当时的泾州属长安门户，京畿之地，14粒舍利于公元601年10月由高僧送到泾川，在大兴国寺建地宫，置函，供养。公元690年9月9日，67岁的武则天登基，称“神圣皇帝”。在男尊女卑的时代，武则天称帝受到各方面的反对和阻挠。武则天对以女性经变故事为主题的《大云经》很崇敬，于同年7月将其颁行天下。公元690年10月，武则天又敕令两京（长安、洛阳）、各州都建一座大云寺，
珍藏《大云经》，并总遣千名僧人，到各地讲解《大云经》。泾州大云寺选在在大兴国寺遗址上建塔立寺，动工之际，发现了隋代供养的舍利。女皇敕建大云寺之举恰与佛祖舍利相遇，被认为是大吉大利的巧合，于是请金银器制作大师，选宝石珍珠，做成铜、银、金棺椁，以硫璃瓶盛装14粒佛骨舍利，配以石函，镌刻清楚朝代地点数量，入砖筑地宫，建塔立寺。
第二枚佛祖舍利
1987年5月8日22时20分，考古工作者启开珍藏于地宫汉白玉灵帐中的盝顶铁函。铁函上锁着大铁锁，上面锈迹斑斑。原来开启八重宝函，是完全按照碑文的记载来进行的。但是，这只奇异的大铁函，碑文却没有任何记载。为了稳妥起见，在两日前的一个夜晚，
在扶风县医院的x光机下对它进行了透视，只发现其中有异物，但由于铁函锈蚀严重，专家们反复“会诊”，也难确定。启开厚厚的函盖。铁函内有一个木盒，已经腐烂，被红黄二色泥土紧紧固定于函中，盒下为糊状物，检验不清。启开木盒，盒内是彩绢，整整9层，层层花色各异。当取开最后一层彩绢时，发现鎏金银棺。银棺状如棺木，前端雕五彩花冠一顶，中间两只拖着长长尾巴的凤鸟，
正在并头齐飞，后端饰云头纹。在小小的前端银档板中间开着两扇精致的小门，挂一把小巧的金锁，左右两面门扇上各镶三排9颗小金钉，门扇上各雕一执幡童子，童子头上有彩云数朵。银后档上雕一对披发金毛狮，银棺身左右两侧棺板上，各雕一位守卫银棺的金刚力士，左执剑、右执斧。整个小银棺置于一座雕花的金棺床上。棺床前后分别有五座壸门（门形似月），左右两侧是雕花帘帷。第二枚舍利就置于鎏金银棺内，专家们将其命名为“特级二号”。
第三枚佛祖舍利
（佛指真身灵骨）1987年4月21日，在地宫后室北壁秘龛内，发现一只锈迹斑斑的铁函，打开铁函，里面是一枚45尊造像盝顶银函。
上面放着两枚硕大的水晶随球，还有二枚雕花白玉指环，二枚雕花金戒指，一串宝珠，数条绣花绸绢。45尊造像盝顶银函为正方体，长、宽、高各17厘米，函盖、函身雕工极为精致。
函身下沿錾刻“奉为皇帝敬造释迦牟尼真身宝函”。