然后，达罗提出了一个最具攻击性的论点。他指出，科学理论一旦被认为是正确的，科学共同体就会一致承认并接受。所以，在真理面前，只有一个科学界。而宗教则不然，他们有不同的信仰，每一宗派都认为自己的信仰才是正确的。只是美国就有五百多个宗派。那么，谁才真正有资格代表所有的宗派呢？而且，有的宗教人士公开表态支持进化论。那么，布莱恩以宗教的名义提起的诉讼就是无效的，他不能代表普遍的宗教界的观点。
布莱恩的控告要点则是：第一，进化论缺乏科学的实证；第二，把进化论教给学生妨碍了他们对宗教的信仰和对社会价值的认识；第三，信奉《圣经》的大多数人应该掌握公立学校的教学内容。对布莱恩而言，科学家信不信进化论并不重要，重要的是公众有权决定学校应该教什么。
布莱恩再一次拿出了科学哲学这一武器，他从根本上否认进化论是科学理论，因为科学理论要求有实验事实可以重复验证。并且当与实验事实不符时，它可以被证伪。比如牛顿力学，相对论和热力学的诸多定律，都是如此。可是进化论描述的是亿万年才能发生的事情，在目前人类科技水平下，根本没有可能重复这一过程。所以进化论不能被证伪，也不能被证明，只能算作是一个科学假说，而不是科学理论。
布莱恩更多的考虑是关于道德方面的，他指责进化论鼓吹“优胜劣汰”和“弱肉强食”及“适者生存”等思想，对社会伦理和道德层面有严重的负面影响，进化论出现以来的世界历史是活生生的例子。布莱恩甚至痛心疾首控诉说，如果没有进化论，可能就没有纳粹屠杀犹太人的心安理得。
法庭上，达罗与布莱恩展开了针锋相对的交叉盘问，相信《圣经》的布莱恩被达罗步步紧逼，窘态毕现，完全失去了一个政治家应有的风范。被新闻报道描述为与达罗在智力上不堪一比的可怜的醉汉。
在盘问中，达罗问布莱恩：“《圣经》明说创世初只有亚当和夏娃一家，那他们的儿子该隐的妻子又是谁家的女儿？”
盲信《圣经》的布莱恩从没想到过这种问题，他只好承认不知道。
达罗又问：“在五千年前，中国有多少人？”
对此布莱恩当然无法回答，因为中国人的历史似乎越出了《圣经》所说的时间范围，但他又没办法开除中国人的球籍。
达罗知道时间问题是《圣经》的软肋，因为根据当时的科学研究，地球的年龄已远超《圣经》所介绍的四千年历史了。为此，达罗逼问布莱恩：“您是说地球的年龄只有四千年吗？”
布莱恩明知这是一个陷阱，他只好否认：“不，我认为它要比那古老得多。”
达罗再问：“您认为地球是在六天内被造出来的吗？”
这次布莱恩也打了一个花枪，他回答说：“《圣经》上所说的一天，并不是现在的24小时的一天。”
达罗抓住这一点，继续问布莱恩：“那么，一天的早晨和晚上，对您来说是什么意思呢？”
对此布莱恩拒绝作正面回答，只是一再强调那不是指24小时的一天，并且不愿对此再做出解释。在达罗的一再追问下，布莱恩不得不用近乎无赖的手法回答道：“我认为上帝用六天或六年，或者六百万年，甚至是六千万年来制造地球，都是一样的容易，至于哪一个数字更有意义，我认为并不重要。”
达罗的最终提请陪审团裁决：进化论是事关社会进步与人类幸福的科学理论，而《创世纪》则一半是赞美诗，一半是寓言，是一部分人对世界作出的宗教解释，不能用《圣经》的权威来控制学校中的科学教育。
而布莱恩在辩论总结中充分发挥了他的演讲才能。他向陪审团指出，科学是一股巨大的力量，但它不是一位道德教师。本案是一场激烈的战斗，一方以科学的名义反对基督教信仰；另一方则希望通过立法来捍卫他们的信仰。陪审团必须在上帝和邪神之间做出选择。