而对于蛋白质不同区域进化速率不同这一说法，自然选择派也有自己的理论，他们认为这完全可以用自然选择来解释而不需要借助于中性选择学说。蛋白质非活性区域的突变并非是毫无意义的，那根本不是什么中性突变，而是趋向最佳结果的一个过程。
木村提出中性选择学说的基础是蛋白质序列，后来随着分子生物学的迅速发展，很多物种基因的dna序列被测定了出来，这样就可以在dna水平来进一步验证双方理论的正确性。这场争论的战场就这样悄悄发生了转移。不过这里面发生了一些小小的变化。
首先，如果以dna为分子钟的话，却是以代为单位的，这与蛋白质为分子钟不同。也就是说，一代时间较长的物种，dna分子钟就跑得比较慢些。这两种分子钟不是同步的。
dna序列与蛋白质序列还有一个重要的不同，所有的蛋白质序列基本都是有用的，只不过是对活性的影响大小不同而已。而dna则不然，里面存在大量不编码蛋白质的序列，内含分子和假基因就是这样一种序列，曾一度被生物界称为垃圾基因。现在已认为这些基因也都有各自的功能，只不过不表现在蛋白质方面罢了。
既然不是所有的dna序列都会被翻译为蛋白质序列，那么，就算有一些dna序列发生了突变，也不会影响到正常的蛋白质序列。所以，不编码蛋白质的dna不妨多突变一些，对生物的生理功能不会有致命的影响。而事实也正是这样的。非编码区的dna序列有很丰富的多态性，也就是说这个序列也行，那个序列也好，大家都能混得下去。但那些编码蛋白质的dna序列就不能这样随便乱变了，搞不好把蛋白质序列编错了，就会影响到正常的生理活动。实验表明，编码区的dna序列是非常保守的，变化不是没有，但很少，而且基本不影响翻译后的蛋白质功能。
这样一来，似乎两种理论都有道理，即在非编码区的dna序列接受中性选择，而编码区的dna序列则接受自然选择。
然而，在基因水平上的更多研究也是支持中性选择学说的。基因突变中有一种突变叫同义突变，这就是一种典型的中性突变。这涉及基因的遗传密码属性，基因中的三个碱基可以决定一个氨基酸，这就是所谓遗传密码；但一个氨基酸却并不是只有一个遗传密码，有好几个密码都可以翻译出相同的氨基酸来，比如uuu这个三联密码对应的是苯丙氨酸，但uuc也可以翻译成苯丙氨酸。特别是三个碱基中的最后一位，变化的灵活性相当高，这种突变就叫同义突变，变了也没啥大问题。这是典型的木村所说的不好也不坏的突变。
就算有些基因变化大了点，彻底把某个位点的氨基酸换了一个上来，但是，却有可能这个氨基酸只是起到一种支架的作用，因为蛋白质的氨基酸序列虽然重要，但支架性的四维结构也很重要，不过这些支架对氨基酸没有什么特别的要求，就好比一块砖头，谁都可以在那里垫着。这，也就是前面提到的不重要的区域，这种突变仍然对蛋白质的功能没有明显影响。甚至，现在还有可能在实验室里对这些部位进行有目的的突变，以期能把蛋白质的活性部分更好地呈现出来，从整体上提高蛋白质的功能。大家熟悉的血红蛋白就是这样一种情况，不同物种体内的血红蛋白氨基酸序列是有差别的，但大家都把工作完成得很好，这是中性突变的最好例证。当然，也有变坏了的，比如人的镰刀形红细胞贫血病就是因为血红蛋白上的一个氨基酸的改变造成的。
之所以总拿血红蛋白说事，是因为这是一个重要的考察对象。因为其运输氧气和排出二氧化碳的功能对所有动物来说都相当重要，甚至在细菌和植物体内都有它的身影，是一种不可或缺的蛋白质。人体内的血红蛋白分子是一个设计精妙的结构。每分子血红蛋白由四个亚基组成，分别是两个α亚基和两个β亚基。每个亚基就是一条多肽，每条多肽里面都包裹着一个含铁的血红素，血的颜色就是由血红素决定的。鲤鱼、马和人的血红蛋白α亚基都是由141个氨基酸组成，但氨基酸的种类有很大变化；鲤鱼和马只有75个氨基酸是相同的，其他66个氨基酸已经完全变化了。而人与马之间有123个氨基酸是相同的，只有18个不同。这意味着，人与马的亲缘关系比较近，而马与鲤鱼就相对远些。
重要的是，这些变化了的氨基酸都没有影响血红蛋白的正常功能，所以应该属于中性突变，符合中性选择学说。
但有的位置非常重要，不能随便变化，否则后果很严重。上面提到的镰刀形红细胞贫血病就是因为β亚基的第六位氨基酸上的谷氨酸被缬氨酸所取代造成的，纯合子的红细胞会因这一个氨基酸的变化而变得像把镰刀，结果运输氧气的能力大受影响，患者不到成年就会死亡，这种突变不受自然选择的喜爱。
但也有例外情况，当体内的血红蛋白基因只突变了一条，而对应的另一条基因是正常的，这就叫杂合子。这样形成的红细胞反而具有一个意想不到的好处，可以抵抗疟原虫的侵袭，从而对疟疾有很强的免疫力。这在疟疾横行的非洲丛林反而显得尤其有用，正常的人都被疟疾迫害致死，而血红蛋白发生突变了的个体反而得以活命。这又是自然选择的结果，而不是中性选择了。
也就是说，在分子水平上，明显地存在着自然选择与中性选择并存的情况，而且是中性突变占有绝对的多数，自然选择对此不起作用。但这也不是绝对的，而是一种相当复杂的情况。有时无害的中性突变在特定的情况下，也会遭到自然选择的打击。比如，有一种同功酶，也就是执行相同功能的酶，发生了一个突变，一种酶在33c时失活，另一种酶则在44c时失活。当环境温度在33c以下时，两种酶都可以很好地完成各自的工作，这是典型的中性突变，每一种酶都没有选择优势。所以自然选择是不起作用的。但是，当环境温度发生改变时，达到了33c以上但仍在44c以下，适应低温的同功酶将失去作用，自然选择发挥了作用，这时就不再是中性选择了。