万历皇帝气得手直颤抖，写下一道圣旨，说姜应麟妖言惑众，应该流放到极远之地。万历皇帝为了证明自己公正，说不会违背祖宗之法，没有废长立幼之意。万历皇帝没有想到，他在盛怒之下写的这道圣旨，封住了自己的嘴巴，使他以后没法再提废长立幼之事了。
姜应麟受到处罚，却赢得满朝文武的尊敬。内阁给他找了一个极远之地，建议将他流放到大同府广昌县。大同当时属于边境，气侯寒冷，也不安全，确实不是一个好地方。可是，广昌县位于大同府东南，在现在河北涞源县一带，离北京很近，气侯条件也不错。内阁把皇帝糊弄了。
光有大臣们奏立太子，还好对付，难办的是李太后也时常过问。有一次，万历皇帝被逼急了，忘了母亲也是宫女出身，心里话脱口而出：“他是宫女生的，怎么能当太子呢？”结果招来李太后一顿痛骂，吓得万历皇帝趴在地上，长时间不敢起来。
李太后被儿子戳了软肋，确实很生气。她与王恭妃同病相怜，王恭妃又曾是她的侍女，她既要维护自己的尊严，又为王恭妃鸣不平，因此，李太后对立朱常洛为太子的决心更大了，不断给儿子施加压力。
朝臣有李太后撑腰，胆子大了起来，朝议时几乎没有别的事情，全是议论立太子。立太子确实是大事，关系国之根本。从此，万历一朝开始了长时间的国本之争。
万历皇帝左右为难，十分烦恼。他压根不喜欢长子朱常洛，一心想立郑贵妃的儿子朱常洵为太子。可废长立幼违背祖制，大臣们又咄咄逼人，于是，万历皇帝采取了拖的办法，干脆不上朝，不见大臣，对大臣们上的奏章也一概不理。万历皇帝有点意气用事，你们大臣们不是忠心为国吗，那国家大事就由你们管好了，老子不干了。
《明史》记载说，万历皇帝深居宫中二十余年，不上朝，不见大臣。《明史》还在《姜庚传》中记载说，姜庚曾经有三年多时间，没见过皇帝一面。姜庚可不是一般的臣子，而是内阁首辅大臣，位居百官之首。首辅大臣尚且三年见不到皇帝一面，何况其他臣子呢？
这样时间一长，大臣们也觉得不是个办法，有人主张，干脆顺应皇帝的心意算了，否则国家就要衰败了。结果，引起其他一批大臣的强烈反对，大臣们分成了“清流”、“浊流”两派，国本之争愈加激烈。
郑贵妃自然希望自己的儿子当太子，很想为儿子助一臂之力。郑贵妃很聪明，也很有才，可是，她聪明反被聪明误，做错了一件事情，结果弄巧成拙，使国本之争发生了逆转。
公元1601年，郑贵妃为一本《闺范图说》的图书作序，并拿出自己的钱为图书刊印发行，使得《闺范图说》盛行天下，不料却引起了轩然大波。
《闺范图说》歌颂了历史上皇后嫔妃的美德，第一篇是介绍东汉明德皇后是如何由贵妃升为皇后的。明朝文化和印刷业发达，朱元璋的马皇后、朱棣的徐皇后等人，都为图书作过序，但都是有名望的皇后或太后，妃子干这事的则没有。
郑贵妃作序的图书一发行，立刻舆论大哗。此时国本之争已经十五年，长子朱常洛二十岁了，太子之事仍然悬而未决。大臣们纷纷上书，抨击郑贵妃何德何能，敢与马皇后、徐皇后一争高低，谴责她居心不良，企图谋取皇后之位，废长立幼。民间也出现大量“妖书”，矛头直指郑贵妃及其家族。
郑贵妃及其家族成了众矢之的，蒙受了巨大压力。郑贵妃的伯父、哥哥承受不了压力，向皇帝上书，请求立朱常洛为太子。李太后和大臣们一齐发力，万历皇帝终于拖不下去了，只好册立朱常洛为皇太子。长时间的国本之争，终于在表面上落下了帷幕。
国本之争虽然结束了，但万历皇帝已经习惯了不上朝的生活，再加上他确实有病，所以此后依然不上朝，大臣们照样很难见到皇帝。
万历皇帝身体一直不好，头晕目眩，身体发软，他从二十二岁起，就开始建造自己的陵墓。有的史书说，万历皇帝患了肥胖症，肚子奇大，需要有人抬着肚子，才能勉强走路，这应该也是他长期不上朝的重要原因。
万历皇帝二十多年不上朝，更不外出巡视，而是深居皇宫，吃喝玩乐，尽情享受。有个叫雒于仁的大臣，上了《酒色财气四箴疏》，说万历皇帝得了嗜酒、恋色、贪财、尚气四种病，把万历皇帝骂得体无完肤。万历皇帝没有魄力，也不暴虐，尽管气得发昏，也只是将雒守仁免职了事。
后世有人对万历皇帝长期不上朝存有质疑，认为史书记载可能有些夸大。有人认为，不上朝不等于不理政，万历皇帝通过其他方式控制着局势。
不过，万历皇帝怠政懒惰，是人们公认的，长期不上朝的弊端也是显而易见的。在万历皇帝长期怠政下，大明王朝逐渐衰落下去了。
万历一朝故事很多，特别是明末三大疑案流传广泛。