徐达素闻普颜不花贤名，破城以后，把他请到军中，劝他投降。普颜不花说：“我是元朝状元，官至极品，岂能事二主？”普颜不花始终不肯投降，从容赴死。
普颜不花的妻子遣散仆人，怀抱幼子，投井自尽。元朝虽然已经腐朽没落，但还是有忠臣的。
普颜不花一死，山东元军群龙无首，顿时陷入了惊恐和混乱。徐达乘胜向西进军，连续攻克寿光、临淄、济南等地。与此同时，山东西部地区也被明军占领。
徐达大军在山东大地上纵横驰骋，只用四个多月时间，就占领了山东全境，歼灭元军三万多人。
这个时候，朱元璋建国称帝的消息传来，万众欢腾，军心大振，徐达乘势向河南进军。徐达兵分两路，一路自济宁溯黄河而上，攻击开封和洛阳；一路从永城出发，攻打河南中部许昌一带。朱元璋为了尽快占领河南，又命大将邓愈率湖北兵马，北上攻打河南南部地区。
明军三路大军攻击河南，势不可挡。此时的元军，已经腐败衰弱，早已经不是当年纵横天下、所向无敌的蒙古铁骑了，被明军打得丢盔卸甲，一败涂地。不到两个月，明军就占领了河南地区，而且往西占据了潼关天险，使自己立于不败之地。
朱元璋得到捷报，非常兴奋，亲自赶往开封，部署对元朝的最后决战。这个时候，大都已无屏障，也无援兵，处于孤立无援之中。徐达建议，明军全部集结于临清，向北攻取大都。朱元璋同意了。
公元1368年7月初，二十多万明军从临清出发，水陆并进，浩浩荡荡，大举北伐。河北境内的元军，抵御不住明军的强大攻势，有的被歼灭，有的逃窜或投降。明军所向披靡，连续攻占清河、武城、德州、沧州、静海、天津等地，不到一个月，就兵临大都城下。
明军进兵神速，大都城内的元朝皇帝元惠宗慌了手脚，急得像热锅上的蚂蚁，但束手无策，毫无办法。
在元朝后期，朝廷腐败，中央集权削弱，许多军队都掌握在蒙古贵族手中。这个时候，在山西和陕甘一带，仍有不少元军，但朝廷调动不灵，又路途遥远，救援不及，而大都城内兵力不多，无法守住城池，唯一的办法，就是逃跑保命。
元惠宗召集群臣，神情沮丧地宣布，放弃大都，北逃上都，上都在现在内蒙境内。大臣们一个个痛哭流涕，说：“如果放弃大都，天下就完了，世祖开创的事业将毁于一旦。”
元惠宗流着泪说：“朕也不想走，可是不走，岂不是要落个徽、钦的下场吗？”徽、钦是指北宋皇帝宋徽宗和宋钦宗，他们在开封被金国掳去，吃尽苦头，最后死在了异国他乡。
公元1368年7月28日深夜，趁着明军尚未到达，元惠宗带着皇后嫔妃、皇子公主、皇亲国戚和文武百官，还从太庙中带上了祖宗牌位，在大都兵马保护下，仓皇出逃，一直逃到了上都。
上都是元世祖忽必烈建立元朝的地方，是向南征服天下的起点，没想到过了不到一百年，他的子孙就丢掉了天下，又回到了原点。从此以后，元朝对全国的统治宣告结束，其残余势力被称为北元。
后来，朱元璋又多次举行北伐，将北元势力驱逐到了漠北和林。和林在现在的蒙古国境内，是成吉思汗的发迹之处。二十年之后，明朝大将蓝玉率军最终灭掉了北元。
元惠宗不战而放弃了大都，大都轻松落到明朝手里。朱元璋听说元惠宗不战而逃，哈哈大笑，说：“他倒能够知顺天命。”于是，下令将元惠宗的尊号改为元顺帝。此后，元惠宗在历史上就有两个尊号了。
徐达兵不血刃进入大都，立即封存国库和皇宫，派兵守卫，任何人不得入内。徐达下达军令，严禁士兵抢掠，并组织人员沿街巡逻。徐达还张贴告示，安抚民众，百姓都各安其业。朱元璋将大都改名为北平。
明军占领了大都，推翻了元朝统治，但此时天下尚未完全统一。元朝还有不少兵力，占据山西和陕甘等地；云南仍在元朝的控制之下；四川还有明玉珍的割据势力。因此，朱元璋没有懈怠，继续派兵南征北战，立志完成统一全国的宏伟大业。