朱慈烺进京之后很忙，一是要把北京城建成一个大大的要塞棱堡，以后的北京将不再是东方商贸之都，而是军事重镇。为此，他把大沽口的李士淳和500建筑兵抽来了400人来共同建造北京要塞。
二是下令把山海关上的红娘子的勇卫第四师与孙传庭手下的虎卫二师调防，红娘子的勇卫第四师，这么勇猛善战的山地师，放在山海关上驻防，是大大屈材了。他们应该由李岩率领，与李若琏的勇卫三师，两师一道，从宣府向西、至大同，恢复失地，再进入山西、陕西，最后与孙传庭合兵一处，以山贼对付流冠，估计红娘子的兵马会越打越多，最后发展成一个山贼军，朱慈烺充满期待！
三是任命刘同升为辽东巡抚。
刘同升是崇祯十年的状元，他爹科考时当过探花，一家子的才子。当初杨嗣昌“夺情”入阁时，刘同升抗疏，对杨嗣昌大加鞭挞，说他死了爹还出来升官，要脸吗？刘同升因此激怒了崇祯皇帝，被贬了不知多少级，他直接不干了，引病归乡。
历史上的刘同升不仅敢言，文才出众，兼通武略，而且很有血性，清军入主中原后，他和杨廷麟一起在江西赣州起兵，举起了反清的旗帜。赣州大战，明清双方直接参战的正规军多达十万人，民兵更是多达数十万，是赣州历史上最残酷的战争。杨廷麟和刘同升守了一年零八个月，最终城破殉国，赣州城七成人口被清军屠杀。
这又是一个真忠臣，并且还是一个有本事的忠臣，必须得大用、重用、重重地用，所以，朱慈烺才任命他为辽东总都督，负责辽东的军事、民政。可谓是位高权高，并且还面提耳面命了一番，“辽东虽然暂时收复，但辽东及草原，仍有满清余孽，要防止死灰复燃，防止他们‘反明复清’、卷土重来，所以，在辽东面向草原地一侧，当驻军筑堡、五里一屯、十里一铺，严防死守，若清军势大、事不可为，当节节抵抗、逐步收缩战线，退守渤海沿海，吾自当提大军前往增援，这一次北伐，我军靡耗也大，大沽口、登州所屯粮食耗费一空，但满清损失也大，估计三五年不得恢复元气，待到三五年，朕在江南当发展出精兵数十万，届时当再次北伐直捣黄龙，一劳永逸、彻底解决满清和草原。卿当记之。”
“诺，臣定不负陛下重托！”
四是关于三臣、四臣汉奸的处理。不过，这个就不需要朱慈烺太多操心了，骆修身对于大明法典那么熟悉，还有三法司“刑部、大理寺、都察院”，共同审理。朱慈烺相信他绝不会放过一个汉奸的。
五是北京、河北的土地再分配、军屯等问题。
这个问题更好办了，只需要军屯部，派人监督地方官员丈量土地就行了，由于鞑子占房圈地，把汉民全都赶走了，这些地区大批土地成了无主之地，那就再分配吧，多余土地，全由军屯部处理出租。这些土地每亩只收两斗米的田租，且免除农业杂税，如此优厚条件，消息一公布，大批南下逃难的百姓，纷纷返乡，主动要求承租。
……
大明兴武九月一日，忙活完了北京这一片事务的朱慈烺，终于踏上了南下的路程。
离开北京之前，朱慈烺对众臣直言，“北京已不能再作为京师了，大明京师必须重新定在南京！”
南京所在的周边是粮食主要产地，大明的经济文化中心，又是自己的根基所在。
现在北方被打烂了，北京城也被折腾的够惨，即便朱慈烺定都北京，很多人也不会同意的。
如今帝党的根基都在南京，忠义军家属产业什么的也都在南直隶，再回到北京，相当于是迁都了，谁愿意拖家带口的去北方吹风。
最重要的是，在大航海时代，南京最适合作为一个拥有庞大海外帝国的朝廷所在。
只要拿下了东番和琉球，南京就可以回避海上威胁，还可以充分利用长江通道和海运运输物资，形成强大的补给线。