不料，朱标不久病逝，年仅三十八岁。朱元璋立了朱标的儿子朱允炆为皇太孙，打算让他接班。朱允炆当时只有十六岁，他继位以后，身边再有一位强势而蛮横的将军，朱元璋就不放心了。
朱元璋的四子朱棣，野心勃勃，招贤纳士，他原本想拉拢蓝玉，可蓝玉不领情，反而告诫朱标提防朱棣。于是，朱棣大为恼怒，经常向朱元璋说蓝玉的坏话。
公元1393年，锦衣卫指挥使蒋瓛告发蓝玉，说他谋反。朱元璋下令，逮捕蓝玉，进行审讯。审讯结果是，蓝玉伙同几个侯爷和一些大臣，打算趁朱元璋藉田时发动叛乱。
有了口供和审讯结果，朱元璋又一次大开杀戒，蓝玉被杀，而且诛灭全族。有的史书说，朱元璋对蓝玉施以酷刑，把他的人皮剥下来，送给了他在蜀地的女儿。《明史》对这件暴虐之事并没有记载，可信度不高。
朱元璋继续大搞株连，蓝玉案涉及一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人。朱元璋将他们的罪状写成《逆臣录》，布告天下。
杀戮进行了半年，朱元璋觉得杀得差不多了，下诏说：“蓝贼为乱，阴谋败露，被族诛者达一万五千人。自今日起，胡党、蓝党之徒一概赦免，不再追究。”
朱元璋嘴上说不再追究，但杀戮并没有停止。第二年，开国功臣、颖国公傅友德被赐死，原因是他与蓝玉关系好，蓝玉曾经是他的部下。
有史书说，傅友德死得很壮烈。傅友德父子受到朱元璋猜忌，傅友德知道祸事无可避免，亲手砍下两个儿子的头颅，提着头颅去见朱元璋。
朱元璋大惊，说：“你怎么能这么忍心呢？”
傅友德愤恨地说：“你不就是想要我们父子的人头吗？现在我的头颅也给你。”傅友德说着，挥剑自刎。
《明史》没有这样的记载，只是说傅友德是被赐死的。
继傅友德被赐死以后，开国功臣、宋国公冯胜也被赐死。冯胜虽然有些不法之事，但罪不至死。
朱元璋的开国功臣们，大多数文化不高，性情鲁莽，在得到天下之后，许多人有违法行为，给予惩戒是必要的，但处罚过重，杀戮过多，显然是不合适的，朱元璋因此落下了一个滥杀功臣的恶名。
从《明史》记载来看，蓝玉与胡惟庸有所不同，蓝玉虽然骄横不法，但并没有谋反的证据。朱元璋只不过是借题发挥，目的是为了铲除异已，维护朱家的统治，确保年轻的皇太孙皇位能够牢固。
朱元璋杀功臣，在历史上是很出名的。那么，朱元璋为什么要对功臣们痛下杀手呢？