魏忠贤等几个太监看见了，赶紧来追，抓住朱由校的衣襟，想把他抢回去。王安一边厉声喝斥，一边也扯住朱由校的衣服不放。双方互抢朱由校，朱由校被吓呆了。大臣们听见了动静，赶紧赶了过来。魏忠贤一伙见势不妙，只好退走了。
大臣们见了朱由校，一齐跪倒，山呼万岁，保护着他离开了乾清宫，到文华殿接受群臣礼拜，商议登基大事。礼拜结束之后，群臣不能让朱由校再回乾清宫了，只好由王安陪伴，暂时住进了太子府。后来，魏忠贤得势以后，王安惨遭杀害。
李选侍见朱由校被大臣们抢走了，心里恐慌，急忙派魏忠贤去见朱由校，要他回乾清宫商议大事。大臣们早有防备，根本没让魏忠贤见到朱由校。
李选侍挟持朱由校的目的落空，仍然不甘心，她竟然忘记了自己的身份，对朝廷发号施令，说自己有抚养皇帝的责任，皇帝年少，所有朝廷奏章都要经过她过目，企图垂帘听政。当时，李选侍只是明光宗当太子时候的一名选侍，连妃子都不是，地位低下。大臣们都嗤之以鼻，根本不予理睬。
不过，李选侍如果长期霸占着乾清宫，确实是个问题。于是，以东林党人为主的大臣们发起了逼宫运动。他们一方面纷纷上书，谴责李选侍，骂她有武则天的狼子野心心；一方面组织了大批人员，站在乾清宫门外请愿高呼，造成了强大的声势。
当时，朝廷派系林立，并不是所有的大臣都赞成逼宫，也有一些大臣攻击东林党人，说他们行为过激，违背孝悌之道。于是，朝野议论纷纷，形成了派系斗争。
有些大臣采取软的办法，劝李选侍说，如果适可而止，可以劝皇帝封她为皇妃；如果她执意胡闹下去，可能什么都捞不着。李选侍听了，有些心动，不敢再强硬了。后来，朱由校果然封她为康妃。
李选侍霸占乾清宫长达一个多月，没有达到目的，终于在朱由校登基的前一天，在强大的压力下，灰溜溜地搬出了乾清宫，移居仁寿殿。荒唐滑稽的移宫案，这才落下了惟幕。
移宫案与梃击案、红丸案并称为明末三大疑案，影响深远。不过，移宫案与前两案相比，事实清楚，过程简单，并不复杂，也没有疑惑之处，只不过是反映了明末乱象的一场闹剧罢了。
李选侍恃着明光宗生前宠爱，蛮横霸道，撒泼耍赖，特别是犯下殴死朱由校母亲、挟持皇帝之罪，理应受到惩处。朱由校也曾经有过这个意思，他下诏批评李选侍的罪责，还逮捕了她身边的几个亲信太监。可是，有些大臣不同意。最后，李选侍不仅没有受到惩罚，反而被封为皇妃，后来日子过得还相当不错。
不久，魏忠贤专权，对李选侍照顾有加。魏忠贤倒台以后，李选侍也没有受到牵连。李选侍一直活到明朝灭亡三十年之后才死，高寿八十多岁，是历史上寿命最长的后妃之一。
明末三大疑案，是明朝历史上的重大事件，案件本身并不特别重大，但引发了宫廷斗争和党派之争，造成朝廷混乱，人心涣散，国势就更加衰弱了。因此，明末三大疑案，实际上是反映了明朝末年的乱象，是大明王朝灭亡的前奏。
万历时期是明朝最为混乱的一个阶段，趁着明朝混乱，地处东北的大金国迅速崛起，很快就成了明朝的大敌。