之战中，他率领的三千鲜卑兵全身而退，没有受到损失。慕容垂以此为基础，四处联络旧部，招募士兵，很快聚集了数万人，成为一股不小的力量。
公元384年，慕容垂公开叛秦，打出了恢复燕国的大旗，鲜卑人以及前燕旧部，纷纷前来归顺，慕容垂势力迅速壮大。慕容垂率兵攻打邺城，当时苻坚的儿子苻丕居住在邺城，慕容垂不想硬攻，便用漳河水灌城。苻丕自知不敌，放弃邺城，撤到晋阳。
公元386年，慕容垂登基称帝，恢复燕国，定都中山，史称后燕。慕容垂称帝后，亲自率军南下，攻占青州、兖州、徐州等地。这些地区，原先都是前燕的地盘，后归前秦所有，淝水之战后，被东晋收复。但东晋立足未稳，所以，后燕大军一到，各地纷纷归降。慕容垂没费多大力气，就重新占领了这些地区，把势力推进到淮北。
这个时候，后秦与前秦在关中打得不可开交，慕容垂没有参与他们的争斗，而是专心在北方发展势力。慕容垂花了五年时间，平定了河北、山东等地，征服了北方的贺兰部，击败高句丽，成为北方强国。
公元394年，慕容垂出兵攻打西燕。西燕是慕容垂侄子慕容泓建立的政权，此时的皇帝，叫慕容永。后燕和西燕，本是同族，又都号称燕国，可是，一国不能有两个皇帝，所以，慕容垂非灭了他不可。西燕地盘不大，只有山西、河南各一部分。慕容垂很轻松地灭掉西燕，将慕容永及公卿大臣三十多人斩首。
慕容垂南征北战，开创了辉煌基业，却留下了一内一外两大隐患。在内部，慕容垂的儿子、侄子人数众多，而且个个都是英雄豪杰，各霸一方。这在打天下的时候，是个很大优势，但也极易发生内乱。从后来的情况来看，果然如此。
在外部，鲜卑拓跋部势力崛起，特别是出了一个雄才人物，名叫拓跋珪，建立了北魏政权。起初，后燕与北魏关系不错，曾经帮助拔跋珪收复了代国。后来，由于处置不当，两家反目成仇了。
公元395年，慕容垂已经七十岁了，而且身染重病，本不想用兵，但在儿子们的鼓动下，决定出兵伐魏。慕容垂派出八万大军，由太子慕容宝统领。没想到慕容宝志大才疏，被拓跋珪设计打得大败，全军覆没，只有慕容宝等少数人逃回。投降的后燕士兵有四五万人，拓跋珪将这些降兵全部坑杀活埋。
慕容垂得此噩耗，悲愤交加，怒发冲冠，不顾病体，亲自率军出征。老将出马，果然厉害。慕容垂调集龙城精兵，秘密出发，凿开太行山道，出其不意地逼近北魏的平城，就是现在山西的大同。拓跋珪的弟弟拓跋虔，率三万兵马在此据守。慕容垂下令攻击，燕军士兵报仇心切，个个如下山猛虎，将三万魏兵全部消灭，拓跋虔也被杀死。
燕军报了一箭之仇，来到死难将士的万人坑前，设坛祭祀。全军放声大哭，声彻云霄。白发苍苍的慕容垂，悲愤过度，再也支撑不住了，一口鲜血喷出，昏倒在地。慕容宝赶紧引军回返，走到半路，一代英雄慕容垂，含恨而逝，与世长辞了。
慕容垂死后，太子慕容宝继位。北魏趁机攻打，后燕遭受重创。不久，后燕又发生内乱，一分为二，慕容垂的弟弟慕容德建立了南燕。慕容宝在战乱中被杀，慕容垂的小儿子当了后燕最后一位皇帝。
公元407年，存在二十三年的后燕政权，被北燕所灭。公元410年，存在十二年的南燕，也被东晋刘裕灭掉。慕容垂千辛万苦开创的后燕，很快消失在历史长河之中。
在北方战乱的硝烟之中，涌现出一位杰出的英雄人物，名叫拓跋珪。拓跋珪在困境中崛起，建立了北魏。北魏后来扫灭群雄，统一了北方。