忍术的理论基础是由中国传来日本的孙子兵法而来，之后再加上修练道，以及在山中的伏击技巧发展而成。在平安时代时，由于武士阶级兴起，在山中伏击的兵法就由武士去发展。在源平时代，学会在山中伏击的源义经成功的使用了山中伏击的技巧，完成了攻击面战法的理论。在南北朝时代，楠木正成发展出防御面的兵法，在此同时，忍术跟武术才分开成不同的系统。
在战国时代，忍术开始有长足的进步，因为这个时代非常需要忍术，武术和兵法。但是和兵法，武术不同的是，忍术有他的独特性。忍术发达的地区有以下几处忍术的流派也就是用以下的地名当作流派的名称：武藏，甲斐，越后；信浓，伊贺，等四州；甲贺，纪伊，等叁州。
在这流派横行的忍者乱行的大和帝国，伊贺流与甲贺流凭借有利的地形和出色的忍者才能，终于一展他们在大和民族的雄鹰。其中伊贺与甲贺离京都跟名古屋算是很近，而且位在重山险阻围绕的封闭小盆地里，自成一个小天地。可是在战略上的位置却是十分的重要。因为靠近日本的中央近畿地带，所以受到京都的文化影响蛮深的。神社，寺院，庄园都很多。在后来庄园制度崩坏的时候，土豪们就一个个崛起。在战国时代，这么小的土地居然有60个土豪，但是因为土地都很小，所以大家都想夺取对方的土地，於是每家人家大概都会养个30-40个兵，以便对付"敌国"（这非常类似台湾当年开垦土地时代，闽南人各村庄之间的为土地而械斗的情形，也有些类似闽客互斗）。这里的竞争是超乎外人想象的激烈，土豪们互相结盟，互相探查敌情，也互相屠戮，被打击的土豪一但垮了，就很难再爬起，也难怪这种有山地，征战又激烈的地方，会成为忍术发展的大本营。时间久了，各土豪之间就慢慢发展出一种平衡，然后忍术也开始冠于全国。随着时间的推移，忍术开始冠于全国，各流派之间也趋于平衡，可新的问题又产生了。那就是谁的流派才是真正的正统。一时间新的忍者之间的争斗又冲刺着整个大和民族。其中以甲贺流与伊贺流争斗最为激烈。
因为他们是所有流派中最为庞大、最有势力的两大流派，甚至发展为当时最大的两大家族之一。所以，他们之间的谁为正统，谁为附属，是他们所最关心的。一时谁也不服谁。这让当时的德川政府很是头痛。
他们是以忍者而称霸大和民族的，可是现在时局开始稳定了，他们想锄处忍者，而后又希望他们继续存在，还为自己政府做些不能公开的事。这使得德川伤透了脑筋，这时候，他的一个部下名叫腹部正平的家伙，出了一条妙计。那就是以政府的名义向当时的各忍者流派，不分大小，一例发出这样一封——德川政府念于更忍者流派在多年的乱世中，对德川政府的支持。现德川成立之初，将建立一支强大的忍者兵团。所以，将在本年神山（富士山）上樱花不满之时，将在神山之下举行选贤择哲的仪式。就这样一封短短的信，让腹部正平正式踏入了日本的政治舞台，甲贺家族与伊贺家族开始了命运的转变。
腹部正平这样做，也正暴露出他野心的。他知道不管最后争斗怎么样，留下来的一定是甲贺流与伊贺流，他现在想要的最担心的是想怎么将这两大流派牢牢的控制在自己手里。至于德川这个人，他之所以答应腹部正平的要求，原因有二：一是这忍者之间的私自争斗让他头痛不已，因为新政府建立之初，他还有很多事有求于他们，这镇也不是，不镇也不是。难免让他很是头痛。二是，这腹部正平是他最得意的幕僚之一，他绝对相信他。也正因为这样他才放心的让他去做。可是，他没想到的是，正因为他的过于相信而成就了腹部正平，乃至后面的腹部家族。一直影响着整个大和民族的历史。
果不其然，最后剩下的流派——甲贺流、伊贺流。面对这这两派之间再次的争斗，只是这次与以往多少有些不同，那就是这次他们的争斗似乎更明朗化了，双方都出尽了所有的精英，好似这是他们之间的生死决折一样。这是腹部正平所没有意料到的。可是就在决赛的当天，伊贺与甲贺却给了他苦思不解的最佳答案——谁也想不到，双方精锐尽出的情况下，居然还是落下个以和收场。人人都以为腹部正平这下无疑是自己在打自己耳光的时候，就连一向支持他的德川也开始头痛了的时候。腹部正平却独自躲在自己的香筑里开启了庆功酒。这是在是太妙了，妙不可及。因为他很聪明，所以他知道如今所有问题不再是他该头痛的了，因为现在最少有两个人！不是三个人比他更要头痛，那就是甲贺家族的首领甲贺无诸、伊贺家族的首领伊贺上都，还有一个就是他可爱的将军大人德川大人。因为他野心勃勃，所以，他知道事件的最后是他们会一个个来找自己来解决这麻烦，而他又很乐意来亲自解决这麻烦，你所他能不开心吗？
忍着这件的斗争，是不死不休的。显然这自的争斗让甲贺流与伊贺流损失了不少的好手，这无疑大大打击了两大流派在大和民族忍者世界中的第一位置。他们谁也没有想到最后的结果会是这样，他们的首领原本是打算一次行解决两大流派数百年来的恩怨宿命的，只是到最后彼此杀红了眼，事情发展到远远不是双方首领可以控制的了的。
何谓“忍者”？忍者就是忍受人们所不能忍受的痛苦，不惜一切代价，哪怕是自己的生命也要来完成一件不管是对与错，都要无条件的完成。正因为这样，忍者之间的争斗是很激烈的。如果今天我有能力而不将你除了，说不定明天你就会是那个来杀我的人。
为了家族的长存，为了不使自己流派到自己手里而招毁灭，成为千古罪人，甲贺无诸、伊贺上都同时找上了腹部正平，以求德川政府的庇佑，让他们得以喘息。
一切都如腹部正平所预料的一样，他一杯酒还没下肚，就被德川火急的招进了宫，而甲贺无诸、伊贺上都在他刚走的同时拜访其府邸。
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