这种解释，其实是和他的自然选择理论不一致的，最后不得不作出修改，并被现代达尔文理论所抛弃。他举的另外一个例子是正确的，那就是海岛上的昆虫大多出现双翅退化现象。原因是完整的翅膀如风中的降落伞，而小小昆虫的体重又远远压不住强劲的海风的力量，结果被吹到茫茫大海之中，再也难以逃回生天。于是残翅对于海岛上的昆虫来说反而是一种优势，所以它们得以生存。
作为对达尔文这一理论的验证，1937年，一位法国遗传学家无意间用有翅果蝇和无翅果蝇作了一次对照观察。在海风强劲的地方，无翅果蝇的数量迅速超过有翅果蝇的数量，成为优势种；在避风海面，有翅果蝇生长正常，而无翅果蝇作为一种病态，很快就被有翅果蝇在数量上压倒，并最终消失。
达尔文甚至注意到了中性变异问题，也就是有些变异既不带来优势，但也没多大坏处，有他没他都行的那种。他认为这种变异可以被保存下来，而且是造成生物多样性的原因之一。这在一定程度上解释了一个疑问，那就是为什么所有的生物会彼此不同？而这个疑问是有根据的，因为达尔文相信所有的生物都有一个共同的祖先。
论证所有生物具有共同祖先的一个重要的例子是胚胎发育，不同动物具有相似的胚胎阶段，似乎清楚地表明了它们有共同的祖先；而另一方面，胚胎发育过程又彼此不同，这有点令人费解，达尔文给出了解释，但仍然令人费解。不过反过来考虑一下是有点道理的，因为如果发育的过程也完全相同的话，那么生出来的就是同一种动物了。所以，胚胎发育过程的差异是造成物种多样性的一个有效途径，这种差异本应该是连续的，但毫无疑问，中间有些类型被大自然无情地淘汰掉了，所以出现了狗和猫这样明显不同的物种。
达尔文的这一认识其实是建立在对相互隔离的海岛上的鸣雀的观察而得出的结论，大海的隔离使变种得以纯化并保存。可是在陆地上，动物们可以到处乱跑、胡搞乱搞，那么后代的形成机制就复杂得多了。达尔文没有解决这个问题，好在后来的综合达尔文主义者给出了漂亮的解决方案。
在并没有大量化石证据的前提下，达尔文运用演绎的方法论证了生物的进化过程必然是逐渐的和连续的，他坚决不承认存在大的突变和变异，并用一句简洁的“自然界没有飞跃”来加以总结和强调。他对渐变论的过度强调导致了这一论点成为被攻击的要害部位。进化论继任者们也不得不费尽心力地寻找合适的理论来化解这些非难。好在，解释得也同样漂亮！
那么，物种的这些逐渐的和连续的变化是有方向的吗？
达尔文反对目的论，也不同意拉马克的观点，但因为遗传知识的缺乏，他对拉马克理论的认识有时是模糊的，导致他的态度也时有摇摆，对很多现象的解释其实是错上了拉马克的旧船。他不断地运用获得性遗传和用进废退原理来解决一些难题，被后来的新拉马克主义者引为知己，也直接造成定向进化理论唠叨不已废话不停。这与另外一个问题不同，达尔文与拉马克一样，承认“知识的遗传”。这一观点与后来的新拉马克主义有所暗合，也使新拉马克主义在人文方面的应用有了出奇的效果。
在更多的例子中，达尔文坚决反对拉马克的解释。拉马克认为生物具有根据其内在的意志而不断进行自我完善的能力，比如马，从多趾向单蹄的演变就是一种完善的过程。这一过程也被部分现代古生物学家们不断地拿出来炫耀，以证明他们定向进化的观点。而达尔文不认为动物具有这种定向的自我完善的能力，这种变化倾向的出现只是自然选择不断保留有利变异的结果，整个淘汰过程的积累体现出了一种貌似定向进化的效果。
达尔文也并不认为他已经解决了所有问题，他承认对于智力和一些复杂的人体构造的形成机制，还有待于进一步的探索。并且在文章最后，他特意提到了寒武纪物种大爆发的问题，说如果这一问题不能得到很好解决，将严重影响他理论的正确性。
与以前的科学论著不同，此前培根(francisbacon)的归纳模式是科学界公认的模式，也就是要在实验的基础上大量采集资料，然后对资料进行总结归纳，得出一个简洁的结论，这就是新的知识。“知识就是力量”，这么漂亮的话就是培根提出来的。所以，培根的理论极具影响力，被认为是科学工作的基础。
而归纳法有两条基本原则：一，做研究的时候不能有任何先入为主的概念，不应该有强烈的想要看到某种结果的，甚至都不要去预测可能的结果；二，不要在资料不充分的时候就急着要得出一般的结论。
而达尔文的理论，正是犯了培根的这两条大忌讳。
达尔文采用的是假说演绎法，也就是先立一个假说，并在这个假说的基础上进行演绎，推出一些新的认识，然后去自然界寻找证据来证明这些认识，这样就验证了假说。这种研究模式在当时被认为是伪科学模式，所以也一直受到了各方的猛烈抨击，不过现在得到了平反，据说反而成了最具有说服力的方法。
不管怎样，《物种起源》卖得很好。达尔文在自传中总结《物种起源》的成功原因时，并没有太多沾沾自喜，他认为主要应归功于文章写得很短，只是他原计划的一个精简的纲要，而这一变故又部分得益于华莱士的“逼宫”。一旦文章写得短，就只能选择一些有趣的事实来描写，然后导出应有的结论，这样全书看起来反而简洁流畅，更具可读性。达尔文还有点后怕，说假如这书按原本的规模来写，大概要多出四五倍的内容，太厚了，便极少有人会耐心地去读完这本书，影响自然也就一般般了。