病毒也被看成是一种自私的基因分子，它们侵入细胞以后，会利用细胞中的一切可利用手段来为自己服务，然后大量复制自己。当宿主条件还不错的时候，病毒一般不会发作，它们会舒服地生活在宿主的细胞里，过着衣食无忧的天堂般的生活，这就是潜伏期。一旦宿主的身体状况发生改变，比如营养跟不上，或者健康状况下降，或者年老体衰，不能为病毒提供足够的能量和优越的环境，病毒就会设法离开而寻找新的居住地，这就是病毒发作了。所以，感染了乙肝病毒或艾滋病毒的患者，如果要推迟恶性发作期，首先一条是要保证患者的营养跟得上。患者吃得好，病毒也就吃得好，吃得好脾气当然就好，也就不好意思随意发作了。
分子生物学的研究使基因选择论的风头压倒了个体选择论。自私的基因这种说法得到迅速传播，成为个体选择理论最有力的对手。而且，个体选择论本身也有一个严重的内伤，那就是，一些有利于生殖的性状，往往是不利于生存的性状。这已被实验所证实，且不说人类的纵欲伤身的传统说教，在小鼠身上也清楚地证明交配次数和寿命是成反比的。
当然，这并不表明禁欲者可以长生不老。
这个内伤其实是达尔文自己早年提出来的一对矛盾，那就是性选择和自然选择是矛盾的。
但这并不是说个体选择论者就可以束手就擒了。
哈佛大学古尔德在美国是一位大众耳熟能详的杰出的进化生物学家，更是一位著名的科普大师。特别是他的科普写作，总能深入浅出地用轻松的文笔讲解复杂的科学道理，涉及面极为博杂，旁征博引且文笔优美，是科学散文写作的经典代表，他被美国国会图书馆列为“在世传奇人物”。他浩大的学术专著《进化理论的结构》则是对进化理论进行的一次集大成式的梳理和总结。在该书中，他对社会生物学和群体选择理论及自私的基因都进行了详细分析和反驳，从而坚持了经典的个体选择学说。2002年，古尔德因患癌症去世，此前他已与癌症战斗了几十年，此间从没有停止研究和写作，这是另一种传奇。
古尔德是个体选择理论的强力支持者，他对群体选择理论和基因选择理论都进行了严厉抨击。此外他还写下大量科普作品，对这两种理论进行了无情的嘲笑。
古尔德是犹太人，这一民族性质决定了他不能像道金斯那样彻底摆脱宗教信仰的影响。道金斯是一位决绝的无神论者，不惜利用一切场合与有神论进行激烈的辩论，所以被看作是一位好战的学者，甚至被比作达尔文的新斗犬。而古尔德相信科学与宗教是能够共存的，两者所在领域不同，原本可以互不干涉和谐共存。两者之所以经常发生冲突，是因为一方总想证明另一方是错误的。其实，科学本不需宗教承认，而宗教又无法被科学所证明。相互吵下去，只会永无安静之日。
很少有人知道，古尔德还是一位马克思主义者。特别推崇恩格斯和他的《劳动在从猿到人转变过程中的作用》。古尔德批评西方不应因苏联的错误而否定恩格斯的自然辩证法。他支持哈佛大学的反对越战的示威活动，并多次参加游行示威，甚至与警察发生冲突。而那时，他已经是哈佛大学的助理教授了。古尔德是“科学为人民”组织的成员，这是一个由反战组织演变而来的激进团体，坚决反对种族隔离和性别歧视，也正因为这一立场，导致了古尔德与另一进化论大师威尔逊的激烈争论。这是下一章内容。
因为群体选择理论已是江河日下，所以古尔德坚持的个体选择理论面对的挑战主要来自基因选择论。特别是道金斯的《自私的基因》出版以后，这一理论传播很快，也很得人心，从而成为古尔德的头号敌人。
古尔德指出，基因选择理论把鸡看成是一只鸡蛋造成另一只鸡蛋的通道，那只鸡只是一个无足轻重的工具。基因就是这样的鸡蛋，而动物体或植物体，甚至是人，都只不过是基因制造更多基因的工具。个体是速朽的，而基因是永生的。这种说法虽然简洁通俗，但是不能让人满意。
古尔德认为，他找到了自私的基因理论最致命的缺陷：因为自然无法对基因直接施加影响，用一句比喻来说，就是自然无法“看见”基因，所有的基因都戴着厚厚的面纱深藏在身体之中，而自然接触的只是身体。所以，选择的也只能是身体。如果自然要决定某一基因的去留，也只能以身体作为中介来进行。