不过失望总是与惊喜同行，对生物发育过程中基因调控的研究取得了极大的成功，被广泛接受的hox基因调控理论认为，所有的动物虽然看上去五花八门，但它们在分子水平上的调控却是基本一致的，而且手段非常简单。
hox基因又叫同源异型基因，专门调控生物外观形体，掌控能力非常强大，一旦hox基因发生突变，哪怕是轻如蝴蝶挥动翅膀般的动作，也会带来意想不到的后果，身体外形会随之发生巨大改变，有时变得简直惨不忍睹。脚，完全可以因此而长到头上去！
也就是说，如果不是hox基因发生突变，而只是一些无关紧要的分子有了轻微变化，它们外在的形体是不会有什么惊人的飞跃的。三叶虫可以长时间地继续做它的三叶虫，或许身体的某个局部有些微调，但那仍然是三叶虫。不过一旦hox基因出现突变，结果是不可预料的，我们完全可能认不出原来的三叶虫，因为它已经变成了其他生物。
运用这个理论不但可以解释寒武纪物种大爆发，甚至可以在实验室里模拟物种突变现象。一些果蝇和斑马鱼等常规实验动物的身体已被科学家们折腾得乱七八糟了，甚至连鸡的翅膀最后可以发育成鸡腿，而鸡腿却变成了鸡翅膀，这只可怜的鸡肯定不会如我们人类一样尊敬那些科学家。
当然，所有这些理论并不一定是对物种大爆发现象的真理性解释。随着科学的发展，肯定还会有新的理论出现，但所有这些理论都有一个共同的信念，那就是在自然的框架内解释物种大爆发现象。
特别需要提醒的是，面对如此多的关于突变的理论，其实渐变论者仍然在坚持正统的达尔文的观点。此前比目鱼那两只处于同侧的眼睛曾被拿来当作是突变论的一个极好的例证，也就是说，比目鱼的两只眼睛是一次性完成从两侧到一侧移动的。而最近的化石表明，在两侧和一侧之间，确实存在着过渡的类型。比目鱼并不是一天形成的。
有生就有死，如果说进化论者已经在某种程度上基本搞定了物种大爆发的话，那他们自然也要对物种大灭绝问题负责。所有的凶杀案背后都必有凶手，找出大灭绝的原凶自然是猎手们的基本任务。
达尔文对于物种灭绝的态度仍然是极具逻辑性的。既然物种是慢慢发生的，那自然也应该慢慢灭绝，这是长期生存竞争的必然结果。因为不相信自然界存在大规模的杀伤性武器，所以，在达尔文的世界里，也就不存在很多物种突然之间发生大灭绝的概念。为此，他明确地表达了自己的想法：“一个种灭亡的速度一定比它出现的速度慢。”但其实他在当时就已注意到，海生的菊石类生物就似乎是在短时间内神秘消失的。