26日深夜，早已弹尽粮绝，两昼夜未进粒米的我登陆部队已难以支持，孙玉秀、刑永生、刘天祥、田志春、涂博华、陈立华在一个山沟里举行了临时作战会议，鉴于我军登陆的10个营已伤亡5000多人、已没有完整的连和营，决定将所存部队分为几股打游击，同敌人周旋到底。
22时，28军前指在毫无办法可施的情况下，电告我登陆部队，为保存最后一分力量，希望前线各级指战员机动灵活，从岛上各个角落，利用敌人或群众的竹木筏及船只，成批或单个越海撤回大陆，我们沿海各地将派出船只、兵力、火器接应刘抢救撤回的人员。
26日深夜之后，28军前指与登陆部队的联系逐步中断。27日凌晨，我253团团长徐博来电说，该团1营600多官兵已在古宁头全部牺牲，剩余的150多人和244团的70多人正准备到海边找船，这是253团最后一次来电，之后！
就音讯沓无了。251团团长刘天祥最后一次同军前指通电说，我的生命不长了，为了革命没二话，祝首长好。新中国万岁！万岁！万字！刘团长的话还未说完，耳机内传来一阵爆炸声，刘团长光荣牺牲了。
26日午夜，我登陆部队在夜幕的掩护下向北突围，在海边寻船未获的情况下向东南方向转移，准备到山区与敌人长期周旋。以等待后续部队的到来。到27日下午，这部分官兵被敌发现，随即突围至山附近，再度与敌遭遇，激战中，我官兵边战边再次完成突围。
然而，我完成突围的官乓遭到了国民党海军军舰的炮击，这些军舰绕到古宁头北面海上，用舰炮向地面炮火射击不到的死角轰击，在敌海陆武器的夹击下，我有武器的官兵一直战至牺牲，没有弹药的官兵被俘，至27日上午10时，金门战斗基本结束。
金门战斗结束后，我少数突围成功的官兵仍坚持在山区打游击战，一直到28日下午，我军官兵仍在山崖、浅滩处与敌军周旋，在246团团长孙玉秀的带领下，悄然到达沙头，遗憾的是，在沙头附近再度被国民党军队合围，在突围无望的情况下，孙玉秀负伤后自尽，其余战士全部被俘。我244团团长刑永生负重伤后被国民党军队包围，被俘后不久即牺牲。我251团团长刘天祥牺牲后，政委田志春率50人打游击，终因弹尽粮绝被俘。我253团政委陈立华在打游击中被包围，战至最后牺牲。另据台湾出版的战史称，253团团长徐博隐蔽在山洞一个多月，靠夜间出来到农田中挖番薯过活，后经国民党部队反覆搜山而被俘。
至此，我登陆部队包括船工、民夫在内的9086人，无一个投降，除部分被俘外，大都壮烈牺牲。据我军战后得到的消息，国民党军总计伤亡9000余人。