到了公元1660年，南方的抗清形势已经十分严峻，清军攻占了湖南、四川、广西，占领了南方大部分地区，永历皇帝避走缅甸。南方的抗清力量大多数投降或被消灭，南明大势已去。
在这危难时刻，郑成功依然坚贞不屈，他把目光投向了远离大陆的台湾岛，想去占据台湾，作为反清基地，继续从事抗清事业。
台湾若干万年以前，与大陆是连在一起的，后来因为地壳运动，形成了台湾岛。台湾自古以来就是中国领土，明朝在台湾设有官吏。在明末混乱之际，荷兰、西班牙等西方殖民者纷纷入侵台湾。后来，荷兰殖民者驱逐其他势力，独自占据了台湾岛。
公元1661年，郑成功率领二万五千名将士、数百艘战船，从金门出发，横越台湾海峡，打响了收复台湾之战。
郑成功的将士们没有同外国人打过仗，心里没有底。有人说，洋人红发绿眼，是妖怪，手里有洋枪洋炮，很远就能打死人。郑成功曾经随父亲到台湾经商，也熟悉外国人，他笑着安慰大家，说洋人怕死，根本不经打。将士们都安下心来，摩拳擦掌，跃跃欲试。
占据台湾的荷兰殖民者兵力不是太多，不到两千人，但有洋枪洋炮，还有四艘军舰，实力还是挺强的。他们听说郑成功军队来攻，把兵力集中在台湾、赤嵌两座城堡当中，借助城堡坚守。同时，把四艘军舰摆在海边，企图阻止明军登陆。
四艘军舰当中，“赫克托”号最大，是个庞然大物。见郑成功船队到来，“赫克托”号气势汹汹地扑上前去。郑成功指挥六十艘战船，将“赫克托”号团团围住，一齐发炮。“赫克托”号中弹起火，沉入海底。其他三艘军舰见势不妙，吓得掉头逃窜了。
郑成功军队登岸，分别包围了赤嵌城和台湾城，切断了两城之间的联系。郑成功首先攻打赤嵌城，荷兰军队仗着火力强大，负隅顽抗。郑成功军队武器简陋，攻打多日，攻不下来，伤亡很大。
当地居民向郑成功献计说，赤嵌城内没有水井，水是从城外高地上流下来的，只要切断了水源，敌人就不战自溃了。郑成功大喜，依计而行。果然，过了三天，赤嵌城内的敌军坚持不下去了，只好乖乖投降。
台湾城内的荷兰军队比赤嵌城守军多，火力更强。郑成功为了避免士兵伤亡，决定采取长期围团的办法。郑成功军队围城达八个月之久，城内守军弹尽粮绝，再也无法坚持了，只得挂白旗投降。郑成功成功收复了台湾宝岛。
郑成功收复台湾以后，按照明朝制度，在台湾设置官府，委派官吏，进行统治。郑成功带领台湾各族民众，维护秩序，发展经济，实行屯垦，兴办教育，精心治理，继续与清朝对抗。
公元1662年，郑成功在收复台湾不久就病逝了，享年三十九岁。郑成功被誉为民族英雄，受到后世赞颂。
郑成功离世之后，长子郑经继承职爵，依然使用明朝国号，以明朝延平王的身份统治台湾。
郑经在位十九年后病逝，他的儿子郑克塽继位，当时只有十二岁。
公元1683年，清朝康熙皇帝发兵攻打台湾，台湾不敌，献岛投降。台湾在郑氏统治二十多年之后，最终纳入了清朝版图，与大陆相统一。
清军铁骑打败了李自成的起义军，又陆续消灭了多个南明政权，最终夺得天下，形成了大一统的大清王朝。